[發(fā)明專利]一種預(yù)測同源重組缺失機(jī)制及患者對癌癥治療響應(yīng)的方法

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 201710190590.2
• 申請日: 2017-03-28
• 公開（公告）號: CN107287285A
• 公開（公告）日: 2017-10-24
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 陳麗娟;王凱;秦公煒
• 申請（專利權(quán)）人: 上海至本生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;G06F19/20;G06F19/22
• 代理公司: 北京大成律師事務(wù)所11352
• 代理人: 王衛(wèi)東

1.一種預(yù)測同源重組缺失機(jī)制的方法，其特征在于，所述方法是根據(jù)包括大片段INDEL分?jǐn)?shù)、拷貝數(shù)變異分?jǐn)?shù)和腫瘤突變負(fù)荷分?jǐn)?shù)中的一個(gè)或多個(gè)的綜合值，判斷腫瘤樣本是否存在同源重組缺失；

其中，所述大片段INDEL分?jǐn)?shù)、拷貝數(shù)變異分?jǐn)?shù)以及腫瘤突變負(fù)荷分?jǐn)?shù)是通過利用癌癥相關(guān)的靶向基因庫設(shè)計(jì)的探針獲得的腫瘤樣本和正常樣本的基因序列得到的；

其中，所述利用癌癥相關(guān)的靶向基因庫設(shè)計(jì)的探針獲得的腫瘤樣本和正常樣本的基因序列包括以下步驟：

對癌癥相關(guān)的基因進(jìn)行篩選，得到靶向基因庫；

根據(jù)靶向基因庫的基因序列設(shè)計(jì)探針；

將探針與腫瘤樣本DNA和正常樣本DNA分別進(jìn)行雜交，得到目標(biāo)區(qū)域范圍內(nèi)的腫瘤樣本DNA片段和正常樣本DNA片段，經(jīng)建庫和測序步驟，得到腫瘤樣本基因序列和正常樣本基因序列；

其中，所述大片段INDEL分?jǐn)?shù)值是根據(jù)腫瘤樣本基因和正常樣本基因序列序列統(tǒng)計(jì)得到；

其中，所述拷貝數(shù)變異分?jǐn)?shù)值是通過腫瘤樣本基因序列和正常樣本基因序列統(tǒng)計(jì)得到；

其中，所述腫瘤突變負(fù)荷分?jǐn)?shù)值是通過對正常樣本基因序列和腫瘤樣本基因序列進(jìn)行單堿基水平變異分析得到。

2.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述綜合值還包括雜合缺失變異分?jǐn)?shù)；

其中，所述雜合缺失變異分?jǐn)?shù)值是通過對腫瘤樣本目的基因序列進(jìn)行變異重構(gòu)統(tǒng)計(jì)獲得的，包括雜合缺失區(qū)域分?jǐn)?shù)值、端粒基因型不平衡區(qū)域分?jǐn)?shù)值以及染色體大片段斷裂區(qū)域值中的一種或多種。

3.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述大片段INDEL分?jǐn)?shù)值是根據(jù)腫瘤樣本基因序列和正常樣本基因序列統(tǒng)計(jì)得到包括：

對腫瘤樣本基因序列和正常樣本基因序列分別進(jìn)行篩選，去除堿基質(zhì)量小于20的基因序列；

對經(jīng)過篩選的腫瘤樣本基因序列和正常樣本基因序列分別進(jìn)行校正，使腫瘤樣本基因序列和正常樣本基因序列中的每一條序列均具有高頻k-mer；

將經(jīng)過校正的腫瘤樣本基因序列和正常樣本基因序列分別進(jìn)行組裝，得到組裝序列；

將腫瘤樣本組裝序列和正常樣本組裝序列分別與參考序列進(jìn)行比對，根據(jù)比對結(jié)果檢測腫瘤樣本和正常樣本斷點(diǎn)信息，剔除腫瘤樣本包含的正常樣本INDEL后，得到腫瘤樣本中插入或缺失的大片段INDEL分?jǐn)?shù)。

4.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述拷貝數(shù)變異分?jǐn)?shù)值是通過腫瘤樣本基因序列和正常樣本基因序列統(tǒng)計(jì)得到包括：

將得到腫瘤樣本基因序列和正常樣本基因序列進(jìn)行篩選，去除序列中的低質(zhì)量測序序列及重復(fù)序列；

將經(jīng)過篩選的腫瘤樣本基因序列和正常樣本基因序列分別與人類參考基因組序列進(jìn)行比對，得到腫瘤樣本基因比對結(jié)果和正常樣本基因比對結(jié)果；

將所述腫瘤樣本基因比對結(jié)果和正常樣本基因比對結(jié)果作為輸入，利用拷貝數(shù)變異軟件進(jìn)行拷貝數(shù)變異分析后，判斷腫瘤樣本發(fā)生擴(kuò)增和缺失的區(qū)域，對發(fā)生擴(kuò)增和缺失的區(qū)域進(jìn)行統(tǒng)計(jì)，得到拷貝數(shù)變異分?jǐn)?shù)。

5.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述腫瘤突變負(fù)荷分?jǐn)?shù)值是通過對正常樣本基因序列和腫瘤樣本基因序列進(jìn)行單堿基水平變異分析得到包括：

將預(yù)測的腫瘤樣本基因序列單堿基水平變異進(jìn)行基因注釋；

根據(jù)基因注釋結(jié)果進(jìn)行SNP篩選，得到去除已知的驅(qū)動突變位點(diǎn)、生殖細(xì)胞突變位點(diǎn)、COSMIC數(shù)據(jù)庫中已知的體細(xì)胞突變SNP位點(diǎn)、dbSNP數(shù)據(jù)庫中存在的生殖細(xì)胞突變SNP位點(diǎn)、同一位點(diǎn)出現(xiàn)多種變異堿基的生殖細(xì)胞突變位點(diǎn)的SNP篩選結(jié)果；

計(jì)算SNP篩選結(jié)果中腫瘤樣本基因序列發(fā)生突變的SNP個(gè)數(shù)總和以及癌癥靶向基因庫的編碼基因區(qū)間大小，從而計(jì)算腫瘤突變負(fù)荷分?jǐn)?shù)，計(jì)算單位為個(gè)/MB，公式如下：

其中，N_SNP為篩選后腫瘤樣本中SNP個(gè)數(shù)的總和，計(jì)算單位為個(gè)；

Size_Target為癌癥靶向基因庫的編碼基因區(qū)間大小，計(jì)算單位為MB(Millionaire Base，兆B)。