[發(fā)明專利]游離DNA的片段化模式的分析

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201680051235.0
• 申請(qǐng)日: 2016-07-25
• 公開（公告）號(hào): CN108026572B
• 公開（公告）日: 2022-07-01
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 盧煜明;趙慧君;陳君賜;江培勇
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 香港中文大學(xué)
• 主分類號(hào): C12Q1/6827
• 分類號(hào): C12Q1/6827;C12Q1/6869;C12Q1/6883;C12Q1/6886
• 代理公司: 北京英賽嘉華知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限責(zé)任公司 11204
• 代理人: 王達(dá)佐;洪欣

1.分析生物樣品以確定來自包括第一組織類型的多個(gè)組織類型的游離DNA分子的混合物中的所述第一組織類型的比例貢獻(xiàn)的分類的非診斷目的的方法，所述生物樣品包括所述混合物，所述方法包括：

識(shí)別所述第一組織類型的游離DNA分子的末端以高于閾值的比率出現(xiàn)的基因組位置的第一集合；

通過計(jì)算機(jī)系統(tǒng)分析來自個(gè)體的所述生物樣品的第一多個(gè)游離DNA分子，其中分析游離DNA分子包括：

確定對(duì)應(yīng)于所述游離DNA分子的至少一個(gè)末端的參考基因組中的基因組位置；

基于所述第一多個(gè)游離DNA分子的所述分析，確定第一數(shù)目的所述第一多個(gè)游離DNA分子結(jié)束于多個(gè)窗口中的一個(gè)內(nèi)，每一窗口包括所述基因組位置的第一集合中的至少一個(gè)；

通過使用游離DNA分子的第二數(shù)目對(duì)所述第一多個(gè)游離DNA分子的所述第一數(shù)目進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化來計(jì)算結(jié)束于所述多個(gè)窗口中的一個(gè)內(nèi)的所述第一多個(gè)游離DNA分子的相對(duì)豐度，其中所述第二數(shù)目的游離DNA分子包括結(jié)束于基因組位置的第二集合處的游離DNA分子，所述基因組位置的第二集合在包括所述基因組位置的第一集合的所述多個(gè)窗口之外；和

通過比較所述相對(duì)豐度與一個(gè)或多個(gè)校準(zhǔn)值確定所述第一組織類型的所述比例貢獻(xiàn)的分類，所述校準(zhǔn)值由一個(gè)或多個(gè)已知所述第一組織類型的比例貢獻(xiàn)的校準(zhǔn)樣品確定。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中識(shí)別所述基因組位置的第一集合包括：

通過計(jì)算機(jī)系統(tǒng)分析來自至少一個(gè)第一額外樣品的第二多個(gè)游離DNA分子以識(shí)別所述第二多個(gè)游離DNA分子的結(jié)束位置，其中已知所述至少一個(gè)第一額外樣品包括所述第一組織類型且與所述生物樣品屬于相同樣品類型；

對(duì)于多個(gè)基因組窗口中的每個(gè)基因組窗口：

計(jì)算結(jié)束于所述基因組窗口上的所述第二多個(gè)游離DNA分子的對(duì)應(yīng)數(shù)目；且

比較所述對(duì)應(yīng)數(shù)目與參考值以確定結(jié)束于所述基因組窗口內(nèi)的一個(gè)或多個(gè)基因組位置上的游離DNA分子的比率是否高于所述閾值。

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其中所述多個(gè)基因組窗口中的第一基因組窗口具有大于一個(gè)基因組位置的寬度，且其中當(dāng)所述對(duì)應(yīng)數(shù)目超過所述參考值時(shí)，將所述第一基因組窗口內(nèi)的所述基因組位置中的每一個(gè)識(shí)別為具有高于所述閾值的結(jié)束于所述基因組位置上的游離DNA分子的比率。

4.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其中所述基因組位置的第一集合具有所述對(duì)應(yīng)數(shù)目的最高N值，其中N為至少10,000。

5.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其還包括：

確定所述第二多個(gè)游離DNA分子中的每一個(gè)的尺寸，其中識(shí)別所述基因組位置的第一集合還包括：

確定所述第二多個(gè)游離DNA分子中結(jié)束于第一基因組窗口內(nèi)的游離DNA分子的尺寸分布的第一統(tǒng)計(jì)值，所述第一基因組窗口經(jīng)確定具有高于所述閾值的比率；

比較所述第一統(tǒng)計(jì)值與尺寸閾值；且

當(dāng)所述第一統(tǒng)計(jì)值不超過所述尺寸閾值時(shí)，從所述基因組位置的第一集合排除所述第一基因組窗口。

6.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其中所述一個(gè)或多個(gè)校準(zhǔn)樣品包括所述至少一個(gè)第一額外樣品。

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其還包括：

對(duì)于一個(gè)或多個(gè)校準(zhǔn)樣品中的每一個(gè)：

測(cè)量所述第一組織類型的對(duì)應(yīng)比例貢獻(xiàn)；且

使用結(jié)束于與所述基因組位置的第一集合相對(duì)應(yīng)的所述多個(gè)窗口內(nèi)的所述第二多個(gè)游離DNA分子的所述對(duì)應(yīng)數(shù)目確定對(duì)應(yīng)相對(duì)豐度，借此獲得一個(gè)或多個(gè)校準(zhǔn)數(shù)據(jù)點(diǎn)，其中每個(gè)校準(zhǔn)數(shù)據(jù)點(diǎn)指定所述第一組織類型對(duì)所述至少一個(gè)第一額外樣品的經(jīng)測(cè)量的比例貢獻(xiàn)和所述對(duì)應(yīng)相對(duì)豐度。

8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其中所述一個(gè)或多個(gè)校準(zhǔn)數(shù)據(jù)點(diǎn)是多個(gè)校準(zhǔn)數(shù)據(jù)點(diǎn)，所述多個(gè)校準(zhǔn)數(shù)據(jù)點(diǎn)形成接近所述多個(gè)校準(zhǔn)數(shù)據(jù)點(diǎn)的校準(zhǔn)函數(shù)。

9.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其中所述基因組位置的第一集合的每個(gè)基因組位置具有至少指定數(shù)目的結(jié)束于所述基因組位置上的所述第二多個(gè)游離DNA分子中的游離DNA分子。