[發明專利]腫瘤驅動基因的檢測芯片及其應用

有效

• 申請號: 201710214856.2
• 申請日: 2017-04-01
• 公開（公告）號: CN107022610B
• 公開（公告）日: 2019-02-05
• 發明（設計）人: 嚴令華;韓寧寧
• 申請（專利權）人: 常州桐樹生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C40B40/06
• 代理公司: 廣州華進聯合專利商標代理有限公司 44224
• 代理人: 徐春祺

1.一種腫瘤驅動基因的檢測芯片，其特征在于，所述檢測芯片上包括用于檢測基因融合的第一序列組，所述第一序列組包括ALK融合檢測劑、EGFR融合檢測劑、RET融合檢測劑以及ROS1融合檢測劑；

所述ALK融合檢測劑用于檢測ALK基因與融合片斷融合后形成的ALK融合基因；

所述EGFR融合檢測劑用于檢測EGFR基因與所述融合片斷融合后形成的EGFR融合基因；

所述RET融合檢測劑用于檢測RET基因與所述融合片斷融合后形成的RET融合基因；

所述ROS1融合檢測劑用于檢測ROS1基因與所述融合片斷融合后形成的ROS1融合基因；

所述ALK融合檢測劑針對2號染色體第29446129～29448537位點區域內的ALK基因設計；

所述EGFR融合檢測劑針對7號染色體第55267769～55269109位點區域內的EGFR基因設計；

所述RET融合檢測劑針對10號染色體第43610118～43612098位點區域內的RET基因設計；

所述ROS1融合檢測劑針對6號染色體第117640938～117658598位點區域內的ROS1基因設計；

所述融合片斷源自CCDC6基因、CD74基因、CLTC基因、ERC1基因、EZR基因、GOLGA5基因、GOPC基因、KIF5B基因、KLC1基因、KTN1基因、LRIG3基因、NCOA4基因、NPM1基因、PRKAR1A基因、PURB基因、RAD51基因、SDC4基因、SLC34A2基因、STRN基因、TFG基因、TPM3基因、TRIM24基因及TRIM33基因；

