[發(fā)明專利]一種非小細(xì)胞肺癌相關(guān)癌基因篩選與功能分析方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201710018625.4
• 申請(qǐng)日: 2017-01-10
• 公開（公告）號(hào): CN106778066B
• 公開（公告）日: 2019-02-15
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 謝偉;馬躍偉;王迪;曲蘊(yùn)慧;劉紅春;代麗萍
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 鄭州大學(xué)第一附屬醫(yī)院
• 主分類號(hào): G16B25/10
• 分類號(hào): G16B25/10;G16B20/00;G16B35/20;G16B40/00;G16B50/00
• 代理公司: 北京科億知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11350
• 代理人: 湯東鳳

1.一種非小細(xì)胞肺癌相關(guān)癌基因篩選與功能分析方法，其特征在于，包括以下步驟：

1)利用GEO數(shù)據(jù)庫(kù)篩選符合條件的研究系列：從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/中尋找NSCLC相關(guān)的mRNA表達(dá)芯片結(jié)果，搜索條件限定為：(1)非小細(xì)胞肺癌；(2)必須有正常對(duì)照；(3)芯片系列為mRNA表達(dá)檢測(cè)；(4)標(biāo)本來(lái)源為組織；(5)樣本含量大于100例，經(jīng)篩選，兩個(gè)研究系列納入研究：GSE44077和GSE43458；兩個(gè)研究均為GPL6244平臺(tái)，共納入NSCLC標(biāo)本135例和正常對(duì)照標(biāo)本96例；

2)利用GEO2R數(shù)據(jù)庫(kù)獲得mRNA表達(dá)結(jié)果：從GEO2R數(shù)據(jù)庫(kù)https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/下載GSE44077和GSE43458兩個(gè)研究系列中mRNA在NSCLC癌組織和正常肺組織差異表達(dá)的數(shù)據(jù)結(jié)果；

3)利用Venn圖尋找兩個(gè)研究中結(jié)果相同mRNA基因表達(dá)結(jié)果：選擇兩個(gè)研究系列中mRNA表達(dá)上調(diào)或下調(diào)超過(guò)4倍的基因，其中GSE44077中表達(dá)上調(diào)4倍以上的有81個(gè)基因，下調(diào)4倍以上的有24個(gè)基因；GSE43458中表達(dá)上調(diào)4倍以上的有74個(gè)基因，下調(diào)4倍以上的有13個(gè)基因，利用在線Venn圖制作工具h(yuǎn)ttp://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/，生成Venn圖，兩個(gè)研究中共同表達(dá)上調(diào)的有55個(gè)基因，共同表達(dá)下調(diào)的有11個(gè)基因；

4)利用生物信息學(xué)技術(shù)進(jìn)行基因富集功能分析：利用DAVID在線軟件對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行生物信息學(xué)分析，為NSCLC標(biāo)志物篩選及分子機(jī)制研究提供依據(jù),基因本體論數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)基因和蛋白功能進(jìn)行描述和限定；

操作步驟如下：

提交基因列表并設(shè)置參數(shù)：進(jìn)入DAVID網(wǎng)站分析界面https://david.ncifcrf.gov/tools.jsp，在“upload”下的“step1：Enter Gene List”下面的方框內(nèi)，將需要分析的66個(gè)基因名稱粘貼進(jìn)去，在“step 2：Select Identifier”下選擇”O(jiān)fficial_Gene_Symbol”,“Step 3:List Type”選擇“GeneList”，然后點(diǎn)擊“Step 4：submit list”；

在“Background”下“Population Manager--Select a background”中選擇“Homosapiens”，點(diǎn)擊“use”；

在“List”下“Gene List Manager--Select to limit annotations by one or morespecies”中選擇“Home sapiens”，點(diǎn)擊“Select Species”；即出現(xiàn)結(jié)果概要，結(jié)果顯示64個(gè)基因進(jìn)入功能富集分析模塊，功能注釋結(jié)果中包括本研究所需要的Gene_Ontology和Pathway分析結(jié)果；

步驟4中基因本體論包括了三級(jí)結(jié)構(gòu)的標(biāo)準(zhǔn)語(yǔ)言，主要包括分子功能、生物學(xué)途徑和細(xì)胞學(xué)組件；選擇應(yīng)用DAVID在線軟件對(duì)66個(gè)在NSCLC和正常組織的上調(diào)或下調(diào)的差異表達(dá)基因進(jìn)行了GO功能富集分析；結(jié)果顯示59個(gè)基因參與了生物過(guò)程，61個(gè)基因參與了細(xì)胞組成，55個(gè)基因參與了分子功能；

選擇默認(rèn)參數(shù)設(shè)置：“count：2”，“EASE：0.1”，統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性檢驗(yàn)p值<0.05有意義，結(jié)果顯示，差異表達(dá)的基因主要涉及受體內(nèi)吞，血管生成，蛋白水解過(guò)程，失巢凋亡的負(fù)調(diào)節(jié)，血管收縮，細(xì)胞表面受體信號(hào)通路，缺氧反應(yīng)，膠原分解代謝過(guò)程，分子功能表明，差異表達(dá)的基因主要涉及受體活性，絲氨酸型內(nèi)肽酶活性和內(nèi)肽酶活性；

通過(guò)KEGG分析發(fā)現(xiàn)，30個(gè)基因參與了各種通路功能，選擇默認(rèn)參數(shù)設(shè)置：“count：2”，“EASE：0.1”，統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性檢驗(yàn)p值<0.05有意義，這些差異表達(dá)基因主要參與PPAR信號(hào)通路，ECM-受體相互作用，蛋白質(zhì)消化和吸收通路。