[發(fā)明專利]一種二代序列基因組重疊群的組裝方法和系統(tǒng)在審
| 申請(qǐng)?zhí)枺?/td> | 201710214128.1 | 申請(qǐng)日： | 2017-04-01 |
| 公開（公告）號(hào)： | CN108660197A | 公開（公告）日： | 2018-10-16 |
| 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人： | 鄧天全;高強(qiáng);楊林峰;楊鑫;盛琴;陳世璇;岳震;霍守江;肖黎 | 申請(qǐng)（專利權(quán)）人： | 深圳華大基因科技服務(wù)有限公司 |
| 主分類號(hào)： | C12Q1/6869 | 分類號(hào)： | C12Q1/6869;C40B40/08;C12M1/34 |
| 代理公司： | 北京品源專利代理有限公司 11332 | 代理人： | 鞏克棟 |
| 地址： | 518083 廣東省深圳市*** | 國(guó)省代碼： | 廣東;44 |
| 權(quán)利要求書： | 查看更多 | 說明書： | 查看更多 |
| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 重疊群 基因組 組裝 末端測(cè)序 拼接 文庫(kù) 超聲 建庫(kù) 切膠 打斷 片段凝膠純化 插入片段 拼接軟件 序列組裝 延長(zhǎng)序列 重疊關(guān)系 重疊區(qū)域 測(cè)序 構(gòu)建 | ||
1.一種二代序列基因組重疊群的組裝方法，其特征在于，包括如下步驟：
(1)提取樣品基因組并超聲打斷；
(2)將步驟(1)超聲打斷的片段凝膠純化并切膠，以構(gòu)建不同插入片段的文庫(kù)；
(3)將步驟(2)得到的文庫(kù)進(jìn)行二代雙末端測(cè)序；
(4)將各個(gè)文庫(kù)的二代雙末端測(cè)序的讀1和讀2進(jìn)行拼接；
(5)將拼接后的序列進(jìn)行序列組裝；
其中，所述二代雙末端測(cè)序的讀1和讀2的序列有5bp以上的重疊區(qū)域。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的組裝方法，其特征在于，步驟(1)所述超聲打斷的范圍為100-500bp，步驟(2)所述切膠的長(zhǎng)度范圍為450-500bp；
優(yōu)選地，步驟(1)所述超聲打斷的范圍為100-600bp，步驟(2)所述切膠的長(zhǎng)度范圍為550-600bp。
3.根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的組裝方法，其特征在于，所述二代雙末端測(cè)序的讀1和讀2的讀長(zhǎng)長(zhǎng)度為200-2000bp，優(yōu)選為200-500bp，進(jìn)一步優(yōu)選為250-300bp。
4.根據(jù)權(quán)利要求1-3中任一項(xiàng)所述的組裝方法，其特征在于，所述二代雙末端測(cè)序的讀1和讀2的序列有5bp以上的重疊區(qū)域。
5.根據(jù)權(quán)利要求1-4中任一項(xiàng)所述的組裝方法，其特征在于，所述步驟(3)和步驟(4)之間還包括將步驟(3)所述的二代雙末端測(cè)序進(jìn)行數(shù)據(jù)過濾。
6.根據(jù)權(quán)利要求1-5中任一項(xiàng)所述的組裝方法，其特征在于，所述數(shù)據(jù)過濾具體包括：去除含接頭和低質(zhì)量的序列。
7.根據(jù)權(quán)利要求1-6中任一項(xiàng)所述的組裝方法，其特征在于，步驟(4)所述的拼接采用PEAR軟件進(jìn)行對(duì)比拼接；
優(yōu)選地，步驟(5)所述的序列組裝采用CABOG、Celera、Newbler或Shorty Edena中的任意一種軟件。
8.根據(jù)權(quán)利要求1-7中任一項(xiàng)所述的組裝方法，其特征在于，所述方法包括如下步驟：
(1)提取樣品基因組并超聲打斷；
(2)將步驟(1)超聲打斷的片段凝膠純化并切膠，以構(gòu)建不同插入片段的文庫(kù)；
(3)將步驟(2)得到的文庫(kù)采用測(cè)序儀進(jìn)行二代雙末端測(cè)序，所述二代雙末端測(cè)序的讀1和讀2的讀長(zhǎng)長(zhǎng)度為250-2000bp，所述讀1和讀2的序列有5bp以上的重疊區(qū)域；
(4)將步驟(3)所述的二代雙末端測(cè)序進(jìn)行去除含接頭和低質(zhì)量的序列的數(shù)據(jù)過濾；
(5)將各個(gè)文庫(kù)的二代雙末端測(cè)序的讀1和讀2采用PEAR軟件進(jìn)行拼接；
(6)將拼接后的序列采用CABOG、Celera、Newbler或Shorty Edena中的任意一種軟件進(jìn)行序列組裝。
9.一種二代序列基因組重疊群的系統(tǒng)，其特征在于，包括依次連接的如下組件：建庫(kù)模塊，測(cè)序模塊、拼接模塊和重疊群組裝模塊。
10.根據(jù)權(quán)利要求9所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述建庫(kù)模塊用于將樣品DNA超聲打斷后凝膠純化并切膠，以構(gòu)建不同插入片段的文庫(kù)；
優(yōu)選地，所述測(cè)序模塊用于對(duì)構(gòu)建的文庫(kù)進(jìn)行二代雙末端測(cè)序和數(shù)據(jù)過濾；
優(yōu)選地，所述拼接模塊用于對(duì)二代雙末端測(cè)序的讀1和讀2進(jìn)行拼接；
優(yōu)選地，所述重疊群組裝模塊用于對(duì)拼接后的序列進(jìn)行序列組裝。
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