[發明專利]分型和組裝不連續基因組元件

在審

• 申請號: 201680056790.2
• 申請日: 2016-09-27
• 公開（公告）號: CN108138231A
• 公開（公告）日: 2018-06-08
• 發明（設計）人: B.任;J.狄克遜;S.塞爾瓦拉
• 申請（專利權）人: 路德維格癌癥研究有限公司
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869;G06F19/26
• 代理公司: 北京市柳沈律師事務所 11105
• 代理人: 易方方;張文輝

1.一種用于分型和組裝不連續基因組元件的方法，所述方法包括：

獲得一條或多條染色體的多個基因組DNA片段或基因組序列數據；

獲得來自所述基因組DNA片段或所述基因組序列數據的所述基因組元件的多個元件序列讀出，以及

將所述多個元件序列讀出組裝以基因分型并構建所述一條或多條染色體的遠程或染色體跨距單倍型。

2.根據權利要求1所述的方法，其中使用基于鄰近連接(proximity-ligation)的技術獲得所述多個基因組DNA片段。

3.根據權利要求1或2所述的方法，其中所述不連續基因組元件選自下組：基因、外顯子、內含子、非翻譯區、蛋白質結構域編碼序列、基因融合、轉錄因子結合位點、啟動子、增強子、沉默子、保守元件、miRNA編碼序列、miRNA結合位點、剪接位點、剪接增強子、剪接沉默子、結構變體、常見SNP、UTR調控基序、翻譯后修飾位點和共同元件。

4.根據權利要求2或3所述的方法，其中通過包括下述步驟的方法獲得所述多個基因組DNA片段：

提供含有一組具有基因組DNA的染色體的細胞；

將所述細胞或其細胞核與固定劑孵育一段時間，以便在原位將所述基因組DNA交聯以形成交聯的基因組DNA；

將所述交聯的基因組DNA片段化；

將所述交聯的且片段化的基因組DNA連接以形成鄰近連接復合體；

將所述鄰近連接復合體剪切以形成鄰近連接DNA片段；以及

獲得多個所述鄰近連接DNA片段以形成文庫，從而獲得所述多個基因組DNA片段。

5.根據權利要求4所述的方法，其中通過使用一種或多種酶進行限制性酶消化進行所述片段化步驟。

6.根據權利要求5所述的方法，其中使用兩種或多種不同的酶進行所述消化。

7.根據權利要求5或6所述的方法，其中所述酶的至少一種是4-切割劑(4-cutter)或6-切割劑(6-cutter)。

8.根據權利要求1-7中任意一項所述的方法，其中通過包括下述步驟的方法從所述基因組DNA片段獲得所述多個元件序列讀出：

將所述多個基因組DNA片段與一組探針雜交以形成雜交混合物；

將雜交的探針分開以分離所述基因組DNA片段的亞組，以及

將所述分離的基因組DNA片段測序以產生多個序列讀出，從而獲得所述多個元件序列讀出，

其中所述探針包含與在所述一個或多個染色體中的所述不連續基因組元件的序列互補的序列。

9.根據權利要求8所述的方法，還包括在所述測序步驟之前將所述分離的基因組DNA片段擴增。

10.根據權利要求8-9中任意一項所述的方法，其中所述探針組在每個探針上包含親和標簽。

11.根據權利要求10所述的方法，其中所述親和標簽是生物素分子或半抗原。

12.根據權利要求11所述的方法，其中所述分離步驟包括將所述雜交混合物與同所述親和標簽結合的試劑接觸。

13.根據權利要求12所述的方法，其中所述試劑是抗生物素蛋白分子，或者是與所述半抗原或其抗原結合片段結合的抗體。

14.根據權利要求8-13中任意一項所述的方法，其中所述探針附接在支持物上。

15.根據權利要求14所述的方法，其中所述支持物是微陣列。

16.根據權利要求14或15所述的方法，其中所述支持物包括平面支持物，所述平面支持物包含一種或多種選自下述的基材：玻璃、二氧化硅、金屬、特氟龍和聚合物材料。