[發明專利]桑樹黑斑病病原菌的核糖體RNA序列及其應用

有效

• 申請號: 201710064069.4
• 申請日: 2017-01-24
• 公開（公告）號: CN107794262B
• 公開（公告）日: 2021-02-19
• 發明（設計）人: 劉吉平;劉希
• 申請（專利權）人: 華南農業大學
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;C12Q1/689;C12Q1/6869;C12Q1/06;C40B50/06;C12R1/645
• 代理公司: 廣州粵高專利商標代理有限公司 44102
• 代理人: 任重

1.一種桑樹黑斑病病原菌Pseudocercosporamori核糖體RNA，其特征在于，所述核糖體RNA的全長cDNA序列如SEQ.ID.NO1所示。

2.根據權利要求1所述桑樹黑斑病病原菌Pseudocercosporamori核糖體RNA，其特征在于，所述核糖體RNA由18SrRNA、ITS1、5.8SrRNA、ITS2、28SrRNA組成；所述18SrRNA的cDNA序列為SEQ.ID.NO1所示序列中第1～1726堿基序列所示；所示ITS1的cDNA序列為SEQ.ID.NO1所示序列中第1727～1876，所述5.8SrRNA的cDNA序列為SEQ.ID.NO1所示序列中第1877～2034，所述ITS2的cDNA序列為SEQ.ID.NO1所示序列中第2035～2183，所述28SrRNA的cDNA序列為SEQ.ID.NO1所示序列中第2184～5469。

3.權利要求1或2所述桑樹黑斑病病原菌Pseudocercosporamori的核糖體RNA序列在定量檢測桑樹黑斑病病原菌Pseudocercosporamori的應用。

4.根據權利要求3所述的應用，其特征在于，所述應用的方法包括以下步驟：

S1.收集桑樹病葉；

S2.提取桑樹病葉的總DNA；

S3.IlluminaDNA文庫構建；

S4.Illumina高通量測序；

S5.去除測序數據中桑樹基因組序列；

S6.組裝微生物基因組序列；

S7.組裝完整核糖體DNA序列

S8.對比分析核糖體DNA序列；

步驟S3所述IlluminaDNA文庫構建的方法為：依照Illumina文庫構建流程，將所述步驟S2中所述總DNA構建為片段大小500bp的雙末端高通量測序文庫；

步驟S8所述對比分析核糖體DNA序列的方法為：使用序列比對分析軟件，將步驟S7所述完整核糖體DNA序列與桑樹污葉病/黑斑病病原菌rRNA的全長cDNA序列進行比對。

5.根據權利要求4所述的應用，其特征在于，步驟S5所述去除測序數據中桑樹基因組序列的方法為：利用比對軟件對步驟S4中所述高通量測序數據進行數據比對分析，選擇比對算法，將所述測序數據與桑樹參考基因組進行比對，并將比對上參考基因組的所述測序數據判定為桑樹基因組序列，使用編寫的計算機程序從所述測序數據中去除桑樹基因組序列；

S5所述去除測序數據中桑樹基因組序列選用的參考基因組序列為：

桑屬川桑Morusnotabilis全基因組序列GCA_000414095.2和葉綠體基因組序列NC_027110.1；

步驟S6所述組裝微生物基因組序列的方法為：使用組裝軟件對步驟S5得到的已去除桑樹基因組序列的測序數據進行組裝；

步驟S7所述組裝完整核糖體DNA序列的方法為：采用比對軟件，對所述組裝序列進行比對，根據比對結果從測序數據中獲取雙末端測序片段，使用組裝軟件對序列進行組裝和延伸，經多個循環操作，直至獲得完整的核糖體DNA序列。

6.根據權利要求5所述的應用，其特征在于，步驟S5所述比對軟件為bwa0.7.12-r1039軟件；步驟S5所述比對算法為mem比對算法；步驟S5所述將測序數據與桑樹參考基因組進行比對是雙末端比對方法和bwa0.7.12-r1039軟件的默認參數；步驟S5所述編寫的計算機程序用python計算機語言編寫；步驟S6所述組裝軟件為MetaVelvetv1.2.01；步驟S7所述比對軟件為bwa0.7.12-r1039軟件；步驟S7所述比對方法采用無錯配0mismatch和無斷裂0gap比對；步驟S7所述組裝軟件為MetaVelvetv1.2.01軟件。

7.權利要求1或2所述桑樹黑斑病病原菌Pseudocercosporamori的核糖體RNA序列在真菌種屬分類方面的應用。