[發(fā)明專利]一種針對(duì)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的降噪聲算法

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201611014369.3
• 申請(qǐng)日: 2016-11-18
• 公開（公告）號(hào): CN106777870A
• 公開（公告）日: 2017-05-31
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 鄒欣
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 鄒欣;上正大(上海)基因生物工程有限公司
• 主分類號(hào): G06F19/00
• 分類號(hào): G06F19/00
• 代理公司: 上海旭誠(chéng)知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司31220
• 代理人: 鄭立

1.一種針對(duì)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的降噪聲算法，其特征在于，包括：

步驟1、計(jì)算每一個(gè)基因的平均表達(dá)水平μ和方差σ²；

步驟2、μ和σ²被配置為有以下關(guān)系：σ²＝a₀μ²+a₁μ；

步驟3、通過(guò)使用回歸模型建立μ和σ²之間的關(guān)系，從而估計(jì)a₀，a₁的值。基于估計(jì)的a₀，a₁和每一個(gè)基因的平均表達(dá)水平μ，噪聲的方差水平σ₀²用a₀μ²+a₁μ來(lái)估計(jì)；

步驟4、建立數(shù)據(jù)讀數(shù)篩選準(zhǔn)則；

步驟5、輸出的結(jié)果中只包含高可靠的基因表達(dá)數(shù)值。

2.如權(quán)利要求1所述的針對(duì)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的降噪聲算法，其特征在于，所述步驟2中，使用GLM回歸模型來(lái)計(jì)算公式中的系數(shù)a₀和a₁。

3.如權(quán)利要求1所述的針對(duì)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的降噪聲算法，其特征在于，所述數(shù)據(jù)讀數(shù)篩選準(zhǔn)則包括：

(1)對(duì)于一個(gè)基因，基于μ和σ₀²計(jì)算95％置信區(qū)間，如果該區(qū)間包括零點(diǎn)，則該基因被認(rèn)為噪聲污染基因；

(2)如果一個(gè)基因，其表達(dá)水平方差σ²<σ₀²，則該基因被認(rèn)為噪聲污染基因；

(3)對(duì)于一個(gè)基因在某一個(gè)細(xì)胞中的表達(dá)量讀數(shù)x，如果x<σ₀，則認(rèn)為該數(shù)值的信號(hào)噪聲比<1，此時(shí)x被設(shè)為0。