[發(fā)明專利]確定基因組DNA中突變的方法、該方法的用途以及實(shí)施該方法的試劑盒

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201680041662.0
• 申請(qǐng)日: 2016-07-15
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN108138242B
• 公開(kāi)（公告）日: 2021-08-10
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 迪莫·迪特里希
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 迪莫·迪特里希
• 主分類號(hào): C12Q1/70
• 分類號(hào): C12Q1/70;C12Q1/6827;C12Q1/6886
• 代理公司: 北京路浩知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11002
• 代理人: 李娟娟;張晶

1.一種確定基因組DNA中至少一個(gè)突變的非疾病診斷方法，包括：

A）將所述基因組DNA中包含的至少一部分胞嘧啶轉(zhuǎn)換為尿嘧啶或另一種具有與所述胞嘧啶可區(qū)分的堿基配對(duì)行為和/或分子量的堿基，

B）用從步驟A）獲得的基因組DNA進(jìn)行突變分析，以確定所述至少一個(gè)突變，

C）用從步驟A）獲得的所述基因組DNA進(jìn)行甲基化分析以確定所述基因組DNA中包含的至少一個(gè)CpG二核苷酸的甲基化狀態(tài)，

D）將所述突變的存在與否與所述CpG二核苷酸的甲基化狀態(tài)相關(guān)聯(lián)，

其中所述突變分析包括基因的至少一部分，所述基因選自下組：TP53、FGFR3、GNAS、EGFR、NRAS、BRCA1、BRCA2、AKT1、VGFR、IDH1、IDH2、CRLF2、TSC1、PDGFRA、NF1、GNAQ、GNA11、CTNNB1、ASXL1、BCOR、DNMT3A、ETV6、EZH2、SF3B1、SRSF2、STAG2、TET2、U2AF1、ZRSR2、HRAS、TERT、SMO、FLT3、JAK2、ESR1、BCR、SMAD4、DNMT3A、AR、ERBB2、MAP2K1、PIK3CA、PTEN、PALB2、DDR2及其任何組合，

和/或

其中所述甲基化分析包括基因的至少一部分，所述基因選自下組：SHOX2、SEPT9、BRCA1、LIMK1、APC、VIM、RASSF2、RASSF1、GSTP1、FOXL2、RARB、ONECUT2、OTX1、TWIST1、PITX2及其任何組合。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述至少一個(gè)突變包括體細(xì)胞突變。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述至少一個(gè)突變包括病毒DNA的插入。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述突變分析包括所述基因組DNA中包含的兩個(gè)或更多個(gè)基因的至少一部分。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述基因組DNA包括游離循環(huán)的DNA和/或來(lái)自體液的游離循環(huán)細(xì)胞的DNA。

6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的方法，其中從血液富集所述游離循環(huán)細(xì)胞，特別借助于抗體，其抗原位于所述游離循環(huán)細(xì)胞的表面上。

7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述甲基化分析包括確定所述基因組DNA中包含的基因內(nèi)的兩個(gè)或更多個(gè)CpG-二核苷酸和/或所述基因組DNA中包含的兩個(gè)或更多個(gè)基因中的至少一個(gè)CpG-二核苷酸的甲基化狀態(tài)。

8.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中步驟B）中所述的突變分析和/或步驟C）中所述的甲基化分析在允許定量確定所述至少一個(gè)CpG-二核苷酸的所述至少一個(gè)突變和/或甲基化狀態(tài)的條件下進(jìn)行。

9.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述基因組DNA包括惡性疾病DNA的至少一部分，其中所述惡性疾病的所述DNA至少部分具有所述至少一個(gè)如果存在的突變和/或所述至少一個(gè)CpG-二核苷酸。

10.根據(jù)權(quán)利要求9所述的方法，其中，所述惡性疾病的所述DNA的所述一部分根據(jù)步驟B）中所述的突變分析和/或步驟C）中所述的甲基化分析來(lái)確定。

11.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述突變分析還包括BRAF基因的至少一部分并且所述甲基化分析包括SHOX2基因的至少一部分。