[發明專利]用于確定生物分子的尺寸的方法

有效

• 申請號: 201680038600.4
• 申請日: 2016-06-30
• 公開（公告）號: CN107787452B
• 公開（公告）日: 2021-05-18
• 發明（設計）人: L.比約克斯滕;N.施塔夫斯特龍
• 申請（專利權）人: 思拓凡瑞典有限公司
• 主分類號: G01N27/447
• 分類號: G01N27/447
• 代理公司: 中國專利代理(香港)有限公司 72001
• 代理人: 吳俊;張金金

本發明涉及一種用于使用已知尺寸的標記分子由電場確定介質中分離的生物分子的尺寸的方法，其包括：(101)檢測多個帶，并且基于分離標準形成檢測的標記序列和檢測的未知序列，(102)確定每個檢測的帶的帶性質，(103)將檢測的標記序列的檢測的帶的帶性質與形成已知標記序列的多個標記分子的已知帶性質相比較，并且將得分指定給每個比較，所述得分基于帶之間的相對距離、相對強度、預期距離和預期強度中的至少一種，(104)選擇具有最高得分的比較，并且根據所述比較使檢測的標記序列的檢測的帶的全部或子集與已知標記序列的所述多個標記分子相關聯，以確定檢測的標記序列的全部或子集的尺寸，以及(105)將檢測的標記序列的帶與檢測的未知序列的帶相比較，以基于標記分子的已知尺寸來確定檢測的未知序列的每個識別的帶的生物分子的尺寸。本發明還涉及構造成執行該方法的軟件和用于儲存所述軟件的計算機可讀介質。

技術領域

本發明涉及一種用于使用已知尺寸的標記分子由電場確定介質中分離的生物分子的尺寸的方法。

背景技術

在許多技術領域中，重要的是正確地識別包含在樣本中的生物分子。這可通過針對各種分離介質中的不同類別的生物分子的許多不同的分離和檢測方法來執行。

一種已知的方式是通過電泳(用于分析樣本中的蛋白質含量的常用技術)。

電泳是基于電場中的帶電分子的移動性的分離技術。其主要用于大分子如蛋白質或核酸的分析和提純。電泳通常通過將包含感興趣的分子的樣本加載到電壓接著施加于其的多孔基質中的井中來執行。樣本中的不同尺寸、形狀和電荷的分子以不同速度移動穿過基質。在分離結束時，分子檢測為基質中的不同位置處的帶。基質可由許多不同材料(包括紙、醋酸纖維素，或由聚丙烯酰胺、瓊脂糖或淀粉制成的凝膠)構成。在聚丙烯酰胺和瓊脂糖凝膠中，基質還可在分離中用作尺寸選擇篩。

因此，不同蛋白質在電場施加時取決于尺寸和電荷在凝膠中以不同速度遷移。兩個或更多個樣本可在相同的凝膠中分離。通過在單獨泳道中分離或通過不同標記來將樣本與彼此區分開。能夠將尺寸指定給分離的蛋白質成分經常是基本的。這可通過將已知尺寸的專用尺寸標記蛋白質加載在凝膠中的相同或單獨的泳道中來完成。在電泳分離發生之后，這些尺寸標記蛋白質的位置產生了尺寸范圍，通過其，可使用通過指定尺寸校準曲線的校準程序來給未知尺寸的蛋白質指定尺寸。標記蛋白質沿分離方向的凝膠中的位置繪制為隨已知尺寸變化，并且擬合這些數據點引起的校準曲線接著用于校準未知尺寸的蛋白質的尺寸。關于電泳領域的大體背景的另外的信息可在同一申請人的WO2013180642、US2003221963或WO2015079048中找到。

電泳的一個常見問題在于，凝膠中的污染可對于基準分子中的一些被誤解，導致基準分子的錯誤識別，并且妨礙了這些生物分子與未知生物分子之間的準確尺寸比較。大體上，需要操作者評估結果并且除去錯誤數據來改進識別和尺寸評估。

相似的技術由US5273632、WO2005/015199和US4720786公開。

因此，需要的是用于正確地識別未知生物分子的改進方法。

發明內容

本發明的目的在于消除或至少最小化以上所述的問題。這通過根據所附獨立權利要求的方法來實現，通過以下提供了用于識別未知生物分子的改進方法，

檢測多個帶，并且基于分離標準形成檢測的標記序列和檢測的未知序列，

確定每個檢測的帶的帶性質，

將檢測的標記序列的檢測的帶的帶性質與形成已知標記序列的多個標記分子的已知帶性質相比較，并且將得分指定給每個比較，所述得分基于帶之間的相對距離、相對強度、預期距離和預期強度中的至少一種，

選擇具有最高得分的比較，并且根據所述比較使檢測的標記序列的檢測的帶的全部或子集與已知標記序列的所述多個標記分子相關聯，以確定檢測的標記序列的全部或子集的尺寸，以及