所述ALK融合檢測劑包括如SEQ ID No.1～SEQ ID No.27所示的核苷酸鏈，

所述EGFR融合檢測劑包括如SEQ ID No.28～SEQ ID No.46所示的核苷酸鏈，

所述RET融合檢測劑包括如SEQ ID No.47～SEQ ID No.78所示的核苷酸鏈，

所述ROS1融合檢測劑包括如SEQ ID No.79～SEQ ID No.195所示的核苷酸鏈；

如SEQ ID No.1所示的核苷酸鏈用于檢測2號染色體第29446129～29446249位點區域的ALK基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.2所示的核苷酸鏈用于檢測2號染色體第29446189～29446309位點區域的ALK基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.3所示的核苷酸鏈用于檢測2號染色體第29446249～29446369 位點區域的ALK基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.4所示的核苷酸鏈用于檢測2號染色體第29446309～29446429位點區域的ALK基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.5所示的核苷酸鏈用于檢測2號染色體第29446396～29446489位點區域的ALK基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.6所示的核苷酸鏈用于檢測2號染色體第29446429～29446549位點區域的ALK基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.7所示的核苷酸鏈用于檢測2號染色體第29446489～29446609位點區域的ALK基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.8所示的核苷酸鏈用于檢測2號染色體第29446549～29446669位點區域的ALK基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.9所示的核苷酸鏈用于檢測2號染色體第29447338～29447457位點區域的ALK基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.10所示的核苷酸鏈用于檢測2號染色體第29447397～29447517位點區域的ALK基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.11所示的核苷酸鏈用于檢測2號染色體第29447457～29447577位點區域的ALK基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.12所示的核苷酸鏈用于檢測2號染色體第29447517～29447637位點區域的ALK基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.13所示的核苷酸鏈用于檢測2號染色體第29447577～29447697位點區域的ALK基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.14所示的核苷酸鏈用于檢測2號染色體第29447637～29447757位點區域的ALK基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.15所示的核苷酸鏈用于檢測2號染色體第29447697～29447817位點區域的ALK基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.16所示的核苷酸鏈用于檢測2號染色體第29447757～29447877位點區域的ALK基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.17所示的核苷酸鏈用于檢測2號染色體第29447817～29447937位點區域的ALK基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.18所示的核苷酸鏈用于檢測2號染色體第29447877～29447997位點區域的ALK基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.19所示的核苷酸鏈用于檢測2號染色體第29447937～29448057位點區域的ALK基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.20所示的核苷酸鏈用于檢測2號染色體第29447997～29448117位點區域的ALK基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.21所示的核苷酸鏈用于檢測2號染色體第29448057～29448177位點區域的ALK基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.22所示的核苷酸鏈用于檢測2號染色體第29448117～29448237位點區域的ALK基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.23所示的核苷酸鏈用于檢測2號染色體第29448177～29448297位點區域的ALK基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.24所示的核苷酸鏈用于檢測2號染色體第29448237～29448357位點區域的ALK基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.25所示的核苷酸鏈用于檢測2號染色體第29448297～29448417位點區域的ALK基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.26所示的核苷酸鏈用于檢測2號染色體第29448357～29448477位點區域的ALK基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.27所示的核苷酸鏈用于檢測2號染色體第29448417～29448537位點區域的ALK基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.28所示的核苷酸鏈用于檢測7號染色體第55267769～55267889位點區域的EGFR基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.29所示的核苷酸鏈用于檢測7號染色體第55267829～55267949位點區域的EGFR基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.30所示的核苷酸鏈用于檢測7號染色體第55267889～55268009位點區域的EGFR基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.31所示的核苷酸鏈用于檢測7號染色體第55267949～55268069位點區域的EGFR基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.32所示的核苷酸鏈用于檢測7號染色體第55268009～55268129位點區域的EGFR基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.33所示的核苷酸鏈用于檢測7號染色體第55268069～55268189位點區域的EGFR基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.34所示的核苷酸鏈用于檢測7號染色體第55268129～55268249位點區域的EGFR基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.35所示的核苷酸鏈用于檢測7號染色體第55268189～55268309位點區域的EGFR基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.36所示的核苷酸鏈用于檢測7號染色體第55268249～55268369位點區域的EGFR基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.37所示的核苷酸鏈用于檢測7號染色體第55268309～55268428位點區域的EGFR基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.38所示的核苷酸鏈用于檢測7號染色體第55268595～55268715位點區域的EGFR基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.39所示的核苷酸鏈用于檢測7號染色體第55268629～55268749位點區域的EGFR基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.40所示的核苷酸鏈用于檢測7號染色體第55268640～55268760位點區域的EGFR基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.41所示的核苷酸鏈用于檢測7號染色體第55268689～55268809位點區域的EGFR基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.42所示的核苷酸鏈用于檢測7號染色體第55268749～55268869位點區域的EGFR基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.43所示的核苷酸鏈用于檢測7號染色體第55268809～55268929位點區域的EGFR基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.44所示的核苷酸鏈用于檢測7號染色體第55268869～55268989位點區域的EGFR基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.45所示的核苷酸鏈用于檢測7號染色體第55268929～55269049位點區域的EGFR基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.46所示的核苷酸鏈用于檢測7號染色體第55268989～55269109位點區域的EGFR基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.47所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43610118～43610238位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.48所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43610178～43610298位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.49所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43610238～43610358位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.50所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43610298～43610418位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.51所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43610358～43610478位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.52所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43610418～43610538位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.53所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43610478～43610598位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.54所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43610538～43610658位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.55所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43610598～43610718位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.56所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43610658～43610778位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.57所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43610718～43610838位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.58所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43610778～43610898位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.59所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43610838～43610958位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.60所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43610898～43611018位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.61所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43610958～43611078位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.62所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43611018～43611138位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.63所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43611078～43611198位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.64所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43611138～43611258位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.65所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43611198～43611318位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.66所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43611258～43611378位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.67所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43611318～43611438位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.68所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43611378～43611498位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.69所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43611438～43611558位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.70所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43611498～43611618位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.71所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43611558～43611678位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.72所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43611618～43611738位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.73所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43611678～43611798位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.74所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43611738～43611858位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.75所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43611798～43611918位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.76所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43611858～43611978位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.77所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43611918～43612038位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；

如SEQ ID No.78所示的核苷酸鏈用于檢測10號染色體第43611978～43612098位點區域的RET基因是否與所述融合片斷發生基因融合；所述檢測芯片上還包括用于檢測基因突變第二序列組以及用于檢測基因擴增的第三序列組；

所述第二序列組包括ALK突變檢測劑、BRAF突變檢測劑、DDR2突變檢測劑、EGFR突變檢測劑、ERBB2突變檢測劑、FGFR1突變檢測劑、KRAS突變檢測劑，MET突變檢測劑、NRAS突變檢測劑、PIK3CA突變檢測劑、RET突變檢測劑以及ROS1突變檢測劑；

