[發明專利]抗原表位構象指紋數據庫

在審

• 申請號: 201710475245.3
• 申請日: 2017-06-21
• 公開（公告）號: CN107451421A
• 公開（公告）日: 2017-12-08
• 發明（設計）人: 楊家安
• 申請（專利權）人: 南京邁格羅醫藥科技有限公司
• 主分類號: G06F19/16
• 分類號: G06F19/16;G06F19/28
• 代理公司: 武漢藍寶石專利代理事務所(特殊普通合伙)42242
• 代理人: 常海濤

1.一種抗原表位構象指紋數據庫，每一條抗原表位的數據包括名稱，氨基酸序列，全信息構象指紋，所述的氨基酸序列從抗原表位數據庫中獲取，所述的全信息構象指紋是對抗原表位的氨基酸序列的三維空間構象進行預測得到的構象譜帶；所述構象譜帶，通過如下預測過程獲得：

1)從全部20個氨基酸中任意地提取5個氨基酸，形成總數為3,200,000的不同排列，每一個排列的可能折疊構象從全球蛋白質數據庫獲得，然后用蛋白折疊形狀碼表示；創建了一個數據庫來收集上述排列及其對應的蛋白折疊形狀碼，該數據庫被命名為5AAPFSC；

2)對于抗原表位的蛋白質，沿著氨基酸序列，從N-端開始，逐步移動向C-端，依次讀取每5個連續的氨基酸，其可能具有的折疊構象從5AAPFSC數據庫直接獲得，用蛋白折疊形狀碼的字符表示；在蛋白質數據庫中出現頻率最高的折疊構象對應的蛋白折疊形狀碼排在第一位，出現頻率第二高的折疊形狀碼排在第二位，從上到下依次形成一列，直至收集完全為止，每5個連續的氨基酸具有不同數目的折疊構象可能；

3)抗原表位的全部可能的折疊形狀碼形成一個陣列，稱為蛋白折疊構象譜帶，代表了抗原表位全部可能的折疊構象；對于每一個位點，通過其全部可能的折疊形狀碼的相互替代，可以準確地得到所有可能的構象；可能構象的總數目是全部每5個氨基酸可能折疊構象數目的連續乘積。

2.根據權利要求1所述的抗原表位構象指紋數據庫，其特征在于，所述構象譜帶的一個空間構象是由出現頻率最高的折疊形狀碼構成。

3.根據權利要求1所述的抗原表位構象指紋數據庫，其特征在于，所述構象譜帶的一個空間構象是由出現頻率第二高折疊形狀碼，在沒有第二高頻率構象位置，以頻率最高的的折疊形狀碼作為補充構成。

4.根據權利要求1所述的抗原表位構象指紋數據庫，其特征在于，所述蛋白質折疊形狀碼，對應27個描述五個連續氨基酸殘基的折疊形狀的向量；所述向量通過以下方法構建：

A)取蛋白質中每五個連續的氨基酸作為一個基本單元；

B)計算每個基本單元中的第一個二面角，該二面角是第一，第二，第三個氨基酸決定的平面與第二、第三、第四個氨基酸決定的平面的夾角；該二面角為a1,a2,a3所確定的范圍之一；

C)計算每個基本單元中的第二個二面角，該二面角是第二、第三、第四個氨基酸決定的平面與第三、第四、第五個氨基酸決定的平面的夾角，該二面角為b1,b2,b3所確定的范圍之一；

D)計算每個基本單元中的第一與第五個氨基酸之間的伸張距離，所述伸張距離為c1,c2,c3所確定的范圍之一；

E)依據步驟B，C，D得到的數值確定每個基本單元的向量；

所述a1從0°～130°，a2從130°～-130°，a3從-130°～0°；b1從0°～130°，b2從130°～-130°，b3從-130°～0°；c1從0～7.0埃，c2從4.0～17埃，c3大于12埃。