[發(fā)明專(zhuān)利]用于預(yù)測(cè)實(shí)驗(yàn)油棕櫚植物的棕櫚油產(chǎn)量的方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201680063501.1
• 申請(qǐng)日: 2016-11-09
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN108368555B
• 公開(kāi)（公告）日: 2022-03-01
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: A·L·龍;Q·B·克翁;C·K·特;M·穆罕默德;F·T·周;D·R·阿普爾頓;H·庫(kù)拉維拉辛加姆
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 森達(dá)美種植知識(shí)產(chǎn)權(quán)私人有限公司
• 主分類(lèi)號(hào): C12Q1/6895
• 分類(lèi)號(hào): C12Q1/6895
• 代理公司: 北京德琦知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11018
• 代理人: 潘懷仁;王珍仙

1.一種用于預(yù)測(cè)實(shí)驗(yàn)油棕櫚植物的棕櫚油產(chǎn)量的方法，所述方法包括以下步驟：

(i)從油棕櫚植物群體的實(shí)驗(yàn)油棕櫚植物的樣品確定所述實(shí)驗(yàn)油棕櫚植物的SNP基因型，所述SNP基因型對(duì)應(yīng)于SNP標(biāo)記，所述SNP標(biāo)記(a)位于用于高產(chǎn)油量性狀的QTL中，并且(b)在分層和親緣關(guān)系校正之后，以所述群體中至少7.0的全基因組-log₁₀(p值)與所述高產(chǎn)油量性狀相關(guān)聯(lián)，或者相對(duì)于與所述SNP標(biāo)記連鎖的其他SNP標(biāo)記具有至少0.2的連鎖不平衡r²值，并且所述其他SNP標(biāo)記在分層和親緣關(guān)系校正之后，以所述群體中至少7.0的全基因組-log₁₀(p值)與所述高產(chǎn)油量性狀相關(guān)聯(lián)；

(ii)將所述實(shí)驗(yàn)油棕櫚植物的所述SNP基因型與在與所述群體相同遺傳背景下指示所述高產(chǎn)油量性狀的相應(yīng)的參考SNP基因型進(jìn)行比較；以及

(iii)基于所述實(shí)驗(yàn)油棕櫚植物的所述SNP基因型與所述相應(yīng)的參考SNP基因型的匹配程度來(lái)預(yù)測(cè)所述實(shí)驗(yàn)油棕櫚植物的棕櫚油產(chǎn)量，

其中所述QTL是對(duì)應(yīng)于以下中的油棕櫚基因組的區(qū)域：

(1)QTL區(qū)域1，從染色體2的核苷酸1516571延伸至4215826；

(2)QTL區(qū)域2，從染色體2的核苷酸4858549延伸至5594262；

(3)QTL區(qū)域3，從染色體2的核苷酸33949264延伸至34110104；

(4)QTL區(qū)域4，從染色體3的核苷酸43405853延伸至43834266；

(5)QTL區(qū)域5，從染色體3的核苷酸44126148延伸至44193097；

(6)QTL區(qū)域6，從染色體4的核苷酸30702027延伸至31148630；

(7)QTL區(qū)域7，從染色體4的核苷酸33166529延伸至33451554；

(8)QTL區(qū)域8，從染色體7的核苷酸35906266延伸至36257708；

(9)QTL區(qū)域9，從染色體10的核苷酸29233675延伸至29612202；

(10)QTL區(qū)域10，從染色體11的核苷酸13470988延伸至13734716；

(11)QTL區(qū)域11，從染色體13的核苷酸24620951延伸至24989005；

(12)QTL區(qū)域12，從染色體15的核苷酸6941783延伸至7160542；

其中所述高產(chǎn)油量性狀為在tenera油棕櫚植物中減小的殼與果實(shí)比、增加的中果皮與果實(shí)比或其組合，并且

其中QTL區(qū)域1至12中SNP標(biāo)記的位置信息如下：

2.如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述實(shí)驗(yàn)油棕櫚植物是tenera候選農(nóng)業(yè)生產(chǎn)植物。

3.如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述SNP標(biāo)記為用于所述高產(chǎn)油量性狀的tenera油棕櫚植物中減小的殼與果實(shí)比的SNP標(biāo)記，并且主要等位基因、次要等位基因、次要等位基因頻率、最小殼與果實(shí)比的基因型、最大殼與果實(shí)比的基因型和關(guān)于基因型模型、顯性模型和隱性模型的減小的殼與果實(shí)比的全基因組-log₁₀(p值)如下：

