[發明專利]SNP標記及其應用

有效

• 申請號: 201710167375.0
• 申請日: 2017-03-21
• 公開（公告）號: CN107022608B
• 公開（公告）日: 2020-09-08
• 發明（設計）人: 游欣欣;王敏;馬興宇;石瓊;徐軍民
• 申請（專利權）人: 鎮江華大檢測有限公司
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 南京天華專利代理有限責任公司 32218
• 代理人: 徐冬濤;李曉峰

本發明公開了SNP標記及其應用。其中，該SNP標記為SEQ ID NO：1所示核苷酸序列自5’端起第501位堿基C或T。本發明的SNP標記與斜帶石斑魚的生長速度緊密相關，能夠有效用于斜帶石斑魚的分子標記輔助育種。

技術領域

本發明涉及SNP標記及其應用。具體地，本發明涉及與斜帶石斑魚生長速度相關的SNP標記，用于檢測前述SNP標記的引物對和試劑盒，前述SNP標記、引物對、試劑盒在斜帶石斑魚選育中的用途，以及檢測斜帶石斑魚生長速度的方法。

背景技術

石斑魚是名貴的海水經濟魚類。近十多年來，石斑魚人工繁育技術已相對成熟，石斑魚的養殖規模也逐漸擴大，石斑魚產業的迅速發展，對于促進漁民增收，滿足國民水產品需求，優化水產養殖業結構有重要意義。但是，種質退化，優良品種缺乏是石斑魚產業可持續健康發展的主要瓶頸。因此，培育石斑魚優良新品種已成為我國石斑魚產業發展的關鍵。

傳統的魚類選育方法完全依賴于表型，存在周期長和效率低等無法逾越的障礙。分子育種，即分子標記輔助選擇育種，是指利用DNA分子標記對育種材料進行選擇，綜合改良選育物種的重要經濟性狀，是傳統遺傳育種與現代分子生物學有機結合的育種方法。分子育種為魚類育種開辟了一條新的途徑，隨著現代生物技術的發展，分子標記在魚類育種中的作用將日益突出。在石斑魚的育種中，人們希望通過對于生長性狀密切相關，并且與數量性狀緊密連鎖的DNA標記的選擇，以實現早期選種和提高育種準確性的目標，從而取得更大的遺傳進展。

然而，現階段能夠有效用于石斑魚育種的生長性狀相關的分子標記仍有待挖掘。

發明內容

本發明旨在至少解決現有技術中存在的技術問題之一。為此，本發明的目的在于提出一種與石斑魚生長性狀相關，能夠有效用于石斑魚選育的SNP標記及其應用。

其中，需要說明的是，SNP(single nucleotide polymorphism,SNP，即單核苷酸多態性)是1996年由美國麻省理工學院的人類基因組研究中心學者Lander提出的一類分子遺傳標記，主要是指基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態性。SNP表現出的多態性僅涉及到單個堿基的變異，表現是有轉換、顛換、插入和缺失等。

本發明的另一目的在于提供一種用于檢測斜帶石斑魚生長速度相關的SNP標記、試劑盒及其應用。

本發明的又一目的在于提供一種檢測斜帶石斑魚生長速度的方法。

本發明的目的可以通過以下技術方案實現：

一種斜帶石斑魚生長速度相關的SNP標記，所述SNP標記的序列如SEQ ID NO：1所示，如SEQ ID NO：1所示序列自5’端起第501位堿基是C或T。根據本發明的實施例，該SNP標記為SEQ ID NO：1所示核苷酸序列(全長1001bp)自5’端起第501位堿基以Y表示，Y代表C或T。

上述SNP標記的TT基因型個體的生長速度顯著高于CC基因型個體。發明人發現，該位點處基因型為純合TT的斜帶石斑魚的體重顯著高于此處基因型為純合CC的斜帶石斑魚。進而，根據本發明的實施例，通過檢測斜帶石斑魚的上述SNP，能夠有效地確定其生長速度，具體地，如前所述，該SNP位點為純合TT的斜帶石斑魚的體重顯著高于此處基因型為純合CC的斜帶石斑魚，例如該SNP位點的基因型為TT時，則能夠確定待測斜帶石斑魚的屬于生長速度快的個體。由此，發明人確定，本發明的SNP標記與斜帶石斑魚的生長速度緊密相關，能夠有效用于斜帶石斑魚的分子標記輔助育種。進而能夠根據實際育種需求選擇生長速度對斜帶石斑魚育種材料進行早期選擇，進一步能夠有效提高育種的效率和準確性，提高斜帶石斑魚繁殖群體的遺傳水平，從而能夠準確、高效地選育出斜帶石斑魚優良品種。此外，根據本發明的一些實施例，利用本發明的SNP標記進行斜帶石斑魚分子標記輔助育種，具有早期篩選、節省時間、成本低廉、準確性高的優點。