[發明專利]水稻抗稻瘟病基因Pilk(t)的連鎖標記及其專用引物

有效

• 申請號: 201710032746.4
• 申請日: 2017-01-08
• 公開（公告）號: CN106755471B
• 公開（公告）日: 2017-12-08
• 發明（設計）人: 王依然;趙家銘;于果;馬作斌
• 申請（專利權）人: 王依然;趙家銘;于果
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

技術領域

本發明屬于分子生物學領域，具體涉及一種抗稻瘟病基因的分子標記及其專用引物。

背景技術

水稻是世界上最重要的糧食作物之一，世界上超過一半的人口以稻米為食。中國水稻種植約占全國耕地面積的25％，產量約占全國糧食總產量的50％，水稻是中國糧食安全和農業可持續發展的重要戰略資源。由稻瘟病菌(Magnaporthe oryzae無性態：Pyricularia)引起的稻瘟病，是水稻生產上最具毀滅性的病害之一，也是世界性的真菌病害。該病既可降低水稻產量，也可降低水稻的品質，已成為限制水稻生產的重要因素。研究表明，選育抗病水稻品種是防控稻瘟病的根本途徑，而利用抗病基因的分子標記輔助選擇抗病個體則是廣為育種家采用的高效技術手段。但由于稻瘟病為小種特異性病害，病原菌和水稻互作遵循“基因對基因”模式，如果品種所攜帶的抗病基因對稻瘟病菌的抗譜狹窄，且品種單一化、集中化種植現象普遍，這樣一旦稻瘟菌流行小種發生變化，品種對稻瘟病的抗性便迅速下降。因此，利用廣譜抗性基因選育高抗水稻品種尤為必要。

遼開79為1991年由遼寧省稻作研究所育成的水稻品種，自育成以來，20多年在遼寧多個地區均對稻瘟病表現高抗性(http://www.ricedata.cn/variety/varis/602474.htm)，表明其攜帶具廣譜抗性的抗稻瘟病基因，本發明在研究過程中將其與感病品種遼鹽241雜交，通過單粒傳的方式構建重組自交系群體(RIL6)，人工接種鑒定群體各個單系對稻瘟病的抗性，利用SLAF-BSA技術，最終從遼開79中定位到一個廣譜抗病新基因Pilk(t)，位于第6染色體8.26-8.98Mb區間內(IRGSP 1.0)，并篩選到一個與該基因緊密連鎖的分子標記Indel-lk。

發明內容

為了選育抗稻瘟病水稻品種，有針對性的、特異性的選擇含Pilk(t)基因的后代材料，本發明提供一種用于檢測水稻抗稻瘟病基因Pilk(t)的共顯性分子標記Indel-lk，該分子標記根據Pilk(t)定位的區域在抗感親本間的序列差異設計，多態性好，可高效用于Pilk(t)基因的輔助選擇，以提高抗病品種選育的效率。

本發明提供如下解決方案：

一種用于檢測水稻抗稻瘟病基因Pilk(t)是否存在的分子標記的引物對，如SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示。

一種檢測水稻親本(作為親本，基因是純合的)中是否存在抗稻瘟病基因Pilk(t)的方法，以SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示序列為引物，擴增待檢測基因組DNA，1.5％瓊脂糖凝膠電泳分離，獲得片段長度為581bp擴增子的即為含有抗稻瘟病基因Pilk(t)。更進一步的，擴增子片段長度為403bp的水稻親本即為不含有水稻抗稻瘟病基因Pilk(t)而含有其感病等位基因。

一種檢測水稻雜交后代中是否存在抗稻瘟病基因Pilk(t)的方法，以SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示序列為引物，擴增待檢測基因組DNA，1.5％瓊脂糖凝膠電泳分離，只獲得片段長度為581bp擴增子的即為含有純合抗稻瘟病基因Pilk(t)。更進一步的，擴增子包含長度分別為581bp及403bp兩條片段的水稻雜交后代含有雜合抗稻瘟病基因Pilk(t)，而只獲得片段長度為403bp擴增子的即為含有抗稻瘟病基因Pilk(t)的感病等位基因。

上述引物對優選對水稻苗期所提取的DNA進行標記鑒定，檢測是否攜帶抗稻瘟病基因Pilk(t)，由于上述引物對是基于序列的插入缺失多態性設計的，因此檢測方便，準確率高，該分子標記可以作為水稻稻瘟病抗病育種中Pilk(t)基因分子標記輔助選擇的應用。

附圖說明

圖1是分子標記Indel-lk在抗稻瘟病基因Pilk(t)供體品種遼開79和7個感病水稻品種中擴增產物的瓊脂糖凝膠電泳電泳圖。

其中，M：2000bp分子量標記(Takara DL2000)，200ng；片段長度分別為：100bp，250bp，500bp，750bp，1000bp，2000bp。

1：遼開79；2：遼鹽241；3：遼星1號；4：豐錦；5：遼粳287；6：營8433；7：C418；8：麗江新團黑谷。

其中抗病基因供體品種遼開79擴增產物片段大小為581bp，而感病等位基因擴增產物片段長度為403bp。

圖2是分子標記Indel-lk在以遼開79/遼星1號的F2群體中基因型分離的瓊脂糖凝膠電泳圖。