[發(fā)明專利]一種用于早期肺癌無創(chuàng)篩查的組合物及其應(yīng)用

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201710414116.3
• 申請(qǐng)日: 2017-06-05
• 公開（公告）號(hào): CN107034296B
• 公開（公告）日: 2019-06-25
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 劉沛
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 北京鑫諾美迪基因檢測(cè)技術(shù)有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/6886
• 分類號(hào): C12Q1/6886;C12Q1/6858
• 代理公司: 北京同輝知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11357
• 代理人: 劉洪勛

本發(fā)明公開了一種用于早期肺癌無創(chuàng)篩查的組合物及其應(yīng)用,組合物包括SHOX2基因的3對(duì)甲基化特異性引物探針、PTGER4基因的3對(duì)甲基化特異性引物及1對(duì)內(nèi)參基因引物探針，還包括SHOX2基因的3個(gè)非甲基化目的基因?qū)?yīng)的MGB探針和PTGER4基因的3個(gè)非甲基化目的基因?qū)?yīng)的MGB探針。用于早期肺癌無創(chuàng)篩查的甲基化檢測(cè)試劑盒包括該組合物,通過檢測(cè)肺癌高風(fēng)險(xiǎn)人群血液中游離DNA的SHOX2基因和PTGER4基因啟動(dòng)區(qū)、基因編碼及非編碼區(qū)域中的3個(gè)目標(biāo)位點(diǎn)甲基化情況來篩查早期肺癌患者，并輔助肺癌的早期診斷。對(duì)于甲基化特異性的PCR(Methylation?specific PCR，MSP)檢測(cè)方法，操作簡(jiǎn)便、耗時(shí)較短，結(jié)果易于分析。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及肺癌超早期篩查檢測(cè)技術(shù)領(lǐng)域，特別是一種以血漿游離DNA為基礎(chǔ)的針對(duì)肺癌0期及I期的無創(chuàng)篩查技術(shù)。

背景技術(shù)

據(jù)全國腫瘤登記中心的最新的數(shù)據(jù)顯示，全國肺癌新發(fā)病例約73.3萬例，位居所有惡性腫瘤發(fā)病率的第一位(19.9％)；死亡病例約59.1萬，占全部惡性腫瘤死亡病例的第一位(26.5％)。在當(dāng)前的醫(yī)療體系下，中晚期肺癌患者五年的生存率僅為10-20％，但對(duì)于早期肺癌病人的治療，通過手術(shù)切除的方法約有80-90％以上可以治愈。因此肺癌早篩意義重大，有效的早期篩查和干預(yù)治療可使肺癌的發(fā)生率下降60％，病死率下降80％。然而絕大多數(shù)的早期肺癌(尤其是0期和I期)患者無任何明顯的臨床癥狀。患者在初次診斷出肺癌時(shí)，85％為中晚期，早期診斷的比例僅約14％。早期肺癌沒有明顯的臨床癥狀，待出現(xiàn)相關(guān)臨床癥狀時(shí)已是肺癌的中晚期，只有約15.8％的患者生存期能達(dá)到五年以上，此時(shí)病人的臨床癥狀較為明顯，相關(guān)的體外輔助診斷已無太大意義。

“防患于未然”是當(dāng)前精準(zhǔn)醫(yī)療及醫(yī)療大數(shù)據(jù)時(shí)代背景下的核心目標(biāo)。肺癌的早期發(fā)現(xiàn)、早期診斷、早期治療是降低肺癌死亡人數(shù)的重要措施。然而當(dāng)前肺癌的超早期診斷技術(shù)極具挑戰(zhàn)，有諸多技術(shù)難點(diǎn)尚未克服。目前對(duì)于肺癌早期篩查的方法有多種，比如低劑量CT診斷、組織細(xì)胞層面的肺癌診斷、基因?qū)用娴姆伟┰\斷等。但這些技術(shù)手段存在諸多弊端：低劑量CT檢測(cè)存在較多的假陽性，并且檢測(cè)成本高；組織層面的肺癌診斷在取樣方面會(huì)給患者帶來較大痛苦，且有可能導(dǎo)致癌細(xì)胞擴(kuò)散或轉(zhuǎn)移；基因?qū)用娴哪[瘤特異性分子標(biāo)志物檢測(cè)可作為肺癌早期診斷的一種手段，但技術(shù)尚未成熟。

液態(tài)活檢是一種極具臨床應(yīng)用前景的無創(chuàng)檢測(cè)技術(shù)，可以通過采血來檢測(cè)血液中游離ctDNA，而在腫瘤早期篩查的臨床應(yīng)用中最重要的是尋找與早期肺癌相關(guān)性強(qiáng)的腫瘤標(biāo)志物，通過基因檢測(cè)的技術(shù)手段實(shí)現(xiàn)早期發(fā)現(xiàn)腫瘤的目的。近幾年，多個(gè)臨床實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，腫瘤發(fā)生過程中某些特定基因的甲基化程度可作為腫瘤診斷的一種分子標(biāo)志，并且這種改變是腫瘤所特有的。DNA甲基化發(fā)生在腫瘤的早期階段，因而能夠在腫瘤形成初期利用基因檢測(cè)手段提前發(fā)現(xiàn)，為之后的預(yù)防、治療、疾病監(jiān)控以及預(yù)后提供一個(gè)直觀的潛在指標(biāo)。在本發(fā)明中，我們采用檢測(cè)血液中的循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)中與早期肺癌相關(guān)基因的甲基化狀態(tài)判斷是否發(fā)生腫瘤。DNA甲基化是表觀遺傳學(xué)水平基因表達(dá)、細(xì)胞發(fā)育和細(xì)胞分化等過程調(diào)控的重要方式。異常的DNA甲基化在癌癥發(fā)生過程中有重要作用。DNA甲基化主要發(fā)生在-C-磷酸-G-(CpG)位點(diǎn)。以肺癌組織或細(xì)胞為對(duì)象的甲基化研究均發(fā)現(xiàn)，SHOX2和PTGER4基因CpG島的甲基化水平比正常組織或細(xì)胞明顯升高，即超甲基化現(xiàn)象。另外，有報(bào)道顯示，癌癥相關(guān)基因在不同時(shí)期的癌癥以及不同惡性程度的腫瘤中發(fā)生超甲基化的DNA靶序列有差異，說明早期肺癌的發(fā)生具有一定的序列特異性。

本專利涉及兩個(gè)肺癌相關(guān)的標(biāo)志物：