[發明專利]用于檢測血漿ctDNA中基因變異的試劑盒

在審

• 申請號: 201710067026.1
• 申請日: 2017-02-07
• 公開（公告）號: CN106755505A
• 公開（公告）日: 2017-05-31
• 發明（設計）人: 王曉雯;荊瑞琳;張萌萌;玄兆伶;李大為;梁峻彬;陳重建
• 申請（專利權）人: 安諾優達基因科技（北京）有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C40B50/06;C12N15/11
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

技術領域

本發明屬于分子體外診斷領域，具體涉及特別適用于檢測血漿ctDNA中基因變異的試劑盒。

背景技術

游離DNA(Cell Free nucleic acids，cfDNA)是指存在血漿或血清、腦脊液等細胞外游離狀態的核酸片段，約160～180bp，是細胞DNA在生理或病理條件下的產物。

研究表明腫瘤病人外周血中存在cfDNA顯著高于健康人群，并且這些cfDNA攜帶有腫瘤患者的基因的變異信息(包括腫瘤基因的變異突變等)，稱之為循環腫瘤DNA(circulating tumor DNA，ctDNA)。其主要來源于壞死的腫瘤細胞，循環腫瘤細胞，凋亡的腫瘤細胞及來自腫瘤細胞的外分泌小體。腫瘤患者的ctDNA中，常見的變異類型有SNV(single nucleotide variant，單核苷酸變異)、CNV(Copy Number Variation，拷貝數變異)及FUSION(融合)等。

因ctDNA占cfDNA的含量極低，需要先通過DNA富集的方法將目標ctDNA富集起來，然后通過富集的ctDNA進行測序，得到其攜帶信息，并根據測序得到的攜帶信息來解讀個體患病情況。常用的DNA的富集方法是基于PCR平臺的多重PCR的方法，該方法適用于捕獲一些很小的區域，或者一些已知位點及其周圍較短距離(熱點上下游150bp以內)區域，該方法具有快速有效、靈敏度高等特點。目前，很多公司推出了多重PCR富集ctDNA相關基因區域的試劑盒(如Life公司的Oncomine cfDNA Assays等)，但這些試劑盒只能檢測SNV，對于CNV及FUSION，該類產品均不能準確檢出，因此，多重PCR方法的適用性受到較大的限制。

發明內容

鑒于上述現有技術中存在的不足，本發明的目的在于提供一種用于檢測血漿ctDNA中基因變異的試劑盒，使用該試劑盒進行基因檢測，并通過高通量測序平臺進行測序，能夠同時穩定的檢出基因SNV、CNV以及FUSION。

本發明的發明人為解決上述問題進行了深入研究，結果發現：在血漿ctDNA基因變異的檢測方法中，通過使用基因捕獲的探針，即針對SNV區域設計的探針、針對CNV區域設計的探針、針對FUSION區域設計的探針，公共引物如SEQ ID NO:1所示核苷酸序列引物，以及標簽引物如SEQ ID NO:2～SEQ ID NO:5所示核苷酸序列引物。可以同時穩定的檢出基因SNV、CNV以及FUSION。

即本發明包括：

1.一種用于檢測血漿ctDNA中基因變異的試劑盒，其包括用于基因捕獲的探針，所述基因捕獲的探針包括：針對SNV區域設計的探針、針對CNV區域設計的探針、針對FUSION區域設計的探針，公共引物如SEQ ID NO:1所示核苷酸序列引物，以及標簽引物如SEQ ID NO:2～SEQ ID NO:5所示核苷酸序列引物。

2.根據項1所述的試劑盒，其中，所述基因捕獲的探針是生物素化的。

3.根據項1或2中所述的試劑盒，其中，所述基因捕獲試劑盒還包括鏈霉親和素標記的磁珠。

4.根據項1所述的試劑盒，其中，所述試劑盒還包括用于提供雜交捕獲反應的離子環境的緩沖液。

5.根據項1所述的試劑盒，其中，所述試劑盒還包括用于洗脫物理吸附或非特異性雜交的清洗液。

6.根據項1所述的試劑盒，其中，所述試劑盒用于在腫瘤相關基因的基因捕獲測序中進行基因捕獲；優選地，所述基因捕獲測序用于檢測腫瘤相關基因的SNV、CNV、以及FUSION。

7.一種血漿ctDNA中基因變異的檢測方法，其中，使用項1～6中任一項所述試劑盒進行基因檢測。

8.一種用于檢測血漿ctDNA中基因變異的二代測序DNA文庫的構建方法，其中，包括對構建的文庫進行基因捕獲的步驟，其中所述基因捕獲使用項1～7中任一項所述的試劑盒進行。

9.一種捕獲探針，其中，所述基因捕獲的探針包括針對SNV區域設計的探針、針對CNV區域設計的探針、和/或針對FUSION區域設計的探針。

有益效果：相對于現有方法，本發明的試劑盒能夠同時檢測更多的區域，同時檢測出基因SNV、CNV及FUSION。

附圖說明

圖1為實施例1中樣本1的CNV檢測結果的示意圖。

發明的具體實施方式

本說明書中提及的科技術語具有與本領域技術人員通常理解的含義相同的含義，如有沖突以本說明書中的定義為準。