[發明專利]一種雙重分布估計引導的蛋白質構象空間搜索方法有效
| 申請號： | 201710148984.1 | 申請日： | 2017-03-14 |
| 公開（公告）號： | CN107145764B | 公開（公告）日： | 2019-07-30 |
| 發明（設計）人： | 張貴軍;郝小虎;謝騰宇;周曉根;王柳靜 | 申請（專利權）人： | 浙江工業大學 |
| 主分類號： | G16B15/20 | 分類號： | G16B15/20 |
| 代理公司： | 杭州斯可睿專利事務所有限公司 33241 | 代理人： | 王利強 |
| 地址： | 310014 浙江省*** | 國省代碼： | 浙江;33 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 一種 雙重 分布 估計 引導 蛋白質 構象 空間 搜索 方法 | ||
1.一種雙重分布估計引導的蛋白質構象空間搜索方法，其特征在于：所述方法包括以下步驟：
1)給定輸入序列信息；
2)參數初始化：設置Monte Carlo軌跡條數K、迭代次數G和能量平衡因子δ；
3)構象初始化：根據給定輸入序列，生成K個伸展鏈初始個體；
4)對步驟3)中的K個個體根據RosettaScore3分別計算能量，加上能量平衡因子δ后，存入能量列表EnergyList中；
5)對EnergyList中的所有元素求和得到能量總和Esum；
6)對EnergyList執行反轉操作，即將其中所有元素逆序排列；
7)對EnergyList中的元素執行以下操作：EnergyList[i]/Esum，其中i表示列表索引值，i的取值從0到K-1；
8)將EnergyList[i]/Esum存入對應位置的能量分布概率列表pCur中；
9)創建接收列表AcceptList；
10)計算總評價次數Asum；
11)對AcceptList中的每個元素做以下操作：AcceptList[i]＝1，其中i表示列表索引值，i的取值從0到K-1；
12)將1/Asum存入對應位置的接受分布概率列表pHis中；
13)開始迭代：
13.1)根據pCur和pHis這兩個概率分布，選出一條Monte Carlo軌跡，執行片段組裝過程，生成新的構象pMC；
13.2)根據RosettaScore3計算新生成構象的能量E(pMC)；
13.3)依據Boltzmann準則接受新生成的構象，如果沒有接收當前構象，直接轉到步驟14)，如果接受當前構象，則取得該軌跡在能量列表EnergyList中的索引值j；
13.4)EnergyList[j]更新為E(pMC)+δ，重新計算Esum，Asum增加1，AcceptList[j]增加1；
13.5)重新計算pCur和pHis：pCur[i]＝EnergyList[i]/Esum，pHis[i]＝AcceptList[i]/Asum；
14)判斷是否達到最大迭代次數G；
14.1)若當前迭代次數小于G，返回步驟13)；
14.2)若當前迭代次數等于G，結束。
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