[發(fā)明專利]細(xì)胞重編程

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201680081279.8
• 申請(qǐng)日: 2016-12-23
• 公開（公告）號(hào): CN109072200A
• 公開（公告）日: 2018-12-21
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 哈韋爾·菲拉斯;喬斯·波洛;朱利安·高夫;林崎良英;歐文·拉克姆
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 莫納什大學(xué);布里斯托大學(xué);國(guó)立研究開發(fā)法人理化學(xué)研究所;細(xì)胞重組生物科技有限公司
• 主分類號(hào): C12N5/10
• 分類號(hào): C12N5/10;C12N5/12;C12N5/071;C12N5/02;C12N5/0735;C12N5/0786;C12N5/0783;C12N5/0789;C12N5/0775;C12N5/077
• 代理公司: 北京超凡志成知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11371
• 代理人: 王暉;李丙林

1.一種用于確定將源細(xì)胞轉(zhuǎn)換為展現(xiàn)出靶細(xì)胞類型的至少一種特征的細(xì)胞所需的轉(zhuǎn)錄因子的方法，該方法包括以下步驟：

-確定該源細(xì)胞和這些靶細(xì)胞類型中基因的差異表達(dá)；

-基于至少一個(gè)網(wǎng)絡(luò)上的差異基因表達(dá)，確定該源細(xì)胞和這些靶細(xì)胞類型的每一者中每種轉(zhuǎn)錄因子(TF)的網(wǎng)絡(luò)得分，其中該網(wǎng)絡(luò)含有影響基因表達(dá)的相互作用的信息；

-基于網(wǎng)絡(luò)得分和差異基因表達(dá)信息的組合對(duì)這些TF進(jìn)行排序，從而鑒定用于將源細(xì)胞轉(zhuǎn)換為展現(xiàn)出靶細(xì)胞類型的至少一種特征的細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄因子集。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中確定該源細(xì)胞和這些靶細(xì)胞類型中每個(gè)差異表達(dá)基因的基因得分。

3.根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的方法，其中該基因得分是該差異表達(dá)的對(duì)數(shù)倍數(shù)變化和經(jīng)調(diào)整P值的組合。

4.根據(jù)權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法，其中使用基于樹的方法優(yōu)選地針對(duì)背景來(lái)計(jì)算該基因得分。

5.根據(jù)權(quán)利要求1至4中任一項(xiàng)所述的方法，其中該網(wǎng)絡(luò)含有蛋白質(zhì)-DNA相互作用、蛋白質(zhì)-DNA和/或蛋白質(zhì)-RNA相互作用的信息。

6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的方法，其中該網(wǎng)絡(luò)含有轉(zhuǎn)錄因子與基因調(diào)節(jié)區(qū)之間相互作用的信息。

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中該調(diào)節(jié)區(qū)是基因的啟動(dòng)子區(qū)。

8.根據(jù)權(quán)利要求1至7中任一項(xiàng)所述的方法，其中該方法進(jìn)一步包括在確定基因得分之前收集每個(gè)基因的表達(dá)數(shù)據(jù)的步驟。

9.根據(jù)權(quán)利要求1至8中任一項(xiàng)所述的方法，其中該方法進(jìn)一步包括從每個(gè)細(xì)胞類型的排序列表中去除轉(zhuǎn)錄冗余TF的步驟。

10.一種用于確定將源細(xì)胞轉(zhuǎn)換為展現(xiàn)出靶細(xì)胞類型的至少一種特征的細(xì)胞所需的轉(zhuǎn)錄因子的方法，該方法包括以下步驟：

-收集該源細(xì)胞類型和該靶細(xì)胞類型中每個(gè)基因的表達(dá)數(shù)據(jù)；

-針對(duì)基于樹的背景計(jì)算每個(gè)樣本中每個(gè)基因的差異表達(dá)，然后將對(duì)數(shù)倍數(shù)變化和經(jīng)調(diào)整P值相組合得到基因得分；

-通過(guò)在以每種TF為中心的至少一個(gè)子網(wǎng)上執(zhí)行基因得分的加權(quán)求和來(lái)計(jì)算每種TF的網(wǎng)絡(luò)得分；

-基于基因和網(wǎng)絡(luò)得分的組合對(duì)這些TF進(jìn)行排序；

-基于來(lái)自每種細(xì)胞類型的排序列表的比較，計(jì)算用于任何兩種細(xì)胞類型之間的轉(zhuǎn)換的轉(zhuǎn)錄因子集；并且任選地

-從這些列表中去除轉(zhuǎn)錄冗余TF,

從而確定將源細(xì)胞類型轉(zhuǎn)換為靶細(xì)胞類型所需的這些轉(zhuǎn)錄因子。

11.一種用于重編程源細(xì)胞的方法，該方法包括在該源細(xì)胞中增加一種或多種轉(zhuǎn)錄因子或其變體的蛋白質(zhì)表達(dá)，其中將該源細(xì)胞重編程以展現(xiàn)出靶細(xì)胞的至少一種特征，其中：

-該源細(xì)胞選自下組，該組由以下各項(xiàng)組成：真皮成纖維細(xì)胞、表皮角質(zhì)形成細(xì)胞、胚胎干細(xì)胞、單核細(xì)胞或心臟成纖維細(xì)胞；

-該靶細(xì)胞選自下組，該組由以下各項(xiàng)組成：軟骨細(xì)胞、毛囊、CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞、NK細(xì)胞、造血干細(xì)胞(HSC)、脂肪的間充質(zhì)干細(xì)胞(MSC)、骨髓的間充質(zhì)干細(xì)胞(MSC)、少突膠質(zhì)細(xì)胞、少突膠質(zhì)細(xì)胞前體、骨骼肌細(xì)胞、平滑肌細(xì)胞和胎兒心肌細(xì)胞；并且

-這些轉(zhuǎn)錄因子是表4中列出的那些中的一種或多種。