[發明專利]一種序列自動拼接方法及裝置

有效

• 申請號: 201710104162.3
• 申請日: 2017-02-24
• 公開（公告）號: CN106951734B
• 公開（公告）日: 2019-07-26
• 發明（設計）人: 段廣有;金亮;徐鳳丹;廖國娟;葛毅
• 申請（專利權）人: 蘇州金唯智生物科技有限公司
• 主分類號: G16B30/00
• 分類號: G16B30/00
• 代理公司: 廣州市越秀區哲力專利商標事務所(普通合伙) 44288
• 代理人: 胡擁軍;趙賽

1.一種序列自動拼接方法，其特征在于，包括以下步驟：

S1：獲取測序樣本并對其進行預處理，所述測序樣本包括多個測序數據序列；

S2：計算每個測序數據序列的長度，選擇長度最長的測序數據序列并記為起始序列；

S3：從其余測序數據序列中選擇一個并記為待拼接序列；

S4：將起始序列與待拼接序列進行比對；

S5：當該起始序列與該待拼接序列存在長度大于預設值M的公共子串時，則將該起始序列與該待拼接序列進行拼接并得到一拼接序列，并將該拼接序列記為新的起始序列；

S6：判斷是否還有測序數據序列未拼接，若是，則依次執行S3、S4以及S5；若否，則執行S7；

S7：生成測序結果文件；

所述預處理具體包括根據系統預設的信號強度閾值將每個測序數據序列的低置信度區域去除，以及對酒精峰的識別判定；

所述測序結果文件包括拼接測序結果以及使用說明。

2.如權利要求1所述序列自動拼接方法，其特征在于，所述預設值M＝20。

3.如權利要求1所述序列自動拼接方法，其特征在于，所述S4具體為將起始序列與待拼接序列的正向序列、反向序列、互補序列以及反向互補序列依次進行比對。

4.一種序列自動拼接裝置，其特征在于，包括：

預處理模塊，用于獲取測序樣本并對其進行預處理，所述測序樣本包括多個測序數據序列；

起始序列選擇模塊，用于計算每個測序數據序列的長度，選擇長度最長的測序數據序列并記為起始序列；

待拼接序列選擇模塊，用于從其余測序數據序列中選擇一個并記為待拼接序列；

比對模塊，用于將起始序列與待拼接序列進行比對；

拼接模塊，用于當該起始序列與該待拼接序列存在長度大于預設值M的公共子串時，則將該起始序列與該待拼接序列進行拼接并得到一拼接序列，并將該拼接序列記為新的起始序列；

判別模塊，用于判斷是否還有測序數據序列未拼接，若是，則依次執行待拼接序列選擇模塊、比對模塊以及拼接模塊；若否，則執行結果生成模塊；

結果生成模塊，用于生成測序結果文件；

所述預處理具體包括根據預設的信息強度閾值將每個測序數據序列的低置信度區域去除，以及對酒精峰的識別判定；

所述測序結果文件包括拼接測序結果以及使用說明。

5.如權利要求4所述序列自動拼接裝置，其特征在于，所述預設值M＝20。

6.如權利要求4所述序列自動拼接裝置，其特征在于，所述比對模塊具體為用于將起始序列與待拼接序列的正向序列、反向序列、互補序列以及反向互補序列依次進行比對。