[發明專利]一種檢測miRNA來源的方法

有效

• 申請號: 201611143309.1
• 申請日: 2016-12-13
• 公開（公告）號: CN106755378B
• 公開（公告）日: 2021-05-07
• 發明（設計）人: 張德強;李英;謝劍波
• 申請（專利權）人: 北京林業大學
• 主分類號: C12Q1/6809
• 分類號: C12Q1/6809
• 代理公司: 北京高沃律師事務所 11569
• 代理人: 王加貴

1.一種檢測秀麗隱桿線蟲假基因miRNA來源的方法，其特征在于，包括以下步驟：

1)提供物種的待檢測miRNA前體序列的信息；

2)提供假基因數據庫中所述物種的假基因信息；

3)將所述待檢測miRNA前體序列與所述物種假基因的核苷酸序列的物理位置比較是否重合，將與miRNA前體序列的物理位置具有重合度的假基因確定候選假基因；

4)根據待檢測miRNA前體序列與所述物種基因組的假基因序列在染色體所在的物理位置，計算兩類序列的重合度，當所述重合度I符合1≧I0.3條件時，確定待檢測miRNA是由所述步驟3)得到的候選假基因所產生；

所述步驟1)中信息包括待檢測miRNA前體序列在染色體上的物理位置、名稱及所在DNA鏈的正負性；

所述步驟2)中的信息包括假基因在染色體上的物理位置、名稱及假基因所在DNA鏈的正負性；

所述步驟4)中重合度I的計算公式為：

I＝待檢測miRNA前體序列與候選假基因核苷酸序列相互重合部分的長度/待檢測miRNA前體序列的長度；

所述計算公式的適用情形包括以下三種：(1)目標miRNA前體序列的起點和終點均位于候選假基因核苷酸序列的內部；(2)目標miRNA前體序列的起點位于候選假基因核苷酸序列的內部，終點位于候選假基因核苷酸序列的外部；(3)目標miRNA前體序列的終點位于候選假基因核苷酸序列的內部，起點位于候選假基因核苷酸序列的外部；

所述步驟1)和步驟2)之間沒有時間順序限定。