[發明專利]一種公豬KDM5B基因插入/缺失多態性的檢測方法及其應用

有效

• 申請號: 201710036016.1
• 申請日: 2017-01-18
• 公開（公告）號: CN106755474B
• 公開（公告）日: 2020-04-28
• 發明（設計）人: 潘傳英;崔洋;于帥;陳瑞;曾文先;董武子
• 申請（專利權）人: 西北農林科技大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888
• 代理公司: 西安通大專利代理有限責任公司 61200
• 代理人: 范巍

本發明公開了一種公豬KDM5B基因插入/缺失多態性的檢測方法及其應用。該方法以公豬全基因組DNA為模板，通過PCR擴增KDM5B基因，隨后進行瓊脂糖凝膠電泳，根據電泳結果鑒定KDM5B基因在NC_010452.3:g.52599_52633位點存在35?bp插入/缺失多態性。KDM5B基因35?bp插入/缺失多態性不同基因型與40日齡長白豬公豬睪丸短軸長、睪丸重等繁殖性狀之間顯著相關，KDM5B基因35?bp插入/缺失多態性位點能夠作為提高長白豬公豬繁殖性狀的分子標記，故本發明有利于長白豬公豬繁殖性狀的標記輔助選擇(MAS)，有利于快速建立遺傳資源優良的公豬種群。

技術領域

本發明屬于生物技術與家畜育種領域，涉及基因插入/缺失多態性的檢測，特別涉及一種快速、準確檢測公豬KDM5B基因NC_010452.3:g.52599_52633位點35-bp插入/缺失多態性的方法。

背景技術

豬作為中國人最主要的肉類消費品，在中國存欄量巨大。培育具有優良生產性狀的種質資源是供給充足豬肉的保障。通過研究豬基因組遺傳信息，尋找與繁殖性能、抵抗力、畜產品品質、飼料轉化率等性狀相關基因的多態性，并將這些基因多態信息應用在豬分子育種領域，有利于培育和改良出更多具有優良生產性能的品種。

豬是一種重要的模式動物，應用在人類疾病研究和器官移植等領域。同時豬也是一種重要的經濟動物，全球豬肉產量在過去十年上漲60％，目前豬肉占全球肉產品總量的三分之一左右。農業部公布的數據顯示，2015年全國生豬出欄量為70,825萬頭，豬肉產量達到5,487萬噸，占年肉產品總產量的65％，占全球豬肉總產量的49.9％，總產值為13,325億元。在我國，大力發展養豬業不僅能滿足人民日益增長的消費需求，也可以促進經濟的快速發展。

提供足夠數量和質量的畜產品需要優良的種質資源作為保證，而育種技術關系到培育品種是否優良。相對于以表型和表型值為基礎的傳統育種方法，運用以DNA多態為基礎的分子育種技術，可以對那些傳統育種方法難以進行選擇的重要經濟性狀(繁殖性狀、畜產品品質性狀等)進行改良。

得益于近幾十年來生物學技術的快速發展，分子標記輔助選擇(marker-assistedselection，MAS)已經成為現代育種技術體系的重要組成部分。該技術首先檢測重要基因的DNA多態性，隨后分析DNA多態與遺傳性狀之間的相關性，最后挑選與遺傳性狀顯著相關的DNA標記進行性狀選擇。MAS技術可以在DNA水平上快速準確地分析個體遺傳組成，提高家畜育種的定向性，育種值估計的準確性，縮短培育年限。

MAS極大地推動了分子育種技術的發展。尋找重要功能基因、篩查重要基因遺傳變異位點、分析重要功能基因遺傳變異位點與生長性能的相關性，是MAS技術應用的前提和關鍵。目前，很多分子遺傳標記已經應用在分子育種領域，而新一代的遺傳圖譜標記仍在不斷地被發掘。

天然的遺傳變異形式可以歸納為以下三種，單核苷酸多態(Single NucleotidePolymorphisms，SNPs)、插入/缺失(Insertions and Deletions，Indels)以及基因組結構變異(Structural Variations，SVs)。Indel是指在近緣物種或同一物種不同個體之間基因組同一位點的序列發生不同大小核苷酸片段的插入或缺失。目前將Indel定義為50bp以下插入和缺失的總稱。盡管Indel在人類基因組所有染色體上均有分布，且含量僅次于SNPs，但對它的研究程度遠不如SNPs和SVs深入。

Indel可以劃分為5個主要類別：①單個堿基對的插入或缺失；②只一個堿基對的擴增；③2-15bp的擴增；④轉座子插入；⑤隨機DNA序列的插入或缺失。其中第五類Indel所占比例最高，轉座子插入所占比例最少。