[發(fā)明專利]一種高效的針對于放線菌基因組拼接的方法在審
| 申請?zhí)枺?/td> | 201611005096.6 | 申請日： | 2016-11-15 |
| 公開（公告）號： | CN106778076A | 公開（公告）日： | 2017-05-31 |
| 發(fā)明（設(shè)計）人： | 肖嵐;葉偉星;姜麗榮;孫子奎 | 申請（專利權(quán)）人： | 上海派森諾生物科技股份有限公司 |
| 主分類號： | G06F19/22 | 分類號： | G06F19/22;G06F19/16 |
| 代理公司： | 上海天翔知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司31224 | 代理人： | 呂伴 |
| 地址： | 200231 上海市*** | 國省代碼： | 上海;31 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 一種 高效 針對 放線菌 基因組 拼接 方法 | ||
1.一種高效的針對于放線菌基因組拼接的方法，其特征在于，包括步驟：
步驟A、采用第三代測序平臺對放線菌進行建庫測序；
步驟B、采用第二代測序平臺對放線菌進行建庫測序；
步驟C、對第三代測序平臺的下機數(shù)據(jù)進行拼接；
步驟D、對第二代測序平臺的下機數(shù)據(jù)進行拼接；
步驟E、對兩個平臺的拼接結(jié)果進行共線性分析以得到各序列之間的連接關(guān)系，依賴該連接關(guān)系對序列進行連接；
步驟F、利用第二代測序平臺下機數(shù)據(jù)對連接結(jié)果進行校正。
2.如權(quán)利要求1所述的一種高效的針對于放線菌基因組拼接的方法，其特征在于，所述步驟A中，所述第三代測序平臺為PacBio RSⅡ。
3.如權(quán)利要求2所述的一種高效的針對于放線菌基因組拼接的方法，其特征在于，所述步驟B中，所述第二代測序平臺為Illumina MiSeq。
4.如權(quán)利要求3所述的一種高效的針對于放線菌基因組拼接的方法，其特征在于，所述步驟C中，所述拼接軟件為SMRT Analysis。
5.如權(quán)利要求4所述的一種高效的針對于放線菌基因組拼接的方法，其特征在于，所述步驟D中，所述拼接軟件為Newbler。
6.如權(quán)利要求5所述的一種高效的針對于放線菌基因組拼接的方法，其特征在于，所述步驟E中，共線性分析軟件為MUMMER。
7.如權(quán)利要求6所述的一種高效的針對于放線菌基因組拼接的方法，其特征在于，所述步驟F中，所述序列校正軟件為pilon。
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G06F 電數(shù)字?jǐn)?shù)據(jù)處理
G06F19-00 專門適用于特定應(yīng)用的數(shù)字計算或數(shù)據(jù)處理的設(shè)備或方法
G06F19-10 .生物信息學(xué)，即計算分子生物學(xué)中的遺傳或蛋白質(zhì)相關(guān)的數(shù)據(jù)處理方法或系統(tǒng)
G06F19-12 ..用于系統(tǒng)生物學(xué)的建模或仿真，例如：概率模型或動態(tài)模型，遺傳基因管理網(wǎng)絡(luò)，蛋白質(zhì)交互作用網(wǎng)絡(luò)或新陳代謝作用網(wǎng)絡(luò)
G06F19-14 ..用于發(fā)展或進化的，例如：進化的保存區(qū)域決定或進化樹結(jié)構(gòu)
G06F19-16 ..用于分子結(jié)構(gòu)的，例如：結(jié)構(gòu)排序，結(jié)構(gòu)或功能關(guān)系，蛋白質(zhì)折疊，結(jié)構(gòu)域拓?fù)洌媒Y(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的藥靶，涉及二維或三維結(jié)構(gòu)的
G06F19-18 ..用于功能性基因組學(xué)或蛋白質(zhì)組學(xué)的，例如：基因型–表型關(guān)聯(lián)，不均衡連接，種群遺傳學(xué)，結(jié)合位置鑒定，變異發(fā)生，基因型或染色體組的注釋，蛋白質(zhì)相互作用或蛋白質(zhì)核酸的相互作用
