[發明專利]基于微衛星標記Scabrou_B的魁蚶基因型檢測引物和方法

在審

• 申請號: 201710503891.6
• 申請日: 2017-06-28
• 公開（公告）號: CN107419010A
• 公開（公告）日: 2017-12-01
• 發明（設計）人: 劉云國;李瑤瑤;劉凌霄;李彥伸;高永林;李倩;姜竹茂
• 申請（專利權）人: 煙臺大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11
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• 代理人: 暫無信息

技術領域

本發明屬于魁蚶（Scapharca brouhtonii）DNA分子遺傳標記技術，涉及一種檢測魁蚶微衛星標記Scabrou_B的技術方法，具體是魁蚶微衛星標記Scabrou_B的檢測方法。

背景技術

魁蚶（Scapharca brouhtonii）隸屬軟體動物門（Mollusca），雙殼綱（Bivalvia），蚶目（Arcoida），蚶科（Arcidae），毛蚶屬（Scapharca），俗稱赤貝、血貝、大毛蛤，是一種大型底棲息經濟貝類?？缽V泛分布于太平洋西部沿岸，日本北海道以南，朝鮮半島和俄羅斯東南部。在我國，魁蚶主要分布于遼東半島東南部、山東半島北部和東部等海區?？缹儆诖笮万?，成體個大體肥，肉質鮮美，具有很高的經濟價值?？酪殉蔀槲覈钪匾暮ＫB殖品種之一。然而，目前東北亞地區不同地理種群魁蚶的分類學地位存在較大爭議。無論是在外部形態上還是線粒體基因組的序列特征上，不同群體魁蚶都顯示了較大的差異(Yokogawa 等, 1997；Liu 等, 2013；Liu 等, 2014)?？鲤B殖業的發展迫切需要了解養殖品種清晰的遺傳背景和遺傳多樣性，以掌握其資源狀況，為魁蚶養殖業的發展奠定基礎。微衛星標記作為一種共顯性遺傳標記，可以解決該問題。雖然同工酶標記、RAPD標記及AFLP標記技術也可以用于研究魁蚶的遺傳結構及其遺傳多樣性，然而由于這些標記都屬于顯性遺傳標記，檢測效率不如微衛星標記等共顯性標記高。另外，同工酶標記的缺點是多態性低， RAPD標記的穩定性不好，AFLP標記操作繁瑣，這些都大大限制了它們的應用。而微衛星序列廣泛分布于真核生物基因組中，其特點是種類多，等位基因數目多，多態性高，共顯性，孟德爾遺傳方式，并隨機分布于基因組中，而且微衛星標記檢測效率高，結果穩定。但由于目前開發的魁蚶微衛星標記多態性不高，限制了其分子遺傳學研究的發展，所以迫切需要獲取高多態性的微衛星標記以進行魁蚶遺傳多樣性、個體識別和系譜認證等方面的研究和應用。

參考文獻Yokogawa K. Morphological and genetic differences between Japanese and Chinese red ark shell Scapharca broughtonii [J]. Fisheries Science, 1997, 63(3): 332-337

Liu YG, Kurokawa T, Sekino M, et al. Complete mitochondrial DNA sequence of the ark shell Scapharca broughtonii: an ultra-large metazoan mitochondrial genome [J]. Comparative Biochemistry and Physiology part D, 2013, 8(1): 72-81

Liu YG, Kurokawa T, Sekino M, et al. Tandem repeat arrays in the mitochondrial genome as a tool for detecting genetic differences among the ark shell Scapharca broughtonii [J]. Marine Ecology-An Evolutionary Perspective, 2014, 35(3): 273-280。

發明內容

本發明的目的是提供一種高多態性的魁蚶DNA分子遺傳標記技術，即魁蚶微衛星標記Scabrou_B的快速檢測方法，以彌補已有技術的不足。

本發明的基本構思主要是利用魁蚶DNA序列中含有的微衛星核心序列，在其兩端設計特異性引物并進行PCR檢測，從而快速地檢測魁蚶每個個體在此微衛星區的遺傳變異，獲得該引物（微衛星標記Scabrou_B）對魁蚶的多態性圖譜，通過圖譜直觀地檢測出每個個體的基因型?；谏鲜霰尘艾F狀和實際要求，本發明從魁蚶DNA序列中獲取了一個微衛星標記，命名為Scabrou_B，該微衛星標記Scabrou_B可用于魁蚶遺傳多樣性分析和系譜認證。