[發明專利]顯示生物分離物的抗菌敏感性的方法

在審

• 申請號: 201680015165.3
• 申請日: 2016-03-10
• 公開（公告）號: CN107567624A
• 公開（公告）日: 2018-01-09
• 發明（設計）人: S·卡瑪拉卡蘭;P·馬伊高達;林志衡;S·肖他尼
• 申請（專利權）人: 皇家飛利浦有限公司
• 主分類號: G06F19/26
• 分類號: G06F19/26
• 代理公司: 永新專利商標代理有限公司72002
• 代理人: 王英,劉炳勝

技術領域

本文描述的各種實施例總體涉及抗菌譜的創建和顯示，更具體地涉及利用歸為亞型的生物體來創建和顯示抗菌譜。

背景技術

感染性疾病(ID)導致廣泛的發病率和死亡率。針對1998-2006年全國住院患者樣本的回顧估計了有4000萬的以ID為主要狀況的住院治療。最近的研究估計，高達51％的ICU患者患有感染性疾病，71％的重癥監護室(ICU)患者接受抗菌劑。具有感染的患者的死亡率是無感染患者的兩倍。

此外，估計在所有急性護理住院治療的5％中發生醫院感染(即，通過醫院中的患者獲得的感染)。這相當于每年超過200萬例，涉及超過45億美元的增加的支出。醫院感染可引起嚴重的肺炎和尿路、血液和身體其他部位的感染。

許多類型的醫院感染難以用抗菌劑攻擊。在過去70年來，抗菌劑被廣泛使用，以減少由于感染性疾病造成的死亡數。然而，這些藥物已被太廣泛和太長時間地使用，使得抗菌劑被設計為要殺死的感染性生物體已經替代地適應了所述抗菌劑，使得藥物效果較差。

美國疾病控制中心(CDC)報告，醫院中所開處方的抗菌劑中有30-50％是不必要的或不合適的。處方過量和錯誤處方抗菌劑帶來了由具有抗菌劑抗性的細菌造成的日益增長的挑戰。CDC還報告：改善醫院的處方實踐不僅有助于減少醫院獲得感染的比率和抗菌劑抗性，而且還可以改善個體患者療效，所有都同時降低醫療成本。

發明內容

提供本“發明內容”從而以簡化的形式介紹概念的選擇，其將在下文“具體實施方式”部分中進一步描述。本發明內容并不旨在識別或排除要求保護的主題的關鍵特征或基本特征，也不旨在用于幫助確定要求保護的主題的范圍。

考慮到抗菌抗性細菌的興起，需要允許對抗菌劑和抗菌劑抗性感染的改善的管理的方法和系統，特別是在臨床環境中。

醫院抗菌譜通常是提交給醫院的臨床微生物學實驗室的本地細菌分離物的抗菌敏感性的定期概述。臨床醫生通常使用抗菌譜來評估局部的易感率，作為幫助選擇經驗性抗菌治療，以及監視機構內隨時間推移的抗性趨勢。抗菌譜還可用于比較跨機構的抗性率并跟蹤抗性趨勢。保持跟蹤該信息對于監視抗菌劑抗性的出現的趨勢非常重要，并支持臨床決策指定、感染控制策略和抗性遏制策略。

各種實施例通常涉及使用基因組亞型信息來創建抗菌譜。更具體地，一些實施例使用分子流行病學和下一代測序技術(NGS)來監視多種抗藥性病原體，確定其抗菌劑抗性，提供對新生的微生物威脅的早期洞察，并推薦抗菌治療。

一般而言，針對對各種抗菌劑的敏感性(或相反的，抗性)培養和測試感興趣的病原體和其他微生物。對培養的病原體進行測序(例如，通過全基因組測序、靶向測序等)，并將它們的基因組數據(例如，Fasta序列文件)與基因組數據的公開可訪問或私有數據庫進行比較，以識別所測試的病原體的特定亞型。然后，利用新穎的用戶界面將根據亞型的敏感性/抗性數據呈現給用戶。

一些實施例涉及用于生成亞型特異的顯示的計算機實現的方法。該方法包括：提供計算機處理器，所述計算機處理器被配置為：接收關于至少一種分離物對至少一種抗菌劑的敏感性的信息；接收關于所述至少一種分離物的亞型的信息；并且提供按亞型安排的、所述至少一種分離物對所述至少一種抗菌劑的所述敏感性的圖形顯示。

在一個實施例中，接收關于所述至少一種分離物的亞型的信息包括：接收描述所述至少一種分離物的基因組的至少部分的數據；將從測序操作接收到的基因組數據與參考數據庫進行比較；并且根據所述比較的結果來識別針對所述至少一種分離物的匹配亞型。

在一個實施例中，接收關于所述至少一種分離物對所述至少一種抗菌劑的敏感性的信息包括：接收利用所述至少一種抗菌劑的針對所述至少一種分離物的抗菌敏感性測試的結果。在一個實施例中，提供按亞型安排的、所述至少一種分離物對所述至少一種抗菌劑的所述敏感性的圖形顯示包括：在每行與一個亞型相關聯并且每列與一種抗菌劑相關聯的矩陣配置中提供圖形顯示。在另一實施例中，提供按亞型安排的、所述至少一種分離物對所述至少一種抗菌劑的所述敏感性的圖形顯示包括：在每列與一個亞型相關聯并且每行與一種抗菌劑相關聯的矩陣配置中提供圖形顯示。