[發明專利]液滴測序中的稀疏標識空間

有效

• 申請號: 201680068034.1
• 申請日: 2016-11-16
• 公開（公告）號: CN108291223B
• 公開（公告）日: 2022-06-07
• 發明（設計）人: J·希利
• 申請（專利權）人: 生物輻射實驗室股份有限公司
• 主分類號: C12N15/10
• 分類號: C12N15/10;C12Q1/6869;C40B40/06;G16B30/10
• 代理公司: 上海專利商標事務所有限公司 31100
• 代理人: 陶啟長;陳揚揚

1.一種確定靶核酸的序列的方法，所述方法包括通過計算機系統進行：

對于多個對照分區的各對照分區，各對照分區包括多個對照液滴，所述多個對照液滴的各對照液滴包括多個對照寡核苷酸的相應對照寡核苷酸的拷貝，所述多個對照寡核苷酸中的各對照寡核苷酸具有已知序列和相應的標識（ID）：

對于所述對照分區的多個對照液滴的各對照液滴：

接收對照雜交信號，該信號指示來自多個測序探針的測序探針與所述對照液滴中的相應對照寡核苷酸的拷貝之間的雜交；

確定所述對照液滴中的對照寡核苷酸的ID；

將所述對照雜交信號映射至染料空間中的多維對照數據點；和

存儲與所述對照寡核苷酸的ID相關的多維對照數據點；

對于所述多個測序探針的各測序探針：

基于所述多個對照寡核苷酸的已知序列接收測序探針位向量，其中測序探針位向量中的每個位表示多個對照寡核苷酸的相應對照寡核苷酸中是否存在該測序探針；

就包括所述靶核酸的拷貝的第一靶分區的第一靶液滴，接收第一靶雜交信號；

將所述第一靶雜交信號映射至染料空間中的第一多維靶數據點；

選擇包括所述第一多維靶數據點的染料空間中的區域；

生成所述區域的區域向量，其中所述區域向量中的各值表示所述區域內具有所述相應對照寡核苷酸的ID的任何多維對照數據點的貢獻；和

基于所述區域向量與就第一測序探針的第一測序探針位向量之間的匹配條件，將第一測序探針鑒定為與所述靶核酸雜交。

2.如權利要求1所述的方法，所述方法還包括：

就包括所述靶核酸的拷貝的多個靶液滴，接收多個靶雜交信號；

將所述多個靶雜交信號映射至染料空間中的多維靶數據點；

基于所述染料空間中所述多維靶數據點的區域，鑒定與所述靶核酸雜交的測序探針；和

基于與所述靶核酸雜交的測序探針，組裝所述靶核酸的序列。

3.如權利要求1所述的方法，其中各對照寡核苷酸中堿基對的數量小于所述多個測序探針中測序探針的數量的20%。

4.如權利要求1所述的方法，其中各測序探針可以與所述多個對照寡核苷酸的一個或多個對照寡核苷酸雜交。

5.如權利要求1所述的方法，其中各對照分區中的對照寡核苷酸包含來自多個對照標志物的對照標志物作為所述對照寡核苷酸的相應ID，所述多個對照標志物可由多個對照標志物探針檢測到。

6.如權利要求5所述的方法，其中所述對照標志物探針被配置成使得與所述多個對照標志物探針關聯的對照雜交信號和與所述多個測序探針關聯的對照雜交信號可以被映射至所述染料空間的不同區域中的數據點。

7. 如權利要求1所述的方法，其中確定所述對照液滴中的所述對照寡核苷酸的ID包括：

從相同的對照分區鑒定對照液滴；和

基于在來自所述對照分區的至少一些對照液滴中檢測到的對照標志物探針，確定來自所述相同對照分區的對照液滴的相應對照寡核苷酸的ID。

8.如權利要求7所述的方法，其中鑒定來自所述相同對照分區的對照液滴包括確定時間窗，在該時間窗中對應于與對照寡核苷酸相關的對照標志物探針的對照雜交信號比對應于其他對照標志物探針的對照雜交信號更頻繁地被檢測到。

9.權利要求1所述的方法，其中各測序探針包含熒光部分，并且各對照液滴的對照雜交信號對應于熒光信號。

10.如權利要求1所述的方法，其中，鑒定所述第一測序探針包括基于所述區域向量與所述第一測序探針的第一測序探針位向量之間的匹配條件以及所述區域向量與其他測序探針的測序探針位向量之間的匹配條件，來確定所述區域對應于所述第一測序探針的概率值。

11.如權利要求1所述的方法，其中所述染料空間中的區域經選擇，使得所述區域的所述區域向量與測序探針位向量具有最佳匹配。