[發(fā)明專利]基于二代測序技術(shù)的檢測基因座的試劑盒及其專用引物組合

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201710542872.4
• 申請日: 2017-07-05
• 公開（公告）號: CN107099529B
• 公開（公告）日: 2020-04-10
• 發(fā)明（設計）人: 王樂;季安全;葉健;趙興春;劉毅成;武波
• 申請（專利權(quán)）人: 公安部物證鑒定中心
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;C12Q1/6869;C12Q1/6876
• 代理公司: 北京紀凱知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11245
• 代理人: 關(guān)暢

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及法醫(yī)學技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及基于二代測序技術(shù)的檢測基因座的試劑盒及其專用引物組合。

背景技術(shù)

DNA物證在現(xiàn)代法醫(yī)學中扮演著越來越重要的角色，目前主要是利用毛細管電泳(capillary electrophoresis，CE)針對各STR基因座進行長度多態(tài)性方面的分型檢測，但是在CE長度多態(tài)性分型系統(tǒng)下，核苷酸數(shù)量相等的所有等位基因被認為是同一個等位基因，容易導致一些雜合基因座中因等位基因序列不同但長度相同而被判別為純合，而且由于毛細管電泳檢測平臺采用多色熒光復合擴增技術(shù)，為在各色熒光中安置更多的基因座，設計引物時需要為一些基因座保留較長的側(cè)翼序列，導致其擴增效率降低，尤其不利于降解檢材的分型。二代測序在法庭科學領(lǐng)域的應用尚處于起步階段，但是隨著辦案過程中對于疑難生物樣本檢材比如降解樣本檢材分型的精確檢測需求越來越高，需要利用二代測序技術(shù)(second generation sequencing，SGS)提供更為精確全面的檢測結(jié)果。運用二代測序技術(shù)可針對生物樣本微量檢材，在一次測序?qū)嶒炛型瓿啥檀?lián)重復序列多態(tài)性(short tandem repeat，STR)、單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism，SNP)、插入缺失多態(tài)性(insertion/deletion polymorphism，Indel)、mRNA等各種類型的大量的遺傳標記信息的檢測。利用二代測序技術(shù)可精確分析各STR基因座等位基因間的序列差異，發(fā)現(xiàn)獲取稀有型等位基因，得到各個基因座等位基因的序列信息也有利于輔助分析混合樣本數(shù)據(jù)。對STR基因座進行分型時，由于檢測對象是片段的序列多態(tài)性，各基因座片段長度可在小片段區(qū)域相互重疊且互不干擾，非常有利于降解檢材的精確分型檢測，這是目前毛細管電泳平臺技術(shù)無法做到的。

目前，Illumina公司和Thermo Fisher公司已分別推出基于二代測序技術(shù)的STR分型試劑盒。以上試劑盒價格昂貴，且均不支持用戶自主選擇適合中國人群的STR基因座，配套的數(shù)據(jù)分析程序只能針對各自試劑盒中固有基因座的測序數(shù)據(jù)進行分析，具有一定的局限性。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明所要解決的技術(shù)問題是如何進行STR分型。

為解決上述技術(shù)問題，本發(fā)明首先提供了引物組合。

本發(fā)明所提供的引物組合，可由引物1、引物2、引物3、引物4、引物5、引物6、引物7、引物8、引物9、引物10、引物11、引物12、引物13、引物14、引物15、引物16、引物17、引物18、引物19、引物20、引物21和引物22組成；

所述引物1可為如下A1)或A2)：A1)序列表中的序列1所示的單鏈DNA分子；A2)將序列1經(jīng)過一個或幾個核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且與序列1具有相同功能的DNA分子；

所述引物2可為如下A3)或A4)：A3)序列表中的序列2所示的單鏈DNA分子；A4)將序列2經(jīng)過一個或幾個核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且與序列2具有相同功能的DNA分子；

所述引物3可為如下A5)或A6)：A5)序列表中的序列3所示的單鏈DNA分子；A6)將序列3經(jīng)過一個或幾個核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且與序列3具有相同功能的DNA分子；

所述引物4可為如下A7)或A8)：A7)序列表中的序列4所示的單鏈DNA分子；A8)將序列4經(jīng)過一個或幾個核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且與序列4具有相同功能的DNA分子；

所述引物5可為如下A9)或A10)：A9)序列表中的序列5所示的單鏈DNA分子；A10)將序列5經(jīng)過一個或幾個核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且與序列5具有相同功能的DNA分子；

所述引物6可為如下A11)或A12)：A11)序列表中的序列6所示的單鏈DNA分子；A12)將序列6經(jīng)過一個或幾個核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且與序列6具有相同功能的DNA分子；

所述引物7可為如下A13)或A14)：A13)序列表中的序列7所示的單鏈DNA分子；A14)將序列7經(jīng)過一個或幾個核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且與序列7具有相同功能的DNA分子；

所述引物8可為如下A15)或A16)：A15)序列表中的序列8所示的單鏈DNA分子；A16)將序列8經(jīng)過一個或幾個核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且與序列8具有相同功能的DNA分子；

所述引物9可為如下A17)或A18)：A17)序列表中的序列9所示的單鏈DNA分子；A18)將序列9經(jīng)過一個或幾個核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且與序列9具有相同功能的DNA分子；