[發(fā)明專利]用于包括確定樣品的異常狀況，特別是健康狀況和/或致病狀況的基于核酸的診斷方法的方法和裝置

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 201680052836.3
• 申請日: 2016-09-08
• 公開（公告）號: CN108431237A
• 公開（公告）日: 2018-08-21
• 發(fā)明（設計）人: K·佐恩;S·格魯馬茲;P·史蒂文斯;A·馮·黑澤勒
• 申請（專利權）人: 弗勞恩霍夫應用研究促進協會;斯圖加特大學;維也納醫(yī)科大學;維也納大學
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869
• 代理公司: 北京市磐華律師事務所 11336
• 代理人: 董巍;謝栒

1.一種用于確定樣品的異常狀況的方法，包括以下步驟：

a)提供樣品，所述樣品包括來自樣品源的至少一個特定核酸，

b)提供數據庫，所述數據庫包括與所述特定核酸有關的至少一個數據集，該數據集指示在對照組中所述特定核酸的至少一個特定豐度出現的概率，

c)對所述樣品中的所述至少一個核酸進行測序以確定所述樣品中所述至少一個特定核酸的標識和豐度，

d)將步驟c)中確定的所述至少一個特定核酸的標識分配到步驟b)中提供的數據庫的數據集，該數據集涉及步驟c)中確定的相同的特定核酸，

e)基于根據步驟c)確定的樣品的至少一個特定核酸的豐度和步驟b)中提供的相同的特定核酸的至少一個特定豐度出現的概率，計算指示所述樣品的異常狀況的顯著性分數。

2.根據權利要求1所述的方法，其中所述異常狀況是致病狀況和/或健康狀況，優(yōu)選致病狀況。

3.一種用于確定樣品致病狀況的方法，包括以下步驟：

a)提供樣品，所述樣品包括來自樣品源的至少一個特定核酸，

b)提供數據庫，所述數據庫包括與所述特定核酸有關的至少一個數據集，該數據集指示在對照組中所述特定核酸的至少一個特定豐度出現的概率，

c)對所述樣品中的所述至少一個核酸進行測序以確定所述樣品中所述至少一個特定核酸的標識和豐度，

d)將步驟c)中確定的所述至少一個特定核酸的標識分配到步驟b)中提供的數據庫的數據集，該數據集涉及步驟c)中確定的相同的特定核酸，

e)基于根據步驟c)確定的樣品的至少一個特定核酸的豐度和步驟b)中提供的對照組中相同的特定核酸的至少一個特定豐度出現的概率，計算指示所述樣品的致病狀況的顯著性分數。

4.根據前述權利要求中任一項所述的方法，其中與所述特定核酸有關的至少一個數據集是指該特定核酸或與該特定核酸相似的核酸或源于相同來源的核酸。

5.根據前述權利要求中任一項所述的方法，其中所述樣品源是生物體，優(yōu)選人類生物體。

6.根據前述權利要求中任一項所述的方法，其中所述樣品從樣品源獲得，所述樣品源選自由全血、血清、血漿、溶液、尿、組織、唾液、糞便或灌洗液所組成的組，優(yōu)選血漿的無細胞部分。

7.根據前述權利要求中任一項所述的方法，其中所述樣品是血漿。

8.根據前述權利要求中任一項所述的方法，其中所述測序通過分子高通量序列分析來進行。

9.根據前述權利要求中任一項所述的方法，其中所述致病狀況的特征在于至少一個病毒、細菌、真菌或寄生生物體的核酸的出現或致病的量。

10.根據前述權利要求中任一項所述的方法，其中所述健康狀況的特征在于至少一個癌細胞的核酸的出現或高于閾值的量。

11.根據前述權利要求中任一項所述的方法，其中，所述致病狀況的特征在于植入物的排斥細胞的出現或高于閾值的量。

12.根據前述權利要求中任一項所述的方法，其中所述致病狀況的特征在于指示抗生素抗性的核酸的出現或致病的量。

13.根據前述權利要求中任一項所述的方法，其中核酸在步驟c)之前不富集。

14.根據前述權利要求中任一項所述的方法，其中在步驟c)之后且在步驟d)之前進行核酸序列的分類。

15.根據前述權利要求中任一項所述的方法，其中所述對照組的特征在于無異常狀況、健康狀況或無致病狀況。

16.根據前述權利要求中任一項所述的方法，其中所述對照組的特征在于指示特定狀況。