[發明專利]基于近緣種基因組開發的柿樹炭疽病菌SSR引物對及其應用

有效

• 申請號: 201611235190.0
• 申請日: 2016-12-28
• 公開（公告）號: CN106701943B
• 公開（公告）日: 2021-02-05
• 發明（設計）人: 丁向陽;崔林開;徐建強;鄧全恩;周耀偉;胡清坡;賀凡;劉乃輝;許延松;李鑫鵬;高地玲
• 申請（專利權）人: 河南省林業科學研究院
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/04;C12N15/11;C12R1/645
• 代理公司: 鄭州大通專利商標代理有限公司 41111
• 代理人: 陳勇

本發明屬于生物技術領域，具體公開了一套基于近緣種基因組開發的柿樹炭疽病菌SSR引物對及其應用。所述柿樹炭疽病菌SSR引物對是利用以柿樹炭疽病菌的近緣種——果生炭疽菌的基因組為基礎通過MISA軟件尋找SSR，開發了30對SSR引物，經過6株不同柿樹炭疽病菌的篩選，得到了15對具有多態性的SSR引物，本發明開發的柿樹炭疽病菌引物對是穩定存在的新標記，可用于柿樹炭疽病菌的遺傳多樣性和遺傳分化的分析，同時還可以用于柿樹炭疽病菌品種鑒定及親緣關系研究上，對柿樹炭疽病的有效防控具有十分重要的意義。

技術領域

本發明屬于生物技術領域，涉及SSR引物，具體涉及一套基于近緣種基因組開發的柿樹炭疽病菌SSR引物對及其應用。

背景技術

柿子在我國已有3000多年的栽培歷史，因其味道鮮美，具有較高的營養價值和藥用價值而廣受人們喜愛。柿樹炭疽病是柿樹上非常重要的一種病害，是由哈銳炭疽菌(Colleotrichum horii)引起的，該病在世界主要柿生產國家均有發生。在我國的富平尖柿和廣西水柿子上發生較重，對我國柿產業的發展造成了重大的經濟損失。柿樹炭疽病為害的逐年加重與該病菌與柿樹的長期協同進化，以及與當地氣候環境的適應密不可分，深入分析柿樹炭疽病菌的遺傳多樣性以及遺傳分化可以了解該病原菌的適生性與遺傳進化，對于柿樹炭疽病的有效防控具有十分重要的意義。

隨著現代生物學技術的發展，分子標記廣泛應用于種質資源遺傳多樣性分析以及輔助育種工作中。AFLP、ISSR、RAPD等標記均是采用無基因組序列信息的標記，盡管有一定的實用性，但隨機性強，穩定性差。與其它分子標記相比，SSR標記，由于其多態性高、共顯性、操作簡便、穩定可靠、重復性好等優點而廣泛用于遺傳結構分析的研究。但柿樹炭疽病菌剛剛作為一個新的物種哈銳炭疽菌從膠孢炭疽菌中分離出來，其基因組尚未測序完成，EST數據庫也未建立，所以本發明嘗試從其近緣種果生炭疽菌的基因組中開發可用于哈銳炭疽菌的SSR引物，為深入研究柿樹炭疽病菌的遺傳結構提供有力工具。

發明內容

本發明針對現有技術的不足，提供一套基于近緣種基因組開發的柿樹炭疽病菌SSR引物對及其應用。本發明利用果生炭疽菌的基因組為基礎通過MISA軟件尋找SSR，開發了30對SSR引物，經過6株不同柿樹炭疽病菌的篩選，得到了15對具有多態性的SSR引物，可用于柿樹炭疽病菌的遺傳結構分析。

本發明采用的技術方案如下：

基于近緣種基因組開發的柿樹炭疽病菌SSR引物對，所述柿樹炭疽病菌SSR引物對共有15對，其核苷酸序列如下：

第1對引物：其上、下游引物的核苷酸序列如SE QID NO.1和SEQ ID NO.2所示；

第2對引物：其上、下游引物的核苷酸序列如SE QID NO.3和SEQ ID NO.4所示；

第3對引物：其上、下游引物的核苷酸序列如SE QID NO.5和SEQ ID NO.6所示；

第4對引物：其上、下游引物的核苷酸序列如SE QID NO.7和SEQ ID NO.8所示；

第5對引物：其上、下游引物的核苷酸序列如SE QID NO.9和SEQ ID NO.10所示；

第6對引物：其上、下游引物的核苷酸序列如SE QID NO.11和SEQ ID NO.12所示；

第7對引物：其上、下游引物的核苷酸序列如SE QID NO.13和SEQ ID NO.14所示；

第8對引物：其上、下游引物的核苷酸序列如SE QID NO.15和SEQ ID NO.16所示；

第9對引物：其上、下游引物的核苷酸序列如SE QID NO.17和SEQ ID NO.18所示；