[發(fā)明專利]一種鑒定柿屬植物的方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201710445755.6
• 申請日: 2017-06-14
• 公開（公告）號: CN107164499B
• 公開（公告）日: 2018-10-02
• 發(fā)明（設計）人: 李文清;解孝滿;魯儀增;莊振杰;葛磊;楊海平;劉德深
• 申請（專利權）人: 山東省林木種質(zhì)資源中心
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869;C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 北京一格知識產(chǎn)權代理事務所(普通合伙) 11316
• 代理人: 李魏英;趙永偉

1.一種鑒別柿屬植物方法，其特征在于，包括如下步驟：

（1）以待測柿屬植物的基因組DNA為模板，用由序列表中序列1和序列2所示的兩條單鏈DNA分子組成的引物對其進行PCR擴增，得到PCR產(chǎn)物；

（2）將所述PCR產(chǎn)物測序后，所述PCR產(chǎn)物序列自5’端起的第53個核苷酸記為第1位，截掉所述PCR產(chǎn)物的核苷酸序列自5’末端起的前52個核苷酸以及含第749個以后的核苷酸，得到DUB序列；

（3）將所述DUB序列與DNA序列庫中的全部序列放在一起進行比對，得到DNA比對序列矩陣；

所述DNA序列庫為如下（a1）或（a2）：

（a1）由序列表中序列3至序列6中的至少一種組成；

（a2）由序列表中序列3至序列6中的至少一種，和序列7至序列14中的至少一種組成；

（4）根據(jù)所述DNA比對序列矩陣列出所述待測柿屬植物的核苷酸分子式；

所述待測柿屬植物的核苷酸分子式的通式為：

B₄B₉B₃₉B₄₂B₁₆₂B₁₈₆B₁₉₆B₂₀₁B₂₂₅B₂₂₇B₂₇₄B₂₉₉B₃₂₁B₃₄₀ B₃₄₄B₆₂₈；

在所述通式中，所述B₄、所述B₉、所述B₃₉、所述B₄₂、所述B₁₆₂、所述B₁₈₆、所述B₁₉₆、所述B₂₀₁、所述B₂₂₅、所述B₂₂₇、所述B₂₇₄、所述B₂₉₉、所述B₃₂₁、所述B₃₄₀、B₃₄₄和B₆₂₈，依次表示在DNA序列比對數(shù)據(jù)矩陣中的第4、9、39、42、162、186、196、201、225、227、274、299、321、340、344和628個位點，對應DUB序列的第4、9、39、42、162、186、196、201、225、227、274、299、321、340、344和628個核苷酸位點；

