[發明專利]用于基因組組裝、單元型定相以及獨立于靶標的核酸檢測的方法

有效

• 申請號: 201680074565.1
• 申請日: 2016-10-18
• 公開（公告）號: CN108368542B
• 公開（公告）日: 2022-04-08
• 發明（設計）人: 理查德·E·格林;保羅·哈特利;克里斯多佛·特羅爾;閔艾艾
• 申請（專利權）人: 多弗泰爾基因組學有限責任公司
• 主分類號: C12Q1/6806
• 分類號: C12Q1/6806;C12Q1/6809;C12Q1/6869
• 代理公司: 北京安信方達知識產權代理有限公司 11262
• 代理人: 劉曉杰

1.一種測定包含至少兩種物種的異質樣品中的核酸分子多樣性的方法，該方法包括：

a)獲得包含多個核酸分子的核酸樣品，所述多個核酸分子經穩定劑處理，其中：(i)所述多個核酸分子中的至少第一核酸分子包含獨立于第一共同磷酸二酯骨架而被保持在一起的第一核酸區段和第二核酸區段，其中在所述第一核酸區段與所述第二核酸區段之間裂解所述第一共同磷酸二酯骨架，以及(ii)所述多個核酸分子中的至少第二核酸分子包含獨立于第二共同磷酸二酯骨架而被保持在一起的第三核酸區段和第四核酸區段，其中在所述第三核酸區段與所述第四核酸區段之間裂解所述第二共同磷酸二酯骨架；

b)用第一標記標記所述第一核酸區段并用第二標記標記所述第二核酸區段，使得所述第一核酸區段和所述第二核酸區段可被識別為由所述多個核酸分子中的所述第一核酸分子產生，并且用第三標記標記所述第三核酸區段并用第四標記標記所述第四核酸區段，使得所述第三核酸區段和所述第四核酸區段可被識別為由所述多個核酸分子中的所述第二核酸分子產生；

c)通過獲得多個序列讀取來對所述第一核酸區段的至少一個可識別部分及所述第一標記、所述第二核酸區段的可識別部分及所述第二標記、所述第三核酸區段的可識別部分及所述第三標記以及所述第四核酸區段的可識別部分及所述第四標記進行測序；

d)至少構建包含來自所述第一核酸區段和所述第二核酸區段的第一序列支架以及來自所述第三核酸區段和所述第四核酸區段的第二序列；使得所述多個核酸分子的多個區段的序列被分配給所述第一序列支架或所述第二序列支架中的至少一個；以及

e)計算所構架的多個序列支架的數目，其中當確定標記的核酸區段來自相同的核酸分子時，將標記的核酸分子的序列分配給共同的支架；

其中計算的序列支架的數目與所述異質樣品的物種多樣性對應。

2.根據權利要求1所述的方法，其中標記所述第一核酸區段和所述第二核酸區段包括將第一寡核苷酸添加至所述第一核酸區段以及將第二寡核苷酸添加至所述第二核酸區段，其中所述第一寡核苷酸和所述第二寡核苷酸包含共同的序列。

3.根據權利要求2所述的方法，其中將具有所述共同的寡核苷酸序列的核酸區段的序列分配給共同的支架。

4.根據權利要求3所述的方法，其包括將所述第一核酸區段的所述可識別部分映射至疊連群數據集，并且將所述疊連群數據集的任何匹配的疊連群納入所述共同的支架。

5.根據權利要求4所述的方法，其中同時生成所述疊連群數據集。

6.根據權利要求4所述的方法，其中從數據庫獲得所述疊連群數據集。

7.根據權利要求1所述的方法，其中標記所述第一核酸區段和所述第二核酸區段包括連接所述第一核酸區段與所述第二核酸區段，并且其中將所述第一核酸區段和所述第二核酸區段分配給共同的支架。

8.根據權利要求7所述的方法，其包括將所述第一核酸區段的所述可識別部分映射至疊連群數據集，并且將所述疊連群數據集的任何匹配的疊連群納入所述共同的支架。

9.根據權利要求8所述的方法，其中同時生成所述疊連群數據集。

10.根據權利要求8所述的方法，其中從數據庫獲得所述疊連群數據集。

11.根據權利要求1所述的方法，其中所述異質樣品包含多個等位基因變體。

12.根據權利要求11所述的方法，其中等位基因變體的數目大于支架的數目。

13.根據權利要求11所述的方法，其中等位基因變體的數目等于生成的支架的數目。

14.根據權利要求1-13中任一項所述的方法，其中在所述獲得所述核酸樣品之后，裂解所述磷酸二酯骨架。