[發(fā)明專利]一種與楊樹抗逆基因表達(dá)調(diào)控相關(guān)的內(nèi)參基因的篩選方法

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201710036923.6
• 申請(qǐng)日: 2017-01-18
• 公開（公告）號(hào): CN106874707A
• 公開（公告）日: 2017-06-20
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 項(xiàng)艷;嚴(yán)涵薇;儲(chǔ)文淵;程欣然
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)
• 主分類號(hào): G06F19/18
• 分類號(hào): G06F19/18;G06F19/24
• 代理公司: 北京華仁聯(lián)合知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司11588
• 代理人: 李珊

1.一種與楊樹抗逆基因表達(dá)調(diào)控相關(guān)的內(nèi)參基因的篩選，其特征在于，包括以下步驟：

(1)收集與楊樹抗逆基因表達(dá)調(diào)控相關(guān)的基因芯片，選擇編號(hào)為GSE13990，GSE15242，GSE21171和GSE23637的基因芯片為特異性篩選芯片；

(2)對(duì)步驟(1)的4個(gè)基因芯片中包含的探針進(jìn)行歸一化處理，步驟包括：

步驟一：利用Expression Console軟件中的MAS5算法計(jì)算得到基因芯片中每個(gè)探針的P-Value值，篩選P-Value值<0.05的探針；

步驟二：利用Expression Console軟件中的RMA算法計(jì)算篩選后的探針在不同脅迫條件下的CV值，將探針按照CV值從小到大的順序進(jìn)行排序；

(3)選擇步驟(2)中排序前50的探針?biāo)鶎?duì)應(yīng)的楊樹基因?yàn)楹蜻x基因，利用InterproScan軟件對(duì)50個(gè)候選基因進(jìn)行功能預(yù)測，選擇維持楊樹生命基礎(chǔ)功能的相關(guān)基因?yàn)樗鰞?nèi)參基因。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種與楊樹抗逆基因表達(dá)調(diào)控相關(guān)的內(nèi)參基因的篩選方法，其特征在于，所述步驟二中，不同脅迫條件包括鹽脅迫和干旱脅迫。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種與楊樹抗逆基因表達(dá)調(diào)控相關(guān)的內(nèi)參基因的篩選方法，其特征在于，所述步驟(3)中，維持楊樹生命基礎(chǔ)功能的相關(guān)基因包括參與能量代謝和氨基酸合成的相關(guān)基因。