[發明專利]用于篩選腸癌和/或胃癌的基因標志物的方法、用該方法篩選的基因標志物及其用途

在審

• 申請號: 201710598499.4
• 申請日: 2017-01-11
• 公開（公告）號: CN108300783A
• 公開（公告）日: 2018-07-20
• 發明（設計）人: 陸星宇;宋艷群
• 申請（專利權）人: 上海易畢恩基因科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12N15/11
• 代理公司: 北京市金杜律師事務所 11256
• 代理人: 孟凡宏

本發明涉及用于檢測腸癌或胃癌的基因標志物及其用途。本發明還涉及使用所述基因標志物對腸癌或胃癌進行檢測的方法。

技術領域

本發明涉及通過高通量測序篩選基因標志物的領域。具體地，本發明涉及通過高通量測序對腸癌和/或胃癌的基因標志物進行篩選的方法，以及利用該方法篩選出的基因標志物及其用途。

背景技術

隨著生活環境和習慣的改變，近些年來癌癥的發病率在世界范圍內逐年升高，人們對其關注也隨之增加。胃癌和腸癌分別是我國第二大和第三大高發癌，屬于發病率和病死率都非常高的惡性腫瘤，它們的發生和發展是一個多因素參與和多階段累積致癌的復雜過程。本著現有通行的癌癥早發現早治療方案，越早期發現，越有可能早期控制甚至治愈癌癥。如何對胃癌和腸癌進行早期診斷，及時治療，正確地判斷預后，逐漸受到人們重視。

傳統篩查方法有胃腸鏡檢查和大便隱血試驗，但都有自身不可克服的缺點。胃腸鏡加病理活檢被認為是胃腸癌癥篩查和診斷的金標準，但是因為鏡檢的侵入性和腸道準備的不適，很多病人不愿意接受腸胃鏡檢查。最近有研究表明腸鏡對右側結腸內常見的扁平息肉的診斷效果不好，腸鏡篩查并不能降低右側結腸癌的發病率。大便隱血試驗是另一種臨床上常用的大腸癌篩查方法，該法有完全無創和廉價等優點，但是其檢測腫瘤的準確性低，通過免疫化學的改進方法也僅能檢測到50-60％的大腸癌和30％左右的癌前腺瘤。并且，該檢測方法假陽性率較高，故很難得到推廣和普及。

除以上傳統篩查方法以外，人們還在不斷探索其他方法，以提高早期診斷率，腫瘤標志物是其中之一。例如，通過DHPLC分析發現T1151A作為錯配修復基因hMLH1上的一個多態位點，可作為胃及大腸腫瘤，尤其是低齡胃及大腸腫瘤高危人群篩選的候選指標(參見張曉梅等，《腫瘤》，2005，25(1)：62-65)。采用CA19-9(糖類胃腸癌相關抗原)和SA(唾液酸)的腫瘤標志物聯合檢測對結/直腸癌和胃/賁門癌的檢測陽性率分別可以達到76.7％和82.5％(參見蔡發成等，《實用醫技雜志》，2005，12(3B)：722-723)。此外，我國還開發了C12蛋白芯片檢測系統，通過分析血清中CA19-9、神經元特異性烯醇化酶(NSE)、癌胚抗原(CEA)、糖原242(CA242)、糖原125(CA125)、糖原153(CA15-3)、甲胎蛋白(AFP)、鐵蛋白、人絨毛膜促性腺激素(HCG)、人生長激素(HGH)中這十種腫瘤標志物的表達水平，以實現腫瘤的早期診斷和監測。然而，大多數發現的腫瘤標志物還停留在研究階段，并沒有發展到臨床診斷階段；或者已經應用在臨床診斷上，但檢測準確度或靈敏度不高。例如，研究發現，上述C12系統對胃腸癌患者的總體診斷率為39.21％，I、 II、III、IV期患者的診斷率分別為13.73％、33.33％、38.30％、58.03％，表明C12檢測系統對晚期胃腸癌的診斷有一定的價值，但對早期的敏感性不高(參見楊雪琴等，《南京醫科大學學報(自然科學版)》， 2008(10)：1285-1289)。

近期，在現有常規基因標記物的基礎上又發展了另外兩種腸癌的體外診斷方法：來自美國Exact Sciences公司的Cologuard技術和來自 Epigenomics公司的Epi proColon技術。前者主要檢測糞便中的異常 DNA變化及人類糞便中存在的潛血紅蛋白；后者檢測血液游離DNA 中的SEPT9甲基化標記物。大規模臨床實驗表明，Cologuard的檢出率效果較好，但需要操作糞便，用戶體驗較差；而SEPT9甲基化屬于液體活檢，雖然用戶體驗較好，但是特異性和靈敏度都較差(分別為 80％和72％)。

因此迫切需要具有高特異性和高靈敏度并可供臨床檢測使用的胃腸癌的基因標志物，使能夠以無創或微創、快捷的方法有效診斷胃腸癌，以改善病人接受長期監測的意愿。

發明內容

發明人通過對正常樣品和腸癌或胃癌樣品進行高通量測序，并對其中各基因上的5-羥甲基胞嘧啶(5-hmC)含量進行分析，出乎意料地發現了多個極具信息的可用于檢測腸癌或胃癌的基因標志物。