[發明專利]一種膀胱癌的無創檢測及其復發監測方法

在審

• 申請號: 201710153638.2
• 申請日: 2017-03-15
• 公開（公告）號: CN106755547A
• 公開（公告）日: 2017-05-31
• 發明（設計）人: 耿荷芳;任軍;粱覃思;薄世平;陸思嘉
• 申請（專利權）人: 上海億康醫學檢驗所有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12M1/34;G06F19/18;G06F19/00
• 代理公司: 上海一平知識產權代理有限公司31266
• 代理人: 王正君,陸鳳

1.一種非治療性非診斷性的檢測樣本中突變位點的方法，其特征在于，包括步驟：

(i)提供一待測樣本；

(ii)對所述待測樣本進行測序，從而獲得所述樣本的基因組序列；

(iii)將步驟(ii)獲得的基因組序列與參考基因組進行比對，從而獲得基因組序列在參考基因組上的位置信息；

(iv)將所述的參考基因組分成M個區域片段，其中每個區域片段為一個窗口b，計算每個窗口b的拷貝數；

(v)對步驟(iv)的每個窗口b進行Z檢驗，從而計算每個窗口b的Z值；

(vi)根據步驟(v)所得到的Z值，計算全基因組混亂度評分(WGAS，Whole genomic abnormality score)；和

(vii)基于全基因組混亂度評分(WGAS)，對于評分大于預定值Vd的樣本進一步檢測所述樣本中的腫瘤相關的突變位點，從而獲得所述待測樣本中的腫瘤相關突變位點的檢測結果。

2.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述的腫瘤選自下組：膀胱癌、乳腺癌、卵巢癌、胃癌、肺癌、結直腸癌、食管癌、胰腺癌、皮膚癌、前列腺癌、食管癌、膽囊癌、甲狀腺癌、肝癌、喉癌、口咽癌、白血病、或其組合。

3.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述預定值Vd為60。

4.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述樣本為固體樣本或液體樣本。

5.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述樣本選自下組：血液、血漿、組織間隙液、淋巴液、腦脊液、尿液、唾液、房水、精液、胃腸道分泌液、或其組合。

6.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟(iv)還包括校正每個窗口b的拷貝數，計算每個窗口b校正后的拷貝數的步驟。

7.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述計算全基因組混亂度評分之前，包括如下步驟：

(a)根據參考基因組序列特征去除基因組上著絲粒、端粒、隨體、異染色質等高通量測序測不到的區域，去除基因組上著絲粒、端粒、隨體、異染色質附近L長度的區域，L為小于3M的任何長度；或

(b)根據樣本的拷貝數特征去除基因組上著絲粒、端粒、隨體、異染色質等高通量測序測不到的區域。

8.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述突變位點針對選自下組的基因：FGFR3、PIK3CA、TERT、TP53、TSC1、ERBB2、ELF3、ARID1A、KDM6A、RXRA、ERCC2、STAG2、FBXW7、NFE2L2、HRAS、AKT1、或其組合。

9.如權利要求1所述的方法，其特征在于，所述突變位點選自下組：FGFR3、S249C、Y375C、R248C、G372C、A393E、K652E,PIK3CA、E545K、E542K、H1047R、H1047L、Q546R、E545D、E545G、TERT、c.1-124C>T、c.1-146C>T、c.1-124C>A、c.1-138_1-139CC>TT、TP53、R175H、G245S、G245D、R248Q、R248W、R248L、R249S、R273H、R273C、R273L、R282W、R213X、R196X、R306X、W146X、E298X,TSC1、E636Gfs、H68R、F158C、W347X、T417I、L576C、L576_P583>C,ERBB2、S310Y、S310F、I767M、R678Q、G292R、ELF3、E262Q、R251P、ARID1A、S614L、KDM6A、Q555*、W1193*、RXRA、S427F、S427Y、ERCC2、N238S、Y14C、STAG2、Q593*、FBXW7、R505G、S546L、NFE2L2、R18G、R18P、R34G、E79K、E63K、HRAS、Q61L、Q61R、G13R、G12C、G12V、G13V、AKT1、E17K、E49K、或其組合。

10.一種無創的用于評估泌尿系統癌癥復發風險的輔助診斷設備，其特征在于，包括：

Malbac-L擴增單元；

測序單元；

泌尿系統腫瘤相關突變位點檢測單元；和

全基因組混亂度評分單元；其中，所述全基因組混亂度評分單元用于執行權利要求1中步驟(iii)-(vi)的任務，并輸出所得到的全基因組混亂度評分結果。