[發明專利]探究參與林木miRNAs生物形成通路的基因與miRNAs之間調控機制的方法和系統

在審

• 申請號: 201710245598.4
• 申請日: 2017-04-14
• 公開（公告）號: CN108504757A
• 公開（公告）日: 2018-09-07
• 發明（設計）人: 張德強;陳蓓蓓;陳金輝
• 申請（專利權）人: 北京林業大學
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895
• 代理公司: 北京清亦華知識產權代理事務所(普通合伙) 11201
• 代理人: 趙天月

1.一種探究參與林木miRNAs生物形成通路的基因與miRNAs之間調控機制的方法，其特征在于，包括：

(1)獲得參與miRNAs生物形成通路的基因；

(2)獲得miRNAs生物形成通路的基因與miRNAs的SNP基因型；

(3)利用epiSNP軟件檢測目的基因間的上位性模式；

(4)利用RT-qPCR技術對基因間的上位性效應進行驗證。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟(2)進一步包括：

(1)通過對種質資源庫個體的基因組重測序，獲得每株個體的基因組序列；

(2)經序列比對，獲得目標基因的基因型；

(3)對基因型進行篩選，所述篩選的標準是每個標記需產生三種基因型且最少的SNP基因型頻率≥10％。

3.根據權利要求2所述的方法，其特征在于，所述種質資源庫為毛白楊種質資源庫，

任選地，所述個體的數量為435株。

4.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，在步驟(3)中，所述檢測目的基因間的上位性模式包含檢測自然群體個體的表型性狀，

任選地，所述自然群體為毛白楊自然群體，

任選地，所述個體的數量為435株，

任選地，所述表型性狀的數量為10。

5.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟(3)進一步包括：對獲得的顯著關聯結果進行FDR多重檢驗，

任選地，步驟(3)進一步包括：基于獲得的顯著關聯，篩選出miRNAs生物形成通路基因與miRNAs之間的上位效應。

6.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟(4)進一步包括：從miRNAs生物形成通路基因與miRNAs之間的上位效應對中任取一對基因，探究上位效應的發生對miRNA的表達水平產生的影響，

任選地，步驟(4)進一步包括：，對于每種基因型組合從關聯群體中隨機選取10株個體用于基因間上位效應的驗證。

7.基因間的上位性效應在研究參與miRNAs生物形成通路的基因與miRNAs之間的調控關系中的用途。

8.一種探究參與林木miRNAs生物形成通路的基因與miRNAs之間調控機制的系統，其特征在于，包括：

獲得基因裝置，所述獲得基因裝置用于獲得參與miRNAs生物形成通路的基因；

獲得SNP基因型裝置，所述獲得SNP基因型裝置用于獲得miRNAs生物形成通路的基因與miRNAs的SNP基因型；

獲得上位性模式裝置，所述獲得上位性模式裝置用于利用epiSNP軟件檢測目的基因間的上位性模式；

驗證裝置，所述驗證裝置用于利用RT-qPCR技術對基因間的上位性效應進行驗證。

9.根據權利要求8所述的系統，其特征在于，所述獲得SNP基因型裝置包括：

重測序單元，所述重測序單元用于通過對種質資源庫個體的基因組重測序，獲得每株個體的基因組序列；

比對單元，所述比對單元用于經序列比對，獲得目標基因的基因型；

第一篩選單元，所述篩選單元用于對基因型進行篩選。

10.根據權利要求8所述的系統，其特征在于，所述獲得上位性模式裝置包括：檢測表型形狀單元，所述檢測表型形狀單元用于檢測自然群體個體的表型性狀，

任選地，所述獲得上位性模式裝置進一步包括：FDR多重檢驗單元，所述FDR多重檢驗單元用于對獲得的顯著關聯結果進行FDR多重檢驗，

任選地，所述獲得上位性模式裝置進一步包括：第二篩選單元，所述第二篩選單元用于基于獲得的顯著關聯，篩選出miRNAs生物形成通路基因與miRNAs之間的上位效應，

任選地，所述驗證裝置進一步包括：探究表達水平單元，所述探究表達水平單元用于從miRNAs生物形成通路基因與miRNAs之間的上位效應對中任取一對基因，探究上位效應的發生對miRNA的表達水平產生的影響，

任選地，所述驗證裝置進一步包括：上位效應的驗證單元，所述上位效應驗證單元對于每種基因型組合從關聯群體中隨機選取10株個體用于基因間上位效應的驗證。