[發(fā)明專利]一種檢測黃牛SERPINA3基因單核苷酸多態(tài)性的方法及其應用

有效

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• 申請日: 2017-04-27
• 公開（公告）號: CN106947826B
• 公開（公告）日: 2020-06-30
• 發(fā)明（設計）人: 黃永震;楊士珍;賀花;劉鯤鵬;鄧立;陳宏;雷初朝;藍賢勇;黨瑞華;胡沈榮
• 申請（專利權）人: 西北農(nóng)林科技大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888
• 代理公司: 西安通大專利代理有限責任公司 61200
• 代理人: 范巍

本發(fā)明公開了一種檢測黃牛SERPINA3基因單核苷酸多態(tài)性的方法及其應用，以待測黃牛全基因組DNA為模板，以引物對P1為引物，PCR擴增黃牛SERPINA3基因部分片段；利用瓊脂糖凝膠電泳檢測PCR擴增產(chǎn)物片段大小；用限制性內切酶BstXI酶切PCR擴增片段之后，再對酶切后的擴增片段進行瓊脂糖凝膠電泳；根據(jù)瓊脂糖凝膠電泳結果鑒定黃牛SERPINA3基因第648位的單核苷酸多態(tài)性位點的基因型；本發(fā)明提供的檢測方法可用于夏南牛等中國地方黃牛品種肉用生長性狀的分子標記輔助選擇，進而快速建立遺傳資源優(yōu)良的黃牛種群。

技術領域

本發(fā)明屬于分子遺傳學領域，涉及基因單核苷酸多態(tài)性的檢測，特別涉及一種檢測黃牛SERPINA3基因單核苷酸多態(tài)性的方法及其應用。

背景技術

單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism，SNP)是由美國麻省理工學院的人類基因組研究中心的學者Lander(1996)提出的一類遺傳標記系統(tǒng)，就是指基因組DNA序列中由于單個核苷酸(A/G/C/T)的變化而引起的多態(tài)性。它的變異形式有：顛換、轉換、插入和缺失等，主要由單個堿基的轉換或者顛換所引起。具有轉換型的堿基變異的SNPs約占2/3。在任何已知或未知的基因內或附近都可能找到數(shù)量不等的SNPs，基因編碼區(qū)內的SNPs(cSNPs)比較少，因為在外顯子內的變異率僅占周圍序列的1/5，但它在育種的研究中卻具重要意義，因此倍受關注。

標記輔助選擇就是將現(xiàn)代生物技術與常規(guī)選擇方法相結合，通過對遺傳標記的選擇來間接選擇控制某性狀的數(shù)量性狀位點(QTL)，使之能夠同時利用標記位點信息和數(shù)量性狀的表型信息，更準確估計動物個體的育種值，提高選擇效率，加快育種進展。標記輔助選擇主要經(jīng)歷了三個階段：第一階段是家畜各性狀間的遺傳分析；第二階段是蛋白質(酶)標記對數(shù)量性狀的標記階段；第三個階段是分子遺傳標記階段。隨著分子標記技術日漸成熟與豐富，使覆蓋整個基因組的標記成為可能，通過與QTL間的連鎖分析，實現(xiàn)分子標記輔助選擇的目標。SNP作為新的遺傳標記已廣泛應用于基因定位、克隆、遺傳育種及多樣性的研究。分子育種，即分子標記輔助選擇(molecular mark-assist selection,MAS)，該技術是借助DNA分子標記對遺傳資源或育種材料進行選擇，對畜禽的綜合性狀進行品種改良，它是利用現(xiàn)代分子生物學和傳統(tǒng)遺傳育種相結合的方法，進行新品種選育。在畜禽育種中，人們期望，通過對生長性狀密切相關，并且與數(shù)量性狀緊密連鎖的DNA標記的選擇，達到早期選種和提高育種值準確性的目的，從而在畜禽育種中獲得更大的遺傳進展。

近年來，人們發(fā)展了許多用于探尋分子遺傳標記的方法，最常見的有單鏈構象多態(tài)技術(SSCP)、PCR-RFLP和直接測序技術等，PCR-RFLP是目前廣泛應用的一種分子標記檢測方法，是分類研究的有效手段。生物在長期的進化過程中，在種、屬乃至品種間同源DNA序列中的某一位點上，由于發(fā)生插入、缺失、倒位、易位或單堿基突變等都會造成該處限制性內切酶識別位點的增加或減少。因而，當用某一特定的限制酶酶切DNA時，在該位點上就會產(chǎn)生酶切DNA片段長度的差異，這種差異可反映在電泳圖譜上，并可通過Southern印跡雜交進行檢測。

RFLP連鎖分析是將PCR擴增后的目的片段，用限制性內切酶酶切，由于酶切位點及其位置的不同，酶切后會產(chǎn)生不同長度的片段，然后進行凝膠電泳，通過不同帶型對多態(tài)性的DNA進行初步分離。該方法簡單，易于操作，是最早用于多態(tài)性分析的方法，適用于多態(tài)性初步篩選。

絲氨酸蛋白酶抑制蛋白3(SERPINA3)屬絲氨酸蛋白酶抑制劑超家族A亞型，由423個氨基酸組成，含有一個位于N端的信號肽和一個具有絲氨酸蛋白酶抑制劑活性的serpin結構域，C端含有一個具有23個氨基酸長度的活性反應中心環(huán)；相對分子質量為55000～66000，具有多個糖基化位點，但這些糖基化位點不參與絲氨酸蛋白酶抑制劑功能。