[發(fā)明專利]一種基因測序數(shù)據(jù)壓縮和傳輸方法

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 201710140073.4
• 申請日: 2017-03-10
• 公開（公告）號: CN106971090A
• 公開（公告）日: 2017-07-21
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 左褀洋;唐元華;徐健
• 申請（專利權(quán)）人: 首度生物科技（蘇州）有限公司;蘇州首度基因科技有限責(zé)任公司
• 主分類號: G06F19/20
• 分類號: G06F19/20;G06F19/28;G06F17/30
• 代理公司: 北京恒泰銘睿知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司11642
• 代理人: 蘇天功

1.一種基因測序數(shù)據(jù)壓縮方法，其特征在于:包括以下步驟

A. 建立標(biāo)準(zhǔn)DNA序列數(shù)據(jù)庫：將標(biāo)準(zhǔn)DNA序列數(shù)據(jù)庫部署到數(shù)據(jù)處理設(shè)備；

C. DNA測序數(shù)據(jù)的預(yù)處理：將DNA測序數(shù)據(jù)逐一與標(biāo)準(zhǔn)DNA數(shù)據(jù)庫比對，生成對應(yīng)關(guān)系，將標(biāo)準(zhǔn)DNA數(shù)據(jù)庫編號替換DNA測序數(shù)據(jù)原文, 將DNA測序數(shù)據(jù)與標(biāo)準(zhǔn)DNA數(shù)據(jù)庫差異的部分單獨存儲；

D. 壓縮：將預(yù)處理后的DNA測序數(shù)據(jù)進(jìn)行壓縮形成壓縮文件；

E. 將壓縮文件進(jìn)行存儲或傳輸。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所示的基因數(shù)據(jù)壓縮方法，其特征在于：步驟C為有損替換，即將測序數(shù)據(jù)的值就近轉(zhuǎn)換為相應(yīng)的質(zhì)量值。

3.根據(jù)權(quán)利要求1或2所示的基因數(shù)據(jù)壓縮方法，其特征在于：在所述C步驟之前，還包括步驟B.去噪音步驟，將DNA測序數(shù)據(jù)中低質(zhì)量數(shù)據(jù)和異常數(shù)據(jù)刪除。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所示的基因數(shù)據(jù)壓縮方法，其特征在于：所述步驟D包括第一次壓縮和二次壓縮，所述第一次壓縮采用變種LZ77算法進(jìn)行壓縮，所述第二次壓縮使用Huffman編碼進(jìn)行壓縮。

5.一種基因測序數(shù)據(jù)的傳輸方法，其特征在于:包括以下步驟

A. 建立標(biāo)準(zhǔn)DNA序列數(shù)據(jù)庫：將標(biāo)準(zhǔn)DNA序列數(shù)據(jù)庫部署到第一數(shù)據(jù)處理設(shè)備和第二數(shù)據(jù)處理設(shè)備；

C. DNA測序數(shù)據(jù)的預(yù)處理：在第一數(shù)據(jù)處理設(shè)備中將DNA測序數(shù)據(jù)逐一與標(biāo)準(zhǔn)DNA數(shù)據(jù)庫比對，生成對應(yīng)關(guān)系，將標(biāo)準(zhǔn)DNA數(shù)據(jù)庫編號替換DNA測序數(shù)據(jù)原文, 將DNA測序數(shù)據(jù)與標(biāo)準(zhǔn)DNA數(shù)據(jù)庫差異的部分單獨存儲；

D. 壓縮：將預(yù)處理后的DNA測序數(shù)據(jù)在第一數(shù)據(jù)處理設(shè)備中進(jìn)行壓縮形成壓縮文件；

E.將壓縮文件由第一數(shù)據(jù)處理設(shè)備傳輸至第二數(shù)據(jù)處理設(shè)備。

6.根據(jù)權(quán)利要求5所示的基因測序數(shù)據(jù)的傳輸方法，其特征在于：所述方法還包括步驟F.DNA測序數(shù)據(jù)的還原：第二數(shù)據(jù)處理設(shè)備根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)DNA序列數(shù)據(jù)庫信息，將壓縮文件中的編號還原為序列，重新構(gòu)建原始測序數(shù)據(jù)。

7.根據(jù)權(quán)利要求5所示的基因測序數(shù)據(jù)的傳輸方法，其特征在于：所述第一數(shù)據(jù)處理設(shè)備為核心計算機(jī)或核心計算機(jī)群，所述第二數(shù)據(jù)處理設(shè)備為處理終端。

8.根據(jù)權(quán)利要求6所示的基因測序數(shù)據(jù)的傳輸方法，其特征在于：步驟C為有損替換，即將測序數(shù)據(jù)的值就近轉(zhuǎn)換為相應(yīng)的質(zhì)量值；所述步驟F將質(zhì)量值信息統(tǒng)一還原為相應(yīng)數(shù)據(jù)。