[發(fā)明專利]困難樣品類型的樣品制備有效
| 申請?zhí)枺?/td> | 201680077342.0 | 申請日： | 2016-11-01 |
| 公開（公告）號： | CN108473931B | 公開（公告）日： | 2022-07-19 |
| 發(fā)明（設(shè)計）人： | S.A.撒切爾;J.P.格林;E.W.黃;A.C.赫默特;J.L.蒙特戈梅里;R.J.克里斯普;K.A.拉斯班;E.M.奧特克勞瑟;C.L.拜爾德 | 申請（專利權(quán)）人： | 拜奧法爾診斷有限責(zé)任公司 |
| 主分類號： | C12M1/30 | 分類號： | C12M1/30;C12Q1/24 |
| 代理公司： | 中國專利代理(香港)有限公司 72001 | 代理人： | 李志強;萬雪松 |
| 地址： | 美國*** | 國省代碼： | 暫無信息 |
| 權(quán)利要求書： | 查看更多 | 說明書： | 查看更多 |
| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 困難 樣品 類型 制備 | ||
提供用于收集和處理困難樣品類型的裝置和方法。在本公開的一個方面，提供樣品收集方法，所述方法包括使用拭子收集包含生物物質(zhì)或環(huán)境物質(zhì)的樣品、將具有收集的樣品的所述拭子置于樣品緩沖液中和過濾所述樣品。在各個說明性實施方案中，樣品緩沖液可包含蛋白酶或洗滌劑，并且所述樣品可使用植絨拭子收集并轉(zhuǎn)移至所述樣品緩沖液。
優(yōu)先權(quán)聲明
本申請根據(jù)35 U.S.C.§ 119(e)要求2015年11月2日遞交的美國臨時申請序列號62/249592的權(quán)益，其整個內(nèi)容通過參照結(jié)合于此。
背景
1. 技術(shù)領(lǐng)域
本公開的實施方案主要涉及用于從樣品提取核酸的方法和裝置。
2. 背景
在美國、加拿大和西歐，感染性疾病約占人類死亡率的7%，而在發(fā)展中地區(qū)，感染性疾病占人類死亡率的40%以上。感染性疾病導(dǎo)致多種臨床表現(xiàn)。其中常見的明顯表現(xiàn)為發(fā)熱、肺炎、腦膜炎、腹瀉和含血的腹瀉。盡管身體表現(xiàn)提示某些病原體作為致病因子并消除其他病原體，但是仍然存在多種潛在的致病因子，并且明確的診斷通常需要實施多種測定。用于診斷病原體的傳統(tǒng)微生物學(xué)技術(shù)可能需要數(shù)天或數(shù)周，通常延遲正確的治療過程。
最近幾年，聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)已成為用于快速診斷感染因子的一個選項。PCR可為診斷感染性疾病的一種快速、靈敏和特異性的工具。使用PCR作為主要診斷手段的挑戰(zhàn)為多種可能的致病生物體或病毒以及某些病理樣本中存在的低水平的生物體或病毒。運行多組PCR測定通常不切實際，一種PCR測定用于每種可能的致病生物體或病毒，其大多數(shù)預(yù)計為陰性。當(dāng)病原體核酸濃度低并需要大體積樣品來收集足夠的反應(yīng)模板時，問題會加劇。在某些情況下，沒有足夠的樣品來測定所有可能的致病因子。一種解決方案為運行“多重PCR”，其中在單個反應(yīng)中同時測定樣品的多種靶標(biāo)。盡管多重PCR在一些系統(tǒng)中已被證明是有價值的，但是存在關(guān)于高水平多重反應(yīng)的穩(wěn)健性的缺陷以及清楚分析多種產(chǎn)物的困難。為了解決這些問題，隨后可將測定分成多個二次PCR。在一次產(chǎn)物內(nèi)嵌套二次反應(yīng)增加穩(wěn)健性。封閉系統(tǒng)比如FilmArray? (BioFire Diagnostics, LLC, Salt Lake City, UT)減少處理，從而減少污染風(fēng)險。
樣品制備通常為用于從較堅韌材料比如孢子和石蠟保存的樣品釋放核酸的苛刻提取和裂解條件與(特別是在較易于裂解并具有較長染色體的污染物中)可使核酸降解最小化的較溫和裂解條件之間的平衡。期望能夠從較堅韌材料提取核酸而不降解可能存在于樣品中的其他核酸。
另外，某些樣品類型可能難以處理。可能難以將固體、半固體或粘性樣品引入到生物處理系統(tǒng)中。樣品類型比如痰難以吸移(pipette)和測量，并且在樣品處理之前通常需要預(yù)處理一段時間，說明性地用熱或二硫蘇糖醇進行預(yù)處理，以降低粘度和助于分解樣品基質(zhì)。除了痰之外，其他困難生物樣品包括但不限于粘液、BAL和其他呼吸樣品類型、糞便、組織、組織勻漿物、磨碎的組織、石蠟處理的福爾馬林包埋組織、骨、骨勻漿物、焦痂、膿、滑液、淋巴結(jié)抽吸物和胃洗液。環(huán)境樣品(說明性地為土壤、表面、粉末或食物)通常為固體或半固體，并且也可能存在挑戰(zhàn)。此外，樣品預(yù)處理期間的廣泛處理可能導(dǎo)致交叉污染，可能耗時，并且通常稀釋樣品，通常導(dǎo)致靈敏度下降。
本發(fā)明解決與進一步測試之前制備樣品相關(guān)的各種問題，所述測試例如用于從樣品純化核酸，用于生物分析。
發(fā)明概述
在本公開的一個方面提供一種樣品收集方法，方法包括使用拭子收集包含生物物質(zhì)或環(huán)境物質(zhì)的樣品，將具有收集的樣品的拭子置于樣品緩沖液中和過濾樣品。在各個說明性實施方案中，樣品緩沖液可包含蛋白酶或洗滌劑，并且所述樣品可使用植絨拭子收集并轉(zhuǎn)移至樣品緩沖液。
另一方面提供一種樣品收集方法，方法包括收集包含生物物質(zhì)或環(huán)境物質(zhì)的樣品，并將樣品置于樣品緩沖液中，其中樣品緩沖液包含按樣品緩沖液的體積計至少10%的量的洗滌劑。說明性的實施方案可包括抽吸樣品通過過濾器。
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