[發(fā)明專利]分析生物基因組基因表達、拷貝數(shù)變異的可視化方法

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 201710266658.0
• 申請日: 2017-04-21
• 公開（公告）號: CN107169314A
• 公開（公告）日: 2017-09-15
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 宋凱;畢家豪
• 申請（專利權(quán)）人: 天津大學
• 主分類號: G06F19/26
• 分類號: G06F19/26
• 代理公司: 天津市北洋有限責任專利代理事務(wù)所12201
• 代理人: 宋潔瑾

1.一種分析生物基因組基因表達、拷貝數(shù)變異的可視化方法，其特征在于，包括以下步驟：

(1)橫縱坐標的確定：把每個染色體的所有基因，按照每個基因的起始位置作為橫坐標；用matlab軟件中的獨立樣本檢驗函數(shù)ttest2，然后每個基因會得到一個P值，然后對P值進行處理，-10log10(P)這個值始終是正的，我們將這個值作為縱坐標的幅度值；

(2)顏色的確定：事先需要規(guī)定兩組樣本的顏色，然后用matlab中的中位數(shù)函數(shù)，遍歷出這兩組樣本中每個基因的拷貝數(shù)的中位數(shù)值，然后比較每個基因的兩個中位數(shù)，誰的中位數(shù)值大，則顏色就取規(guī)定的該中位數(shù)所屬組的顏色；

(3)Y軸朝向的確定：在找到每個基因拷貝數(shù)中位數(shù)值大的所屬的樣本組后，拿這個大的基因拷貝數(shù)值中位數(shù)和該組所屬的癌癥類型中的正常樣本的基因拷貝數(shù)中位數(shù)值做差，做差后的結(jié)果，如果值是正值則縱軸方向朝上，如果值是負值則縱軸方向朝下；

(4)繪制線：用matlab中的line函數(shù)；

(5)垂直虛線：因為中心體也有具體的位置，同樣可以用line函數(shù)，把虛線繪制出來；

(6)百分比值的確定：用Bonferonni校正的p值為2*10的-6次，做水平虛線，然后計算每個染色體中的p臂或者q臂中，P值大于那條水平虛線閾值的基因個數(shù)占該染色體整個p臂或者q臂的比例。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述分析生物基因組基因表達、拷貝數(shù)變異的可視化方法，其特征在于，所述步驟(2)兩組樣本可以是兩種癌癥樣本，或者是同一種癌癥下的腫瘤樣本和正常樣本。