[發(fā)明專利]一種響應逆境脅迫的lncRNAs二級結構功能注釋方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201710120768.6
• 申請日: 2017-03-02
• 公開（公告）號: CN106919809B
• 公開（公告）日: 2019-03-01
• 發(fā)明（設計）人: 張德強;宋躍朋;次東
• 申請（專利權）人: 北京林業(yè)大學
• 主分類號: G16B25/00
• 分類號: G16B25/00
• 代理公司: 北京高沃律師事務所 11569
• 代理人: 王加貴

1.一種植物響應逆境脅迫的lncRNAs二級結構功能注釋方法，包括以下步驟：

步驟S1，篩選植物響應逆境脅迫的lncRNAs；

步驟S2，篩選對植物響應逆境脅迫的lncRNAs的候選靶基因；

步驟S3，植物響應逆境脅迫的lncRNAs的靶基因的功能注釋；

步驟S4，對響應逆境脅迫的lncRNAs二級結構富集分析；

步驟S5，逆境脅迫響應lncRNAs二級結構功能預測；

所述步驟S4中對響應逆境脅迫的lncRNAs二級結構富集分析方法為利用RNAmotif2008對脅迫響應的lncRNAs二級結構進行富集分析，分析中篩選的參數(shù)設置為：①預測motif數(shù)量4-6個；②Stem數(shù)量4-6；③Loop數(shù)量1-3個④分布模式為一般模式；共獲得富集的lncRNAs二級結構4個；

所述步驟S5中逆境脅迫響應lncRNAs二級結構功能預測方法為根據(jù)脅迫響應lncRNAs二級結構富集結構及l(fā)ncRNAs靶基因的功能注釋結果，對lncRNAs二級結構的功能進行預測。

2.根據(jù)權利要求1所述的植物響應逆境脅迫的lncRNAs二級結構功能注釋方法，其特征在于，所述步驟S1中所述逆境脅迫為低溫處理或高鹽處理；所述低溫處理為4℃處理6小時；所述高鹽處理為150mM NaCl處理6小時。

3.根據(jù)權利要求1所述的植物響應逆境脅迫的lncRNAs二級結構功能注釋方法，其特征在于，所述步驟S1中l(wèi)ncRNAs篩選標準為①長度大于200nt；②最小讀長覆蓋率為5；③開放閱讀框小于300nt；④利用CPC分析、CNCI分析編碼蛋白能力，閾值為CPC score<0,CNCIscore<0；⑤利用cuffdiff進行l(wèi)ncRNAs差異表達分析，最小閾值為：差異倍數(shù)>2或<0.5，p-值<0.05，q-值<0.05。

4.根據(jù)權利要求1所述的植物響應逆境脅迫的lncRNAs二級結構功能注釋方法，其特征在于，所述步驟S2中對順式作用靶基因篩選規(guī)則為在篩選對逆境脅迫響應lncRNAs的上下游10Kb范圍內的基因；對反式作用靶基因篩選規(guī)則為①利用Blast進行序列互補計算，參數(shù)設置為E-value＝1e-10,identity＝90％；②利用RNAplex進行熱力學上的互補計算，參數(shù)設置為e＝-70。

5.根據(jù)權利要求1所述的植物響應逆境脅迫的lncRNAs二級結構功能注釋方法，其特征在于，所述步驟S3中對植物響應逆境脅迫的lncRNAs的靶基因的功能注釋的方法為：利用NCBI核酸數(shù)據(jù)庫進行功能注釋；利用AgriGO對候選基因Go term進行富集分析；

所述NCBI核酸數(shù)據(jù)庫為https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi；

所述AgriGO為http://bioinfo.cau.edu.cn/agriGO/。