[發明專利]多功能轉錄調控因子CTCF的DNA結合位點CTCF_113的應用

有效

• 申請號: 201710540571.8
• 申請日: 2017-07-05
• 公開（公告）號: CN107227366B
• 公開（公告）日: 2020-05-19
• 發明（設計）人: 劉江;羅華友;張同;李臻
• 申請（專利權）人: 昆明醫科大學第一附屬醫院
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886
• 代理公司: 昆明大百科專利事務所 53106
• 代理人: 蘇蕓蕓

本發明公開了一種多功能轉錄調控因子CTCF的DNA結合位點CTCF_113的新用途，即其在制備用于結直腸腫瘤早期診斷試劑盒中的應用，該結合位點核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示；本發明提供的CTCF結合位點無論是檢測結直腸腺瘤還是結直腸癌的準確性都要顯著高于已報道的DNA甲基化分子標記；而且CTCF的DNA結合位點還有可能成為腫瘤治療效果監測和預后效果評估以及腫瘤分子分型（如CIMP分型）的生物標記。總之，本發明為尋找更為有效的腫瘤早期診斷、治療效果監測、預后效果評估以及分子分型的分子標記提供了新的思路，對腫瘤的預防和治療都具有重要意義。

技術領域

本發明公開了一種多功能轉錄調控因子CTCF的DNA結合位點CTCF_113的應用。

背景技術

結直腸癌是世界上發病率和死亡率最高的癌癥之一，其是由結腸上皮細胞中不斷積累的遺傳學和表觀遺傳學改變所導致的；每年大概有1235108人被確診為結直腸癌，每年死亡人數大概為609051人；世界衛生組織估計到2030年，結直腸癌的確診病例將會新增77%，死亡病例將會新增80%，隨著經濟的快速發展，結直腸癌在中國的發病率和死亡人數正在逐年上升，結直腸癌的防治形勢非常嚴峻。

目前大多數結直腸癌是從腺瘤發展而來的，而且從腺瘤轉變為惡性腫瘤的時間大約是10-15年，也就是說在轉變為惡性腫瘤之前，我們有10-15年的時間來發現并切除腺瘤從而阻止其惡變。目前，最有效的降低結直腸癌發病率和死亡率的方法就是結直腸癌的早期診斷；因為在結直腸癌早期，病人并沒有明顯的臨床癥狀，這就導致很多病人在被確診的時候，已經處于結直腸癌的晚期了，但是在發病初期就對病人進行治療才是最有效的；通過早期診斷可以在發生癌變前就發現結直腸的病變或者在癌變的早期就發現病情，然后盡可能早的對病人進行有效而系統的治療，從而有效的降低結直腸癌的發病率和死亡率；早期診斷主要針對的是大量的無癥狀人群，所以一個理想的早期診斷技術應該是操作簡單、成本較低、對病人無創傷以及特異性和敏感性都較高的檢測方法。當前臨床上應用的最準確的結直腸癌早期診斷方法是結腸鏡檢查，其缺點是檢查費用較高、操作程序較復雜以及病人比較排斥，并不適合在普通人群中大規模推廣應用。另一個臨床上常用的方法是糞便隱血檢查，該方法雖然費用較低，操作起來也比較簡單，但是它最大的缺點就是敏感性和特異性不高。

表觀遺傳學分析發現所有的結直腸癌都有幾百到幾千個基因發生了異常的DNA甲基化，其中一部分基因的異常甲基化與結直腸癌的發病是密切相關的；目前，基于血液的結直腸癌早期診斷方法最有效的就是以SEPT9基因啟動子區的DNA甲基化作為生物標記，用該方法對結直腸癌進行早期診斷，可以得到90%的敏感度和88%的特異性，但是該方法對于腺瘤的敏感度和特異性都很低；另外用該方法對50歲以上的無臨床癥狀人群（7941人）進行早期結直腸癌篩查的研究結果顯示，雖然特異性能夠達到91.5%，但是對于Ⅰ- Ⅳ結直腸癌的敏感度分別只有35%、63%、46%和77.4%。對于腺瘤的敏感度更是只有11.2%；基于糞便的結直腸癌早期診斷方法最成功的應該是以4個基因（BMP3，NDRG4，vimentin和TFPI2）啟動子區的DNA甲基化作為生物標記，并同時檢測糞便DNA中KRAS基因的突變和糞便中血紅蛋白的含量，該方法在特異性為90%的前提下，對于結直腸癌的敏感度為85%，對大于1cm的腺瘤的敏感度為54%；無論是基于血液的方法還是基于糞便的方法，目前都還沒有一個特別理想的診斷技術適合在臨床上廣泛推廣應用。

值得注意的是，此前的研究基本都是將特定基因啟動子區的DNA甲基化作為結直腸癌早期診斷的生物標記，很少有人將關注的目光放在啟動子區以外的轉錄調控區域。基因的啟動子就像“開關”，決定基因的活動，控制基因轉錄的起始時間和表達的程度。但是啟動子區以外的轉錄調控區域同樣也會影響基因的轉錄，很多情況下也會決定基因轉錄的起始時間和表達的程度，基因啟動子區以外的轉錄調控區域也應該受到同樣的關注。