[發明專利]基因突變檢測用引物對、試劑盒及靶向測序文庫構建方法

在審

• 申請號: 201710385786.7
• 申請日: 2017-05-26
• 公開（公告）號: CN107574245A
• 公開（公告）日: 2018-01-12
• 發明（設計）人: 房健民;胡文瑋;尹建新
• 申請（專利權）人: 同濟大學
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12N15/11;C40B50/06
• 代理公司: 上海科盛知識產權代理有限公司31225
• 代理人: 褚明偉

1.基因突變檢測用引物對，其特征在于，包括正向鏈與反向鏈，

所述的正向鏈包括ion torrent測序平臺所必須的測序接頭A、用以區別不同檢測樣品的特定核酸序列、及用以對樣品中靶向基因目的片段進行捕獲和擴增的捕獲目的片段上游引物序列；

所述的反向鏈包括ion torrent測序平臺所必須的測序接頭Trp1、及用以對樣品中靶向基因目的片段進行捕獲和擴增的捕獲目的片段下游引物序列。

2.根據權利要求1所述的基因突變檢測用引物對，其特征在于，所述的正向鏈結構為：

5’-CCATCTCATCCCTGCGTGTCTCCGACTCAG|barcode|GAT|捕獲目的片段上游引物序列-3’，

其中，第1-30位下劃線序列以及第37-39位序列為測序接頭A，barcode為由5位序列組成的特定核酸序列，第39位以后序列為捕獲目的片段上游引物序列。

3.根據權利要求1所述的基因突變檢測用引物對，其特征在于，所述的反向鏈結構為：

5’-CCTCTCTATGGGCAGTCGGTGAT|捕獲目的片段下游引物序列-3’，

其中，第1-23位下劃線序列為測序接頭Trp1，第23位以后序列為捕獲目的片段下游引物序列。

4.根據權利要求1或2所述的基因突變檢測用引物對，其特征在于，所述的特定核酸序列為5個核苷酸長度的序列，其由4種核苷酸進行自由組合，同時排除3個連續相同的核苷酸的組合。

5.根據權利要求4所述的基因突變檢測用引物對，其特征在于，所述的特定核酸序列中，在最后兩位設置GC組合代表正向測序，AT組合代表方向測序。

6.根據權利要求1所述的基因突變檢測用引物對，其特征在于，所述的基因突變檢測用引物對用于捕獲EGFR的第18外顯子目的片段時，其中EGFR的第18外顯子目的片段序列如SEQ ID NO.1所示，

捕獲目的片段上游引物序列如SEQ ID NO.7所示，

捕獲目的片段下游引物序列如SEQ ID NO.8所示。

7.根據權利要求1所述的基因突變檢測用引物對，其特征在于，所述的基因突變檢測用引物對用于捕獲EGFR的第19外顯子目的片段時，其中EGFR的第19外顯子目的片段序列如SEQ ID NO.2所示，

捕獲目的片段上游引物序列如SEQ ID NO.9所示，

捕獲目的片段下游引物序列如SEQ ID NO.10所示。

8.根據權利要求1所述的基因突變檢測用引物對，其特征在于，所述的基因突變檢測用引物對用于捕獲EGFR的第20外顯子目的片段時，其中EGFR的第20外顯子目的片段序列如SEQ ID NO.3所示，

捕獲目的片段上游引物序列如SEQ ID NO.11所示，

捕獲目的片段下游引物序列如SEQ ID NO.12所示。

9.根據權利要求1所述的基因突變檢測用引物對，其特征在于，所述的基因突變檢測用引物對用于捕獲EGFR的第21外顯子目的片段時，其中EGFR的第21外顯子目的片段序列如SEQ ID NO.4所示，

捕獲目的片段上游引物序列如SEQ ID NO.13所示，

捕獲目的片段下游引物序列如SEQ ID NO.14所示。

10.根據權利要求1所述的基因突變檢測用引物對，其特征在于，所述的基因突變檢測用引物對用于捕獲KRAS的第2外顯子目的片段時，其中KRAS的第2外顯子目的片段序列如SEQ ID NO.5所示，

捕獲目的片段上游引物序列如SEQ ID NO.15所示，

捕獲目的片段下游引物序列如SEQ ID NO.16所示。

11.根據權利要求1所述的基因突變檢測用引物對，其特征在于，所述的基因突變檢測用引物對用于捕獲KRAS的第3外顯子目的片段時，其中KRAS的第3外顯子目的片段序列如SEQ ID NO.6所示，

捕獲目的片段上游引物序列如SEQ ID NO.17所示，

捕獲目的片段下游引物序列如SEQ ID NO.18所示。