[發明專利]一種鑒別染色體平衡易位攜帶胚胎和正常胚胎的方法

有效

• 申請號: 201710013009.X
• 申請日: 2017-01-09
• 公開（公告）號: CN106650310B
• 公開（公告）日: 2019-01-29
• 發明（設計）人: 張碩;張月萍;盧大儒
• 申請（專利權）人: 上海集愛遺傳與不育診療中心;復旦大學
• 主分類號: G16B20/20
• 分類號: G16B20/20
• 代理公司: 北京市誠輝律師事務所 11430
• 代理人: 唐寧;梁婧文

1.一種用于鑒別染色體平衡易位攜帶胚胎和染色體完全正常胚胎的家系單體型中參照樣本單體型的構建方法，其特征在于，包含以下步驟：

1)樣本基因分型：將染色體平衡易位攜帶者夫婦雙方、至少一名攜帶者親屬進行大規模SNP基因型檢測；攜帶者親屬可為與攜帶者具有相同平衡易位的親屬，也可為染色體正常的親屬；將染色體平衡易位攜帶者夫婦雙方、攜帶者親屬稱為參照樣本；

2)確定信息SNPs位點：信息SNPs的選擇標準為：在染色體平衡易位攜帶者中為雜合型，在其配偶中為純合型，并且在攜帶者親屬中也是純合型的SNP位點；選擇覆蓋染色體易位斷裂點、易位染色體和與其相對應的正常的同源染色體上的信息SNPs，染色體每Mb范圍內至少選擇1個信息SNP；在覆蓋斷裂點區域，信息SNPs從斷裂點上下游1-5Mb范圍內選擇；

3)構建家系單體型中參照樣本單體型：集合步驟2)確定的信息SNPs位點通過家系連鎖分析得到覆蓋兩處斷裂區域、易位染色體整條染色體及其同源染色體的整條染色體的單體型，獲得家系單體型中參照樣本單體型。

2.如權利要求1所述方法，其特征在于，步驟1)所述大規模SNP基因型檢測覆蓋23對染色體。

3.如權利要求1或2所述方法，其特征在于，所述大規模SNP基因型檢測采用基因芯片或基因測序方法。

4.如權利要求1或2所述方法，其特征在于，步驟2)中覆蓋染色體易位斷裂點區域，所述信息SNPs從染色體易位斷裂點上下游2-4Mb范圍內選擇。

5.如權利要求1或2所述方法，其特征在于，步驟2)中覆蓋染色體易位斷裂點區域，所述信息SNPs從染色體易位斷裂點上下游2Mb范圍內選擇。

6.如權利要求1或2所述方法，其特征在于，步驟2)中染色體每Mb范圍內至少選擇2、3、4、5、6、7、8、9或10個信息SNPs。

7.如權利要求1或2所述方法，其特征在于，步驟1)中染色體平衡易位攜帶者夫婦雙方與攜帶者親屬的檢測樣本來源為體細胞。

8.如權利要求1或2所述方法，其特征在于，步驟1)中染色體平衡易位攜帶者夫婦雙方與攜帶者親屬的檢測樣本來源為外周血。

9.一種用于鑒別染色體平衡易位攜帶胚胎和染色體完全正常胚胎的家系單體型中參照樣本單體型的構建系統，所述系統包含能夠計算處理樣本數據的軟件、和用于承載上述軟件的硬件，其特征在于，

1)所述系統還包含儲存有染色體平衡易位攜帶者夫婦雙方、至少一名攜帶者親屬進行大規模SNP基因型檢測的基因分型數據的硬件；攜帶者親屬可為與攜帶者具有相同平衡易位的親屬，也可為染色體正常的親屬；將染色體平衡易位攜帶者夫婦雙方、攜帶者親屬稱為參照樣本；

2)所述軟件根據下述規則確定信息SNPs位點：信息SNPs的選擇標準為：在染色體平衡易位攜帶者中為雜合型，在其配偶中為純合型，并且在攜帶者親屬中也是純合型的SNP位點；選擇覆蓋染色體易位斷裂點、易位染色體和與其相對應的正常的同源染色體上的信息SNPs，染色體每Mb范圍內至少選擇1個信息SNP；在覆蓋斷裂點區域，信息SNPs從斷裂點上下游1-5Mb范圍內選擇；

3)所述軟件依照下述原則構建家系單體型中參照樣本單體型：集合步驟2)確定的信息SNPs位點通過家系連鎖分析得到覆蓋兩處斷裂區域、易位染色體整條染色體及其同源染色體的整條染色體的單體型，獲得家系單體型中參照樣本單體型。