4.如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述SNP標(biāo)記為用于所述高產(chǎn)油量性狀的tenera油棕櫚植物中增加的中果皮與果實(shí)比的SNP標(biāo)記，并且主要等位基因、次要等位基因、次要等位基因頻率、最小中果皮與果實(shí)比的基因型、最大中果皮與果實(shí)比的基因型和關(guān)于基因型模型、顯性模型和隱性模型的增加的中果皮與果實(shí)比的全基因組-log10(p值)如下：

5.如權(quán)利要求1所述的方法，其中用于基因型模型的QTL區(qū)域1至12中的SNP標(biāo)記，稱(chēng)為最大的包括高產(chǎn)油量性狀相關(guān)聯(lián)的SNP等位基因的油棕櫚植物相比于稱(chēng)為最小的缺乏SNP等位基因的油棕櫚植物的平均殼與果實(shí)比和平均中果皮與果實(shí)比的差如下：

6.一種選擇高產(chǎn)棕櫚油的油棕櫚植物用于農(nóng)業(yè)生產(chǎn)棕櫚油的方法，所述方法包括以下步驟：

(a)預(yù)測(cè)實(shí)驗(yàn)油棕櫚植物的棕櫚油產(chǎn)量，包括(i)從油棕櫚植物群體的實(shí)驗(yàn)油棕櫚植物的樣品確定所述實(shí)驗(yàn)油棕櫚植物的SNP基因型，所述SNP基因型對(duì)應(yīng)于SNP標(biāo)記，所述SNP標(biāo)記(a)位于用于高產(chǎn)油量性狀的QTL中，并且(b)在分層和親緣關(guān)系校正之后，以所述群體中至少7.0的全基因組-log₁₀(p值)與所述高產(chǎn)油量性狀相關(guān)聯(lián)，或者相對(duì)于與所述SNP基因型連鎖的其他SNP標(biāo)記具有至少0.2的連鎖不平衡r²值，并且所述其他SNP標(biāo)記在分層和親緣關(guān)系校正之后，以所述群體中至少7.0的全基因組-log₁₀(p值)與所述高產(chǎn)油量性狀相關(guān)聯(lián)；

(ii)將所述實(shí)驗(yàn)油棕櫚植物的所述SNP基因型與在與所述群體相同遺傳背景下指示所述高產(chǎn)油量性狀的相應(yīng)的參考SNP基因型進(jìn)行比較；和

(iii)基于所述實(shí)驗(yàn)油棕櫚植物的所述SNP基因型與所述相應(yīng)的參考SNP基因型的匹配程度來(lái)預(yù)測(cè)所述實(shí)驗(yàn)油棕櫚植物的棕櫚油產(chǎn)量，

其中所述QTL是對(duì)應(yīng)于以下中的油棕櫚基因組的區(qū)域：

(1)QTL區(qū)域1，從染色體2的核苷酸1516571延伸至4215826；

(2)QTL區(qū)域2，從染色體2的核苷酸4858549延伸至5594262；

(3)QTL區(qū)域3，從染色體2的核苷酸33949264延伸至34110104；

(4)QTL區(qū)域4，從染色體3的核苷酸43405853延伸至43834266；

(5)QTL區(qū)域5，從染色體3的核苷酸44126148延伸至44193097；

(6)QTL區(qū)域6，從染色體4的核苷酸30702027延伸至31148630；

(7)QTL區(qū)域7，從染色體4的核苷酸33166529延伸至33451554；

(8)QTL區(qū)域8，從染色體7的核苷酸35906266延伸至36257708；

(9)QTL區(qū)域9，從染色體10的核苷酸29233675延伸至29612202；

(10)QTL區(qū)域10，從染色體11的核苷酸13470988延伸至13734716；

(11)QTL區(qū)域11，從染色體13的核苷酸24620951延伸至24989005；

(12)QTL區(qū)域12，從染色體15的核苷酸6941783延伸至7160542；

(b)如果基于步驟(a)預(yù)測(cè)所述實(shí)驗(yàn)油棕櫚植物的所述棕櫚油產(chǎn)量高于所述群體的平均值，則田間種植所述實(shí)驗(yàn)油棕櫚植物用于農(nóng)業(yè)生產(chǎn)棕櫚油；

其中所述高產(chǎn)油量性狀為在tenera油棕櫚植物中減小的殼與果實(shí)比、增加的中果皮與果實(shí)比或其組合，并且

其中QTL區(qū)域1至12中SNP標(biāo)記的位置信息如下：