[發(fā)明專利]與中國荷斯坦奶牛繁殖性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201710443851.7
• 申請日: 2017-06-13
• 公開（公告）號: CN107267605B
• 公開（公告）日: 2020-09-01
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 賀鵬迦;馬彥男;馬正才;董艷嬌;朱靜;馬永生
• 申請（專利權(quán)）人: 甘肅民族師范學(xué)院
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 北京路浩知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11002
• 代理人: 王文君;陳征

本發(fā)明提供了與中國荷斯坦奶牛繁殖性狀相關(guān)的SNP標(biāo)記及其應(yīng)用，屬于分子育種技術(shù)領(lǐng)域。本發(fā)明從牛PPARG基因中擴(kuò)增一特異片段，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示，其中在序列表SEQ ID NO.1的第118bp處有G→T的單堿基突變。此SNP標(biāo)記位點(diǎn)上堿基為G的中國荷斯坦奶牛產(chǎn)后第一次配種天數(shù)、空懷天數(shù)和受胎指數(shù)顯著低于堿基為T的中國荷斯坦奶牛。本發(fā)明還提供了用于檢測上述SNP標(biāo)記的引物及含有該引物的試劑盒。本發(fā)明還提供了所述SNP標(biāo)記在鑒定高繁殖性能的中國荷斯坦奶牛優(yōu)勢品種中的應(yīng)用以及在中國荷斯坦奶牛分子標(biāo)記輔助育種中的應(yīng)用，具有操作簡單，靈敏度高，準(zhǔn)確性強(qiáng)，檢測成本低的優(yōu)點(diǎn)。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及分子生物學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及與中國荷斯坦奶牛繁殖性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及檢測該分子標(biāo)記的試劑盒，以及該SNP分子標(biāo)記和試劑盒的應(yīng)用。

背景技術(shù)

分子標(biāo)記輔助選擇(Marker Assistant Select，MAS)由于充分利用了遺傳標(biāo)記、表型和系譜信息，比常規(guī)遺傳評定方法具有更大的信息量，可提高個(gè)體遺傳評定的準(zhǔn)確性。Meuwissen等(2001)通過模擬證明，根據(jù)標(biāo)記信息預(yù)測育種值的準(zhǔn)確性可達(dá)85％。在無后裔測定記錄的情況下，育種值的估計(jì)達(dá)到如此高的準(zhǔn)確度具有非常重大的意義。在牛育種中應(yīng)用MAS有許多優(yōu)點(diǎn)：不易受環(huán)境的影響，沒有性別、年齡的限制，允許進(jìn)行早期選種，縮短世代間隔，提高選擇強(qiáng)度，從而提高選種的效率和準(zhǔn)確性。Kashi等(2008)指出，在奶牛上，利用MAS對后備公牛進(jìn)行性狀基因篩選，其速度比傳統(tǒng)的后裔測定方法要快20～30％。通過提前選擇種公牛，MAS可獲得雙倍的遺傳進(jìn)展。

PCR-SSCP(polymerase chain reaction-single strand conformationpolymorphism)屬于單核苷酸多態(tài)性(SNP)的一種形式。PCR-SSCP分子標(biāo)記是在PCR和DNA單鏈凝膠電泳技術(shù)基礎(chǔ)上發(fā)展起來的一種基因變異檢測技術(shù)。其基本原理是：在中性聚丙烯酰胺凝膠電泳時(shí)，DNA單鏈的遷移率除與DNA的長短有關(guān)外，更主要的是取決于DNA單鏈所形成的構(gòu)象。在非變性條件下，DNA單鏈可自折疊形成具有一定空間結(jié)構(gòu)的構(gòu)象，這種構(gòu)象由DNA單鏈堿基順序所決定，其穩(wěn)定性靠分子內(nèi)部的相互作用(主要為氫鍵)來維持。相同長度的DNA單鏈因順序不同，甚至單個(gè)堿基的改變，造成單鏈構(gòu)象的變化，從而引起電泳遷移率的不同，表現(xiàn)出多態(tài)性，即單鏈構(gòu)象多態(tài)性(SSCP)。作為一種新的DNA序列變異檢測手段，PCR-SSCP法與傳統(tǒng)的檢測基因變異的方法相比確有獨(dú)到之處：1)它可以發(fā)現(xiàn)靶DNA片段中未知位置的堿基突變；Takao經(jīng)實(shí)驗(yàn)證明小于300bp的DNA片段中的單堿基突變，90％可被SSCP發(fā)現(xiàn)；2)通過聚丙烯酰胺凝膠電泳將不同遷移率的突變單鏈DNA分離，還可以進(jìn)一步提純。

對泌乳性能的高強(qiáng)度選擇打亂了群體的遺傳穩(wěn)態(tài)，泌乳性能與功能性狀間的負(fù)相關(guān)造成高產(chǎn)奶牛群體繁殖性能的退化。據(jù)報(bào)道，每年有15-20％的奶牛由于繁殖問題而被迫淘汰，其造成的直接和間接損失嚴(yán)重影響奶業(yè)經(jīng)濟(jì)效益。衡量繁殖性能的常用指標(biāo)主要包括初產(chǎn)月齡、產(chǎn)后第一次配種天數(shù)、空懷天數(shù)、產(chǎn)犢間隔、受胎指數(shù)等，由于這些性狀的遺傳力較低、缺乏數(shù)據(jù)記錄，導(dǎo)致很難將其考慮到育種計(jì)劃中。以繁殖性能的候選基因?yàn)闄z測對象，通過現(xiàn)代分子生物學(xué)技術(shù)和數(shù)量遺傳學(xué)的方法，分析這些基因的多態(tài)性與生產(chǎn)性能的相關(guān)性，找出對生產(chǎn)有利的基因型或等位基因，進(jìn)而將這些基因或與其緊密連鎖的基因作為標(biāo)記應(yīng)用于選種，不但可以提高選種的準(zhǔn)確性，更重要的是可以在動物還不能表現(xiàn)出性狀的早期就可以通過檢測基因型對動物進(jìn)行選擇，這顯然比傳統(tǒng)的僅依據(jù)表型值進(jìn)行選擇更經(jīng)濟(jì)和可靠。