在所述通式中，每一個B為A、T、C和G中的任一種或兩種；

（5）將步驟（4）所得所述待測柿屬植物的核苷酸分子式與核苷酸分子式組I進行比對；

所述核苷酸分子式組I由如下a1）-a12）共12種核苷酸分子式組成：

a1）C₄T₉A₃₉C₄₂A₁₆₂C₁₈₆G₁₉₆T₂₀₁G₂₂₅C₂₂₇C₂₇₄G₂₉₉T₃₂₁A₃₄₀C₃₄₄T₆₂₈；

a2）C₄C₉G₃₉C₄₂A₁₆₂C₁₈₆A₁₉₆T₂₀₁G₂₂₅C₂₂₇C₂₇₄G₂₉₉C₃₂₁A₃₄₀C₃₄₄T₆₂₈；

a3）C₄C₉G₃₉C₄₂A₁₆₂C₁₈₆A₁₉₆T₂₀₁G₂₂₅C₂₂₇C₂₇₄G₂₉₉Y₃₂₁A₃₄₀C₃₄₄T₆₂₈；

a4）C₄C₉G₃₉C₄₂R₁₆₂Y₁₈₆G₁₉₆T₂₀₁G₂₂₅C₂₂₇C₂₇₄G₂₉₉C₃₂₁A₃₄₀C₃₄₄T₆₂₈；

a5）T₄T₉G₃₉C₄₂A₁₆₂C₁₈₆G₁₉₆T₂₀₁G₂₂₅C₂₂₇C₂₇₄A₂₉₉C₃₂₁A₃₄₀C₃₄₄T₆₂₈；

a6）C₄T₉G₃₉C₄₂A₁₆₂C₁₈₆G₁₉₆T₂₀₁C₂₂₅T₂₂₇C₂₇₄G₂₉₉C₃₂₁A₃₄₀C₃₄₄T₆₂₈；

a7）C₄T₉G₃₉C₄₂A₁₆₂C₁₈₆G₁₉₆C₂₀₁C₂₂₅C₂₂₇C₂₇₄G₂₉₉C₃₂₁A₃₄₀T₃₄₄T₆₂₈；

a8）C₄T₉G₃₉C₄₂A₁₆₂C₁₈₆G₁₉₆C₂₀₁C₂₂₅C₂₂₇C₂₇₄G₂₉₉C₃₂₁A₃₄₀Y₃₄₄T₆₂₈；

a9）C₄T₉G₃₉C₄₂A₁₆₂C₁₈₆G₁₉₆C₂₀₁C₂₂₅C₂₂₇C₂₇₄G₂₉₉C₃₂₁A₃₄₀C₃₄₄T₆₂₈；

a10）C₄T₉G₃₉C₄₂A₁₆₂C₁₈₆G₁₉₆T₂₀₁G₂₂₅T₂₂₇G₂₇₄G₂₉₉C₃₂₁A₃₄₀C₃₄₄T₆₂₈；

a11）C₄T₉G₃₉Y₄₂A₁₆₂C₁₈₆G₁₉₆T₂₀₁G₂₂₅T₂₂₇G₂₇₄G₂₉₉C₃₂₁A₃₄₀C₃₄₄T₆₂₈；

a12）C₄Y₉G₃₉C₄₂A₁₆₂C₁₈₆G₁₉₆T₂₀₁G₂₂₅C₂₂₇C₂₇₄G₂₉₉T₃₂₁A₃₄₀C₃₄₄T₆₂₈；

在a1）-a12）中，Y表示T和C；R表示A和G；

（6）根據(jù)步驟（5）的比對結果，按照如下方法對所述待測柿屬植物進行鑒定：

若所述待測柿屬植物的核苷酸分子式為a1）所示的核苷酸分子式，則所述待測柿屬植物為或候選為臺灣烏木；

若所述待測柿屬植物的核苷酸分子式為a2）所示的核苷酸分子式，則所述待測柿屬植物為或候選為烏柿x3號；

若所述待測柿屬植物的核苷酸分子式為a3）所示的核苷酸分子式，則所述待測柿屬植物為或候選為烏柿5號；

若所述待測柿屬植物的核苷酸分子式為a4）所示的核苷酸分子式，則所述待測柿屬植物為或候選為老鴉柿；

若所述待測柿屬植物的核苷酸分子式為a5）所示的核苷酸分子式，則所述待測柿屬植物為或候選為金棗柿；

若所述待測柿屬植物的核苷酸分子式為a6）所示的核苷酸分子式，則所述待測柿屬植物為或候選為浙江柿164號；

若所述待測柿屬植物的核苷酸分子式為a7）所示的核苷酸分子式，則所述待測柿屬植物為或候選為浙江柿873號；

若所述待測柿屬植物的核苷酸分子式為a8）所示的核苷酸分子式，則所述待測柿屬植物為或候選為君遷子4號；

若所述待測柿屬植物的核苷酸分子式為a9）所示的核苷酸分子式，則所述待測柿屬植物為或候選為君遷子8號；

若所述待測柿屬植物的核苷酸分子式為a10）所示的核苷酸分子式，則所述待測柿屬植物為或候選為美洲柿20-80號；

若所述待測柿屬植物的核苷酸分子式為a11）所示的核苷酸分子式，則所述待測柿屬植物為或候選為美洲柿20-82號；

若所述待測柿屬植物的核苷酸分子式為a12）所示的核苷酸分子式，則所述待測柿屬植物為或候選為油柿20-75號。