[發明專利]用于檢測短串聯重復序列的引物、試劑盒及方法

有效

• 申請號: 201710072429.5
• 申請日: 2017-02-10
• 公開（公告）號: CN106701988B
• 公開（公告）日: 2021-12-17
• 發明（設計）人: 鄭仲征;冀麗軍;何貴倫
• 申請（專利權）人: 上海荻碩貝肯醫學檢驗所有限公司;上海荻碩貝肯生物科技有限公司;上海荻碩貝肯生物技術有限公司;深圳荻碩貝肯精準醫學有限公司
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 深圳至誠化育知識產權代理事務所(普通合伙) 44728
• 代理人: 劉英

本發明屬于基因工程技術領域，公開了一種用于檢測短串聯重復序列的引物組合、含有該引物組合的試劑盒以及用于檢測短串聯重復序列的方法。本發明選取了中國人群遺傳多態性高的基因座，更適用于中國人群；本發明選擇的串聯重復單位為四個、五個或六個，能夠有效降低滑移峰比例，檢測結果的準確性更高；本發明采用熒光標記復合擴增系統進行擴增，擴增產物可在同一毛細管中進行電泳，實現了對全部基因座同時進行檢測分析；本發明采用技術成熟的熒光標記物進行熒光標記，成本低；本發明的檢測方法特異性好，可用于個體識別、親緣鑒定、群體遺傳學研究等定性分析，也可用于造血干細胞移植后嵌合率檢測等定性分析。

技術領域

本發明涉及基因工程技術領域，具體涉及用于檢測短串聯重復序列的引物、試劑盒及方法。

背景技術

短串聯重復序列(shorttandemrepeats，STR)是一類廣泛存在于人類基因組中、核心序列為2～6個堿基的DNA串聯重復序列。短串聯重復序列在不同個體間具有極高的識別率，據統計，無關個體間12個STR位點完全相同的概率為10-14，同胞之間完全相同的概率為10-4，是識別不同個體DNA的有力指標，且這種差異在遺傳過程中遵循孟德爾遺傳規律。因此，STR擴增檢測技術被廣泛用于個體識別、親緣鑒定、群體遺傳學研究和嵌合率檢測等方面。

隨著毛細管電泳設備的高度自動化，大量的STR位點被各大人類身份認定的標準所定義(歐洲STR標準ESS，國際刑警組織采用的DNA標準基因座ISSOL，美國聯邦調查局的聯合DNA索引系統CODIS等)，越來越多的研究學者投入該領域對其進行開發性研究。

目前，國內在進行STR檢測時多依賴于進口的STR試劑盒。大量的研究報道，短串聯重復序列基因座的遺傳多態性在種族之間存在一定的差異。有鑒于此，迫切需要研發出更多適用于中國人群并能夠與現代普遍使用的檢測儀器相適應的STR檢測方法和試劑盒。

發明內容

本發明針對現有技術中存在的上述缺陷，針對中國人群遺傳多態性高的基因座，重新設計了適于檢測中國人群短串聯重復序列的引物以及檢測方法。本發明的檢測方法快速、簡便、準確、直觀，且實驗成本低。

為此，本發明一方面提供了一種用于檢測短串聯重復序列的引物組合,其由序列1-36所示的引物組成，分別針對基因座THO1、D21S11、D2S1338、PentaE、D5S818、D13S317、D7S820、D16S539、CSF1PO、Amelogenin、vWA、D8S1179、TPOX、FGA、D6S1043、D12S391、D10S1248、PentaD進行檢測。

本發明檢測的短串聯重復序列除了包含了人類遺傳多態性高的基因座之外，還包含了中國人群遺傳多態性高的基因座D2S1338、D12S391、D6S1043和D10S1248。這幾個基因座均屬于中國人群中高鑒別、高雜合度、高信息量的基因座。因此，本發明所設計的檢測方法更適用于中國人群，有利于該技術的推廣與應用。除此之外，本發明選擇的STR基因座的串聯重復單位為四個、五個或六個，能夠有效降低滑移峰比例，獲得的檢測結果準確性更高。

在本發明優選的實施方案中，該引物組合進一步由第1-4組引物組成，其中第1組由序列1-8所示的引物組成，針對基因座THO1、D21S11、D2S1338、PentaE進行檢測，第2組由序列9-18所示的引物組成，針對基因座D5S818、D13S317、D7S820、D16S539、CSF1PO進行檢測，第3組由序列19-28所示的引物組成，針對基因座Amelogenin、vWA、D8S1179、TPOX、FGA進行檢測，第4組由序列29-36所示的引物組成，針對基因座D6S1043、D12S391、D10S1248、PentaD進行檢測。