所述第三序列組包括ALK擴增檢測劑、MET擴增檢測劑、PIK3CA擴增檢測劑以及FGFR1擴增檢測劑；

所述ALK突變檢測劑針對2號染色體上外顯子1～外顯子27中的ALK突變基因進行設計，所述BRAF突變檢測劑針對7號染色體外顯子11～外顯子15中的BRAF突變基因進行設計，DDR2突變檢測劑針對1號染色體外顯子1～外顯子19中DDR2突變基因進行設計，EGFR突變檢測劑針對7號染色體外顯子18～外顯子21中EGFR突變基因進行設計，ERBB2突變檢測劑針對17號染色體外顯子8～外顯子21中ERBB2突變基因進行設計，FGFR1突變檢測劑針對8號染色體外顯子1～外顯子19中FGFR1突變基因進行設計，KRAS突變檢測劑針對12號染色體外顯子1～外顯子6中的KRAS突變基因進行設計，MET突變檢測劑針對7號染色體外顯子1～外顯子21中的MET突變基因進行設計，NRAS突變檢測劑針對1號染色體上外顯子2和外顯子3的NRAS突變基因進行設計，PIK3CA突變檢測劑針對3號染色體上外顯子1～外顯子21中的PIK3CA突變基因進行設計，RET突變檢測劑針對10號染色體上外顯子1～外顯子20中的RET突變基因進行設計，ROS1突變檢測劑針對6號染色體上外顯子1～外顯子44中的ROS1突變基因進行設計；

所述ALK擴增檢測劑針對2號染色體外顯子1～外顯子27中的ALK擴增基因進行設計，所述MET擴增檢測劑針對7號染色體外顯子1～外顯子21中的MET擴增基因進行設計，所述PIK3CA擴增檢測劑針對3號染色體上外顯子1～外顯子21中的PIK3CA擴增基因進行設計，所述FGFR1擴增檢測劑針對8號染色體外顯子1～外顯子19中FGFR1擴增基因進行設計；

所述ALK擴增檢測劑包括如SEQ ID No.196～SEQ ID No.197所示的核苷酸鏈；

所述MET擴增檢測劑包括如SEQ ID No.198～SEQ ID No.199所示的核苷酸鏈；

所述檢測芯片上還包括CCDC6融合檢測劑、CD74融合檢測劑、CLTC融合檢測劑、ERC1融合檢測劑、EZR融合檢測劑、GOLGA5融合檢測劑、GOPC融合檢測劑、KIF5B融合檢測劑、KLC1融合檢測劑、KTN1融合檢測劑、LRIG3融合檢測劑、NCOA4融合檢測劑、NPM1融合檢測劑、PRKAR1A融合檢測劑、PURB融合檢測劑、RAD51融合檢測劑、SDC4融合檢測劑、SLC34A2融合檢測劑、STRN融合檢測劑、TFG融合檢測劑、TPM3融合檢測劑、TRIM24融合檢測劑及TRIM33融合檢測劑；

所述CCDC6融合檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.200所示；所述CD74融合檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.201所示；所述CLTC融合檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.202所示；所述ERC1融合檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.203所示；所述EZR融合檢測劑的核苷酸鏈如SEQID No.204所示；所述GOLGA5融合檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.205所示；所述GOPC融合檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.206所示；所述KIF5B融合檢測劑的核苷酸鏈如SEQ IDNo.207所示；所述KLC1融合檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.208所示；所述KTN1融合檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.209所示；所述LRIG3融合檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.210所示；所述NCOA4融合檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.211所示；所述NPM1融合檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.212所示；所述PRKAR1A融合檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.213所示；所述PURB融合檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.214所示；所述RAD51融合檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.215所示；所述SDC4融合檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.216所示；所述SLC34A2融合檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.217所示；所述STRN融合檢測劑的核苷酸鏈如SEQ IDNo.218所示；所述TFG融合檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.219所示；所述TPM3融合檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.220所示；所述TRIM24融合檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.221所示；所述TRIM33融合檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.222所示；

所述ALK突變檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.223所示；所述BRAF突變檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.224所示；所述DDR2突變檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.225所示；所述EGFR突變檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.226所示；所述ERBB2突變檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.227所示；所述FGFR1突變檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.228所示；所述KRAS突變檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.229所示；所述MET突變檢測劑的核苷酸鏈如SEQ IDNo.230所示；所述NRAS突變檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.231所示；所述PIK3CA突變檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.232所示；所述RET突變檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.233所示；所述ROS1突變檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.234 所示；

所述PIK3CA擴增檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.235所示；所述FGFR1擴增檢測劑擴增檢測劑的核苷酸鏈如SEQ ID No.236所示。

2.如權利要求1所述的腫瘤驅動基因的檢測芯片在制備腫瘤的檢測試劑、檢測試劑盒或檢測設備中的應用。