[發明專利]一種杜泊羊SNP標記及其篩選方法和應用

有效

• 申請號: 201710536766.5
• 申請日: 2017-07-04
• 公開（公告）號: CN107142326B
• 公開（公告）日: 2021-08-24
• 發明（設計）人: 姜雨;周東珂;侯雨楠;杜多;孫晨婧;鄭典;郝志強;王文;袁圣鈞
• 申請（專利權）人: 內蒙古中科正標生物科技有限責任公司;西北農林科技大學;中國科學院昆明動物研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 昆明今威專利商標代理有限公司 53115
• 代理人: 賽曉剛;蔣晗

本發明公開了一種杜泊羊SNP標記及其篩選方法和應用。本發明根據特有的杜泊羊SNP標記，采用焦磷酸測序法、sanger測序法、基因芯片法、或飛行時間質譜法進行SNP分型分析，鑒定供試品種是否為杜泊羊。本發明的品種真實性鑒定方法與常規測定方法的對比，其操作簡便、無位點間的干擾，適于高通量操作；本發明是以焦磷酸測序技術為基礎，具有很高的準確性；5h之內即可完成品種鑒定工作；結果判定簡單：鑒定結果可以直接從可見光信號峰值讀出。

技術領域

本發明屬于羊品種鑒定技術領域，尤其涉及一種杜泊羊SNP標記及其篩選方法和應用。

背景技術

杜泊羊(Dorper)源于南非干旱地區肉用型綿羊，是波斯黑頭羊與有角陶賽特羊雜交育成，該品種具有生長快、抗旱及抗病能力強、肉質鮮美等優點，被譽為世界鉆石級綿羊。杜泊羊適應性極強，好飼養，牧草利用率高，能夠在干旱、半熱帶地區健康成長，繁殖率高。肉羊生產在我國畜牧業中是一個弱項，近年來，我國從國外引進了許多優良肉用綿羊，用來雜交改良本地羊，取得了一定成績。

了解引進肉用綿羊品種的遺傳多樣性及其遺傳關系，對于品種起源進化研究、種質資源保護以及科學開發利用均具有重要的指導意義。90年代末期，我國黑龍江、寧夏等省區已引進，效果良好。當前，隨著電子商貿的發展，更多的養殖戶、養殖廠商通過中國畜牧街這類畜牧商貿網站來進行杜泊羊的交易、引種繁育，把它作為終端雜交父本來改善肉品質，具有很好的效果。

目前對于杜泊羊的品種鑒定工作主要依賴于表型性狀的鑒定和傳統的標記鑒定方法。

隨著雜交育種的推廣，一方面，高代雜交群體的個體表型與親本的高度相似，無法單純地利用杜泊羊的毛色、角型、體型等表型性狀特征進行準確區分；另一方面，生產制作出的動物產品已經不能再表現出所屬品種的表型性狀特征，因此也就無法利用表型性狀對其進行鑒別。因此，僅利用表型性狀特征進行品種資源的鑒定不夠準確、全面和科學。傳統的標記鑒定方法諸如細胞學標記、生物化學標記以及免疫學標記，雖然已經在品種鑒定中進行應用，但由于這些標記的多態性低和信息量小，且是對基因的間接反映，受到基因與環境互作的影響比較大，在生產實踐中有很大的局限性。

DNA分子遺傳標記問世為克服這一難題提供了有效的解決途徑。DNA分子遺傳標記具有不受表型、時空的限制、多態性好等特點，因此常常被用來進行品種鑒定的工作。其中，最常用的DNA分子標記是微衛星標記和SNP(single nucleotide polymorphism)標記。

微衛星標記被首先用于進行個體鑒定，其缺點是由于不同實驗室的條件不同而難以實現標準化和規模化。

單核苷酸多態性(Singlenucleotidepolymorphism，SNP)是指在基因組DNA水平上發生的單個核苷酸變異所引起的DNA序列多態性。隨著山羊與綿羊的全基因組測序工作的完成，羊基因組的信息基本趨于完善。目前已知羊的基因組大約有26億對堿基，其中可能發生變異的位點多達46401347(NCBIdbSNP142)，平均每60個堿基就可能出現一個SNP。研究表明健康個體之間基因組堿基差異大約為0.1％，即兩個隨機個體中每1200-1500個堿基就會有一個差異堿基。實驗室現有羊基因組信息的個體數量約為600只，SNP位點信息約有40-50M。這些SNPs不僅是造成品種間差異的重要因素，而且大量研究還證實，有些SNP與羊的多種經濟性狀都有關系。隨著SNP分型技術的發展，SNP標記的發現和定位越來越多。相對于以限制性片段長度多態性為代表的第一代遺傳標記和微衛星多態性為代表的第二代遺傳標記，SNP具有分布廣泛、數量多等特點，成為了第三代遺傳標記，更加適合于基因性狀及品種鑒定的研究。

發明內容

針對現有技術的不足，本發明提供一種杜泊羊SNP標記及其篩選方法和應用。本發明基于SNP位點對杜泊羊品種的真實性進行鑒定，克服了表型性狀特征進行品種鑒定的缺陷性。

本發明第一方面，提供一種杜泊羊SNP標記，所述杜泊羊的特異SNP位點如表1所示：