[發明專利]一種限制型心肌病基因數據處理裝置

在審

• 申請號: 201710064524.0
• 申請日: 2017-02-04
• 公開（公告）號: CN106709275A
• 公開（公告）日: 2017-05-24
• 發明（設計）人: 不公告發明人
• 申請（專利權）人: 上海喆之信息科技有限公司
• 主分類號: G06F19/20
• 分類號: G06F19/20
• 代理公司: 北京高航知識產權代理有限公司11530
• 代理人: 趙永強

技術領域

本發明涉及基因數據處理技術領域，具體地，涉及一種限制型心肌病基因數據處理裝置。

背景技術

生物標志物(Biomarker)是指可以標記系統、器官、組織、細胞及亞細胞結構或功能的改變或可能發生的改變的生化指標，具有非常廣泛的用途。生物標志物可用于疾病診斷、判斷疾病分期或者用來評價新藥或新療法在目標人群中的安全性及有效性。對于疾病的鑒定、早期診斷及預防、治療過程中的監控可能起到幫助作用。尋找和發現有價值的生物標志物已經成為目前研究的一個重要熱點。

心肌病是一組由于心臟下部分腔室(即心室)的結構改變和心肌壁功能受損導致心臟功能進行性障礙的病變，其發病機理至今尚未完全明確，人類限制型心肌病轉錄組的研究表明，有一系列的基因與心臟衰竭有關。Hannenhalli等人研究表明，與正常人相比，有1020個基因在缺血性限制型心肌病(ischemic cardiomyopathy)病人中差異表達，有1002個基因在特發性限制型心肌病(idiopathic cardiomyopathies)病人中差異表達。但是已有生物標記物之間是獨立的，沒有考慮基因之間的相互聯系。然而，生物體本身是一個完整的系統，各個基因之間是存在聯系的。不考慮基因之間的聯系，很難反映限制型心肌病患者的真實情況。

發明內容

針對現有技術上的不足，本發明提供一種限制型心肌病基因數據處理裝置。

為了解決上述技術問題，本發明通過以下技術方案得以實現：

一種限制型心肌病基因數據處理裝置，包括基礎數據獲取模塊、分析模塊、算法建立模塊、初篩選模塊、重篩選模塊和分析鑒定模塊，所述基礎數據獲取模塊獲取樣本基因表達譜；所述分析模塊所述樣本基因表達譜進行分析，以獲取對應的基因數據，各個所述基因數據包括若干基因的基因表達量；所述算法建立模塊建立篩選算法；所述初篩選模塊篩選使用上述篩選算法篩選出的表達基因數據；所述分析鑒定模塊用于確定所述共表達基因對數據為限制型心肌病生物標志物。

優選地，所述算法建立模塊中建立的算法如下：

Max[T(m,n)]-min[T(m,n)]＜δ

其中，T(m,n)＝X(m,k)/X(n,k)，k＝1，2…N，X(m,k)表示基因m的第k個樣本的基因表達量，X(n,k)表示基因n的第k個樣本的基因表達量，δ表示基因m和基因n的近似程度。

優選地，所述樣本基因表達譜包括缺血性限制型心肌病患者、特發性限制型心肌病患者以及非限制型心肌病患者的基因表達譜。

相對于現有技術，本發明的有益效果：

1、本發明可以根據篩選得到的共表達基因對數據，進行生物功能及生物網絡分析，以便于獲取心肌病生物標志物，用于識別非心肌病患者、缺血性心肌病患者以及特發性心肌病患者，并研究缺血性心肌病患者和特發性心肌病患者的發病機理。

2、本發明在基因數據中篩選出共表達基因對數據，在基因數據中獲取關于心臟肌肉收縮和心肌病的基因數據，在共表達基因對數據中，獲取包括關于心臟肌肉收縮和心肌病的基因數據的共表達基因對數據，可以提高心肌病患者的識別精準度。

3、本發明在共表達基因對數據中，獲取包括關于生物代謝過程的基因數據的共表達基因對數據，確定共表達基因對數據為心肌病生物標志物，可以提高心肌病患者的識別精準度。

附圖說明

此處的附圖被并入說明書中并構成本說明書的一部分，示出了符合本發明的實施例，并與說明書一起用于解釋本發明的原理。

圖1是本發明的結構示意圖。

具體實施方式

結合以下實施例對本發明作進一步描述。

一種限制型心肌病基因數據處理裝置，包括基礎數據獲取模塊、分析模塊、算法建立模塊、初篩選模塊、重篩選模塊和分析鑒定模塊，所述基礎數據獲取模塊獲取樣本基因表達譜；所述分析模塊所述樣本基因表達譜進行分析，以獲取對應的基因數據，各個所述基因數據包括若干基因的基因表達量；所述算法建立模塊建立篩選算法；所述初篩選模塊篩選使用上述篩選算法篩選出的表達基因數據；所述分析鑒定模塊用于確定所述共表達基因對數據為限制型心肌病生物標志物。

優選地，所述算法建立模塊中建立的算法如下：

Max[T(m,n)]-min[T(m,n)]＜δ

其中，T(m,n)＝X(m,k)/X(n,k)，k＝1，2…N，X(m,k)表示基因m的第k個樣本的基因表達量，X(n,k)表示基因n的第k個樣本的基因表達量，δ表示基因m和基因n的近似程度。