[發明專利]一種基于圖模型的蛋白質復合物識別方法

在審

• 申請號: 201611099607.5
• 申請日: 2016-12-02
• 公開（公告）號: CN106778063A
• 公開（公告）日: 2017-05-31
• 發明（設計）人: 林志杰
• 申請（專利權）人: 上海電機學院
• 主分類號: G06F19/18
• 分類號: G06F19/18
• 代理公司: 上海申匯專利代理有限公司31001
• 代理人: 翁若瑩,吳小麗

1.一種基于圖模型的蛋白質復合物識別方法，其特征在于：該方法由以下步驟組成：

步驟1：概念定義

將給定物種的蛋白質互作網絡視為網絡圖G＝(V，E)，V是蛋白質結點，E是蛋白質相互作用邊的集合，從所有的邊的集合中去掉網絡中自連接邊和重復邊；為從蛋白質互作網絡G中發現所定義的蛋白質復合物，首先定義如下概念：

定義1 HP-vertices

給定蛋白質互作網絡G＝(V，E)，H-index結點代表HP-vertices蛋白質集合，定義為HP＝v：v V，d(v)≥h，假如此時|HP|＝h，v(V/H)，d(v)≤h；HP-vertices蛋白質集合包括h個蛋白，這h個蛋白的度至少為h；從HP-vertices擴展至概念HP-neighbors；

其中，v是代表蛋白質結點，d(v)是結點v的度，v(V/H)是度為H的蛋白質結點；H-index，又稱為H指數或H因子，是一種評價學術成就的新方法。H代表“高引用次數”，一名科研人員的H指數是指他至多有H篇論文分別被引用了至少H次；

定義2 HP-neighbors

HP-neighbors定義為HP-vertices蛋白質集合的一階鄰居的集合；

定義3 HP-graph

蛋白質互作網絡G的子圖HP-graph由HP-vertices和它的Hp-neighbors，除去一階鄰居HP-neighbors之間的邊；

對于一個蛋白質互作網絡，HP-graph從一個原始蛋白質互作網絡里分離出來有可能是一個非連通子圖，因此從非連通子圖HP-graph中分離出所有的子圖，最終得到的蛋白質互作網絡的所有子圖為所要識別的蛋白質復合物；

定義4 HP-complex

如果HP-graph是非連通的，HP-complex定義為HP-graph的所有子圖；

所有從HP-graph中分離的子圖都是想要找到的蛋白質復合物；

步驟2：獲取蛋白質復合物的核蛋白HP-vertices頂點集，擴展其邊緣結點一階鄰居HP-neighbors，形成HP-graph圖模型；

步驟3：判別HP-graph的連通性，找到所有的稠密子圖，即蛋白質復合物。