[發(fā)明專利]一種判定中國人群rs125055單核苷酸多態(tài)性與兒童IBD之間的相關性的方法

在審

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• 申請日: 2016-11-17
• 公開（公告）號: CN106650318A
• 公開（公告）日: 2017-05-10
• 發(fā)明（設計）人: 王慶文;方征宇;韋偉;曾杏珍;楊旸;李粉玲;劉雅菁;李玉霞;蔡月明
• 申請（專利權）人: 北京大學深圳醫(yī)院
• 主分類號: G06F19/24
• 分類號: G06F19/24;G06F19/20;G06F19/00;C12Q1/68
• 代理公司: 廣州市南鋒專利事務所有限公司44228
• 代理人: 鄭學偉,丘杰昌

技術領域

本發(fā)明涉及基因工程領域，特別涉及一種判定中國人群rs125055單核苷酸多態(tài)性與兒童IBD之間的相關性的方法。

背景技術

IBD是一種胃腸道的慢性炎癥，影響了美國將近200萬的兒童和成人。過去IBD在中國被認為是少見病，但事實證明，近年來越來越多的兒童IBD患者被明確診斷，且兒童IBD越來越被消化科醫(yī)師所重視。IBD包括潰瘍性結腸炎(UC)及克羅恩病(CD)。前者是一種慢性非特異性結腸炎癥，病變主要累及結腸黏膜和黏膜下層，范圍多自遠段結腸開始，可逆行向近段發(fā)展，甚至累及全結腸，呈連續(xù)性分布，臨床主要表現為腹瀉、腹痛和黏液膿血便。后者為一種慢性肉芽腫性炎癥，病變可累及胃腸道各部位，以末段回腸及其鄰近結腸為主，呈穿壁性炎癥，多為節(jié)段性、非對稱性分布，臨床主要表現為腹痛、腹瀉、瘺管和肛周病變等。

ZMIZ1基因位于10q22.3，編碼的PIAS蛋白家族的成員(激活STAT的蛋白抑制劑)之一。所編碼的蛋白質調節(jié)不同的轉錄因子，包括雄激素受體、Smad3/4蛋白和p53的活性。所編碼的蛋白質也可在蛋白修飾發(fā)揮作用。該位點上的10號染色體和第9號染色體的蛋白酪氨酸激酶ABL1基因之間的易位已與急性淋巴細胞白血病相關。目前ZMIZ1基因也被發(fā)現與多種自身免疫性疾病有關。Rs1250550所在的ZMIZ1基因座與兒童IBD的相關性在中國大陸人中并未有報道。在此，我們擬通過新近發(fā)展起來的非標記探針高分辨率溶解曲線法，來研究中國人群rs1250550單核苷酸多態(tài)性與兒童IBD發(fā)病風險的相關性。

發(fā)明內容

本發(fā)明的目的是克服現有技術中的不足，提供一種方法，旨在用于判定中國人群rs125055單核苷酸多態(tài)性與兒童IBD之間的相關性。

為實現上述目的，本發(fā)明提出的判定中國人群rs125055單核苷酸多態(tài)性與兒童IBD之間的相關性的方法，所述方法是非標記探針的高分辨率溶解曲線法。

進一步地，所述方法包括如下步驟：

(1)基因分型：取外周血基因組DNA，鑒定其基因型；

(2)統(tǒng)計學分析：單核苷酸多態(tài)性與疾病相關性分析通過兒童IBD患者與正常人群次等位基因頻率比較，以及用卡方檢驗或Fisher’s精確概率法得出的Hardy-Weinberg平衡定律結果來分析，P值小于0.05認為是有統(tǒng)計學意義；

(3)針對ZMIZ1內含子區(qū)域的rs1250550設計非標記探針，用于鑒別三種基因型的單核苷酸多態(tài)性，所述rs1250550的擴增序列如SEQID NO:1所示。

更進一步地，所述步驟(1)基因分型的具體流程為：

首先進行PCR，20mL體系含基因組DNA模板20ng，1′PCR緩存液(Takara，Japan)，200mM dNTPs，0.5U rTaq DNA聚合酶(Takara，Japan)，0.05mM正向引物，0.5mM反向引物。PCR反應在Bio-Rad S1000PCR儀上進行(Bio-Rad，美國)；

PCR擴增條件如下：94℃預變性2分鐘，繼之進行50個循環(huán)，包括94℃變性30s，55℃退火30s，72℃延伸20s，最后72℃延伸5min；

反應結束后，轉移10mL PCR產物到HR-1專用的毛細管中，再加入1mL LCGreen Plus染料(Idaho Technology，USA)，最后以HRM in CFX96實時熒光系統(tǒng)C1000Thermal Cycler(Bio-Rad，美國)進行檢測；

Rs1250550引物序列為：正向SEQ ID NO:2，反向SEQ ID NO:3。

本發(fā)明所述方法是通過非標記探針的高分辨率溶解曲線法進行兒童IBD患者進行基因分型，進而判定中國人群rs1250550單核苷酸多態(tài)性與兒童IBD之間的相關性。目前已經明確基因因素在兒童IBD的發(fā)生發(fā)展中有重要的作用，因此本發(fā)明的研究結果為更深入的了解兒童IBD疾病提供了理論依據。

附圖說明

為了更清楚地說明本發(fā)明實施例或現有技術中的技術方案，下面將對實施例或現有技術描述中所需要使用的附圖作簡單地介紹，顯而易見地，下面描述中的附圖僅僅是本發(fā)明的一些實施例，對于本領域普通技術人員來講，在不付出創(chuàng)造性勞動的前提下，還可以根據這些附圖示出的結構獲得其他的附圖。

圖1為非標記探針高分辨率溶解曲線法分析樣本中rs1250550的基因型和測序驗證。