[發明專利]一種腸道微生物信息分析方法及系統

在審

• 申請號: 201710588863.9
• 申請日: 2017-07-19
• 公開（公告）號: CN107463800A
• 公開（公告）日: 2017-12-12
• 發明（設計）人: 糜慶豐;黃銓飛;夏渝東;王群
• 申請（專利權）人: 東莞博奧木華基因科技有限公司
• 主分類號: G06F19/24
• 分類號: G06F19/24;G06F19/26;G06F19/28
• 代理公司: 廣州嘉權專利商標事務所有限公司 44205
• 代理人: 譚英強

1.一種腸道微生物信息分析方法，其特征在于：包括以下步驟：

對測序完成后的樣本下機數據進行拆分和過濾，得到過濾后的樣本序列；

對過濾后的樣本序列進行聚類比對和物種注釋分類；

對物種注釋分類的結果進行譜分析，所述譜分析包括alpha多樣性分析、beta多樣性分析以及益生菌含量和病原菌含量分析；

根據菌群功能及疾病關聯數據庫對譜分析的結果進行自動解讀，并將自動解讀的結果和譜分析的結果自動提交給可視化平臺進行可視化展示和審核；

所述對物種注釋分類的結果進行譜分析這一步驟，具體包括：

對物種注釋分類后的結果進行假陽性去除處理，以去除物種注釋分類的結果中只分到一個序列的文件；

對假陽性去除處理后的文件進行均一化處理，得到均一化處理后的文件；

采用稀疏法對均一化處理后的文件進行alpha多樣性分析，得到樣本的豐富度指數、多樣性指數、測序深度指數和觀察到的物種個數；

根據設定的健康參考集采用Unifrac算法對均一化處理后的文件進行beta多樣性分析，得到樣本與健康參考集間的weighted unifrac距離和unweighted unifrac距離；

根據設定的健康參考集對均一化處理后的文件進行益生菌含量和病原菌含量分析，得到樣本與健康參考集間的益生菌含量和病原菌含量差異，其中，益生菌包括雙歧桿菌屬、普拉梭菌、乳酸菌屬、羅氏菌屬、擬桿菌屬和芽孢桿菌屬。

2.根據權利要求1所述的一種腸道微生物信息分析方法，其特征在于：所述對測序完成后的樣本下機數據進行拆分和過濾，得到過濾后的樣本序列這一步驟，具體包括：

對原始輸入文件進行文件分割，所述原始輸入文件包含有測序完成后的樣本下機數據；

根據設定的過濾參數對文件分割后的文件進行數據拆分和數據過濾，得到過濾后的樣本序列。

3.根據權利要求1所述的一種腸道微生物信息分析方法，其特征在于：所述對過濾后的樣本序列進行聚類比對和物種注釋分類這一步驟，具體包括：

根據序列相似性對過濾后的樣本序列進行聚類，得到最小分類單元；

從每一個最小分類單元隨機挑選1條序列作為代表序列，使用基因數據庫中已有的數據作為參考與該代表序列進行比對和分類注釋，其中，基因數據庫用于存儲序列及其對應的屬性信息。

4.根據權利要求1所述的一種腸道微生物信息分析方法，其特征在于：所述根據菌群功能及疾病關聯數據庫對譜分析的結果進行自動解讀，并將自動解讀的結果和譜分析的結果自動提交給可視化平臺進行可視化展示和審核這一步驟，具體包括：

根據菌群功能及疾病關聯數據庫對譜分析出的菌屬進行相關的功能和疾病注釋，以對益生菌和病原菌進行自動臨床解讀；

將自動臨床解讀的結果和譜分析的結果作為分析結果數據自動提交給可視化平臺；

在可視化平臺中對分析結果數據進行可視化展示和審核。

5.根據權利要求4所述的一種腸道微生物信息分析方法，其特征在于：所述在可視化平臺中對分析結果數據進行可視化展示和審核這一步驟，具體包括：

在可視化平臺的樣本信息界面進行樣本基本信息和臨床信息的輸入和展示；

在可視化平臺的實驗記錄界面進行實驗情況記錄，所述實驗情況記錄包括實驗記錄搜索、實驗記錄操作和實驗記錄展示；

在可視化平臺的數據審核界面進行數據審核，所述數據審核包括下機數據搜索、下機數據展示和受檢樣本檢測結果展示；

在可視化平臺的數據中心界面展示所有的樣本信息；

在可視化平臺的檢測報告界面進行檢測報告預覽和打印，生成一個包含圖文解釋和臨床解讀的腸道微生物檢測報告；

在可視化平臺的統計界面統計和展示已收錄的樣本數、已審核的樣本數和已打印的樣本數。

6.根據權利要求5所述的一種腸道微生物信息分析方法，其特征在于：所述在可視化平臺中對分析結果數據進行可視化展示和審核這一步驟，還具體包括將生成的腸道微生物檢測報告以網頁或PDF的形式進行展示的步驟。