[發(fā)明專利]與芝麻抗莖點枯病主效基因位點緊密連鎖的SSR分子標記及應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201710153241.3
• 申請日: 2017-03-15
• 公開（公告）號: CN107058518B
• 公開（公告）日: 2019-12-24
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 王林海;張秀榮;黎冬華;張艷欣;朱曉冬;魏鑫;朱曉鳳
• 申請（專利權(quán)）人: 中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院油料作物研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 42102 湖北武漢永嘉專利代理有限公司
• 代理人: 喬宇

本發(fā)明提供了與芝麻抗莖點枯病主效基因位點緊密連鎖的SSR分子標記及應(yīng)用。與芝麻抗莖點枯病主效基因位點緊密連鎖的SSR分子標記組，共四個，分別命名為ZMM0913、ZMM3752、ZMM5636和ZMM5775，各分子標記引物序列分別為：ZMM0913F：5’?CTCATGTGGAACGAGGCATA?3’ZMM0913R：5’?ATGGCCACCACCTAACATTC?3’ZMM3752F：5’?CAACGATGAGATGGCTTTGA?3’ZMM3752R：5’?TCTTGCACGCACAGTAGTCC?3’ZMM5636F：5’?CTGCTCATCACCTCTGGAAAG?3’ZMM5636R：5’?TGACCTATGATGTGATAACAGTTGG?3’ZMM5775F：5’?TTCACTTTGCTTTTGTTGCC?3’ZMM5775R：5’?GCCCATTCCATGAGTTTTTG?3’F2群體驗證表明這四個分子標記ZZM0913、ZZM3752、ZZM5636和ZZM5775組合可以提高篩選抗莖點枯病芝麻的效率，可以應(yīng)用于芝麻抗莖點枯病分子標記輔助選擇育種。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于分子標記領(lǐng)域，具體涉及與芝麻抗莖點枯病主效基因位點緊密連鎖的SSR分子標記及應(yīng)用。

背景技術(shù)

芝麻是我國四大重要的油料作物之一，種植分布廣泛，以黃淮和長江中下游地區(qū)較為集中，占全國芝麻面積的70％。芝麻的生育期約90天，屬喜溫作物，一般生長在6～8月份，主要產(chǎn)區(qū)芝麻生長期處在高溫多雨季節(jié)，高溫高濕易誘發(fā)莖點枯病。芝麻莖點枯病又稱莖腐病、炭腐病，其病原為菜豆殼球孢(Macrophomina phaseoli(Maubl.)Ashby.)，屬半知菌亞門真菌。該病原菌寄主范圍廣，可侵染75個科的500多種植物，除芝麻外，尚有麻類、豆類、苜蓿類、瓜類、向日葵、煙草、番茄、茄子、辣椒、甘蔗、高粱、玉米、茶、咖啡、椰子和香蕉等。

芝麻莖點枯病常年大面積發(fā)生，是造成我國芝麻減產(chǎn)的主要病害種類之一。該病病原菌以菌核及分生孢子器在種子、土壤及病株殘體上越冬。初次侵染來源以菌核為主，田間分生孢子借雨水和氣流傳播，進行多次再侵染。芝麻苗期及盛花期最易感病。病菌發(fā)育最適溫度為25～30℃。苗期染病則幼苗根部變褐，地上部萎蔫枯死，幼莖上密生黑色小點。開花結(jié)果期染病則從根部開始發(fā)病，后向莖擴展，有時從葉柄基部侵入后蔓延至莖部。根部染病，主根、支根變褐，剝開皮層可見布滿黑色小菌核，致根部枯死。莖部染病多發(fā)生在中下部，初呈黃褐色水浸狀，后擴展很快繞莖一周，中心有銀灰色光澤，其上密生黑色小粒點，表皮下及髓部產(chǎn)生大量小菌核，莖稈中空易折斷。

連鎖分析主要是基于基因數(shù)據(jù)、表型數(shù)據(jù)通過統(tǒng)計學(xué)的方法去判斷感興趣的基因位點與已知的標記位點間的相對位置，重組率是連鎖分析的重要參數(shù)。常規(guī)連鎖分析群體是運用有限親本的人工控制授粉群體，因此其經(jīng)過有限次數(shù)的重組，通常基于有限親本，其等位基因的個數(shù)也有限。關(guān)聯(lián)分析是基于自然變異群體，利用連鎖不平衡規(guī)律來研究遺傳變異與目標性狀相關(guān)的研究方法，與傳統(tǒng)QTL定位相比，關(guān)聯(lián)分析不需要構(gòu)建作圖群體、廣度大、精度高、能檢測到同一位點多個等位基因。但由于群體背景復(fù)雜，存在亞群結(jié)構(gòu)，導(dǎo)致易產(chǎn)生假陽性，而且自然群體的連鎖衰減較快，因此在群體里想找到足夠的變異，需要高密度的分子標記。關(guān)聯(lián)分析結(jié)合連鎖分析，可以發(fā)揮兩者的優(yōu)勢，提高定位中的陽性率及精度，提高復(fù)雜數(shù)量性狀的挖掘效率。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的一個目的在于提供與芝麻抗莖點枯病主效基因位點緊密連鎖的SSR分子標記。

本發(fā)明的另一個目的在于提供與芝麻抗莖點枯病主效基因位點緊密連鎖的SSR分子標記的引物。

本發(fā)明的再一個發(fā)明目的在于提供與芝麻抗莖點枯病主效基因位點緊密連鎖的SSR分子標記的引物的應(yīng)用。

為解決上述技術(shù)問題，本發(fā)明采用的技術(shù)方案如下：

與芝麻抗莖點枯病主效基因位點緊密連鎖的SSR分子標記組，共四個，分別命名為ZMM0913、ZMM3752、ZMM5636和ZMM5775，各分子標記引物序列為；